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问题 如何从CAFE结果中提取扩张(或收缩)的基因家族

...我所要研究的物种基因组中扩张和收缩的基因家族的数量信息,但是并不知道具体是哪些基因是扩张产生的,因此不能对扩张基因家族进行GO或KEGG分析。请问如何从CAFE的结果中找到扩张基因家族里包含的基因ID呢?

问题 duplicate_gene_classifier没有生成gene_type文件

老师您好:    我跑完duplicate_gene_classifier只显示了每个复制类型的统计信息,没有生成gene_type文件。请问要怎么解决。   

问题 mapman 中如何添加 生长素 乙烯 激素的 合成转运的pathway?

像图片中的生长素的通路过程,但是在mapman 中没有这两种激素的下载信息,网站上也没找到,请教一下各位大神,有知道的没?希望不吝赐教,万分感谢!

文章 文献图片检索工具-Openi,用图片检索文献!

...疗等,详见下图: 3. 检索到的每个图片都有原文献详细信息,包括题目、作者、图注,只需将鼠标悬停在图片上就会自动显示以上信息。 点击图片则会进一步详细展示以上信息,并且可以看到该文献的摘要内容,方便大家快...

文章 Vennerable包venn返回结果绘图

...绘图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2) 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 文件夹名称中存在空格,scp如何正确识别

...题导致文件夹的名称不能正确的被识别: 出现了报错信息“No such file or directory”这个时候我们可以用双引号+反斜线对文件名中的空格部分进行处理,即整个路径名称用双引号引起来,然后把空格部分用两个反斜线转义: 这...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载?

...言,TCGA数据库发生更新,下载数据时报错。详细的更新信息参考TCGA官网说明: https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-320 这里提示几点重要更新: 例如:转录组之前HTSeq流程的数据,现在是STAR-Counts的数...

文章 了解我们!

...解读与挖掘知识传播;并联合网易云课堂推出了26门生物信息自学相关视频课程(了解点此链接),内容涉及:1. 高通量测序数据解读与挖掘;2. 高通量测序数据自主分析;3. linux及Perl、R语言系统学习等;全方位服务科研工作者...

文章 癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划简介

...的我们可能研究某个病人一生的遗传序列,然后用得到的信息去设计目标性强的,基于个性化的治疗”。 TCGA计划在3年探索初期,成功绘制出2~3种类型的癌症和肿瘤基因组图谱。目前已经确定将先研究肺癌、神经胶母细胞瘤和...

问题 老师你好,我在进行到基因结构分析structure这一步时,出现错误 望解答,感谢!

是因为我的gff里没有parent信息吗家族的ID列表检查过了没有问题

文章 ActivePerl自带的PPM软件无响应

...,使用cpan + 包名的方式安装: cpan Data::Dumper 更多生物信息perl语言学习视频课程:《perl入门》《perl高级编程》

文章 ggplot2分面facet_grid调整坐标

...图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2) 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

问题 老师你好,我是用单细胞课程脚本做kegg富集总是报错,请问是怎么回事?

报错信息如下

文章 R进行超几何分布计算

...出n个物件,成功抽出指定种类的物件的个数。 也是生物信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO,KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如下: 其中: N: 总样本数 m: 总样本中“特定类别”的数量 n: ...

文章 拨乱反正-下载2019年最新中科院期刊分区+影响因子汇总表-生命科学类

...科院SCI分区(1-4区)+最新影响因子整理而来,Excel表包含信息有:期刊全名、简写名、(2019及2018年)中科院分区、(2018及2017年)影响因子、大类/小类学科分类、SCI/SCIE、投稿难易程度、审稿周期及期刊主页链接;并通过红、...