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问题 老师,您好!请问进行Linux生信分析环境搭建时,输入 sudo mount –t vboxsf windows-SHARE share后,显示no such device,是怎么回事?该怎么处理呢?

文章 开学了,你的细胞房需要彻底的除菌了!

...择,污染了咱也不怕! 新学期,崭新的开始,就让我们一起Procell的安全卫士开始,给细胞一个安全的“家”吧! 学霸姐姐只能帮你到这里了,剩下的就靠你自己了! 生物女学霸,一个自称学霸其实很渣的生物汪, 努力...

文章 bwa-mem2的用法

...对齐,并且速度约为1.3-3.1倍,具体取决于用例、数据集运行机器,近期的版本极大降低了内存存储使用量(使用了FM-index, 8x compression) 最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的性能增强主要由英特尔并行计算实验室的Vasimuddi...

问题 TCGA基因差异性表达分析结果的AveExpr等值

学习了TCGA基因差异性表达的课程后,想用r包goplot绘图,但是发现有几个值好像结果中没有,请问这些值怎么分析中得出来呢?AveExpr t adj.p.Val B这几个值

文章 lm()多元回归分析结果解读

...一批气象站点的数据,某研究想看一下站点的温度与高程经纬度的关系,其实重点是温度随高程的变化(学界称之为气温直减率),具体的应用需求是建立温度与高程、经纬度的线性模型,并计算模型的F统计量对应的p值。 ...

文章 blastall 参数详细说明

...据库中搜索时所使用的核酸链(strand),只对blastn、blastxtblastx有效;1表示top,2表示bottom,3表示both;缺省值3-T: 产生HTML格式的输出[T/F],缺省值F-n: 使用MegaBlast搜索[T/F],缺省值F-G: 打开一个gap的罚分(0表示使用缺省设置值)...

文章 Scanpy数据结构:AnnData

...果。uns(未排序的数据): 用于存储其他未排序的数据元信息 AnnData object with n_obs × n_vars = 6050 × 32285 obs: 'in_tissue', 'array_row', 'array_col', 'gender', 'age', 'tissue', 'Strain', 'n_genes_by_counts', 'log1p_n_genes_by_counts', 'total_counts', 'l...

问题 代谢组进行差异代谢物筛选时,必须对t检验的p值进行fdr矫正吗?我看到大多数论文里都是p值哎

问题 不同物种共线性分析结果只有一对同源基因被发现,怎么检查是不是中间有出错,没有找到其他的基因

...题。毕竟进化树分类的时候白菜拟南芥的都能归类到一起

文章 p值还是 FDR ?

...到平衡,将假/真阳性比例控制到一定范围之内。  那么怎么p值来估算FDR呢,人们设计了几种不同的估算模型。其中使用最多的是Benjamini and Hochberg方法,简称BH法。该方法分两步完成,具体如下:  2.1  假设总共有m个候选基因...

文章 堆叠柱状图-ggplot2

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 保守结构域进化树

老师,用保守结构域构建的进化树,加上motif分析基因结构后,发现相似的结构域没有聚一起,这个正常吗?该怎么解释呢?

问题 蛋白序列IDcds序列ID不一致

...的hmmer搜索的转录本ID时,ID不一致,同时hmm搜索的结果IDcds序列里ID也不一致,无法提取cds序列

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌(NSCLC)(GSE127465)

...性髓系细胞 (TIM) 包括单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞中性粒细胞,已成为癌症生长的关键调节因子。这些细胞可以分化成一系列状态,这些状态可能会促进或限制肿瘤生长,但目前仍知之甚少。这里,我们使用单细胞 RNA ...

文章 腾讯敏捷之道,实施敏捷开发,看我就够了

... 4. 那详细设计怎么办? 每个迭代开始的时候,团队一起把这些用户故事给拆分成一个个小的任务, 这个拆分的过程就相当于详细设计了。  对于一些特别复杂的,例如算法, 当然可以写文档,帮助大家理解。     C...