文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...索扩增子(或其周围的特定区域)bam             检查和在线绘制BAM记录文件的直方图common          通过id/名称/序列查找多个文件的公共序列concat          连接多个文件中具有相同ID的序列convert         转换FASTQ质量编码格...

文章 blast比对软件使用

...位置相似的情况（黄色线条部分）。 此外： blast还有在线版：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 使用参考：https://www.omicsclass.com/article/1192 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难...

文章 CORNERSTONE你想要的项目管理工具，就在这里！

现在的在线项目管理工具越来越多了，但是大多数是一些协同工具或轻量项目管理工具。如果是多团队、跨部门使用或者企业级的项目管理，由于管理涉及面比较广，一般涵盖项目管理的五大过程组十大知识领域，从管理思想到...

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

LENS: 关于人的基因互作关系在线分析工具，可以基于提供的基因列表 构建一个与这些基因呈互作关系的蛋白质互作关系网络，并且对相关的疾病、药物通路等进行统计分析。 可以基于网站提供的步骤进行学习：https://hagrid.dbmi.p...

问题 Sripts插件缺失，之前下了scripts的文件，然后在本地跑代码的时候跑出来文件发现为0，后找对接老师拿了压缩包，导入后还是不对，后检查，发现还是少了这个插件

但是老师说不会少插件，所以我也不确定是不是插件原因了。我这边检查对比后发现是少了的。

问题 从NCBI上下载的SRA测序数据如果带有adaptor，但是不知道adaptor序列是什么，有哪些方法可以得到adaptor序列呢？

文章 docker 镜像重命名/更改版本号

...我们加载一个镜像的时候，有可能环境中已经有同名,同版本号的镜像了,如果需要把新的镜像load上去，就需要对原有的镜像进行重命名（docker load 命令将从 tar 文件中加载镜像，并使用镜像在 tar 文件中的名称和标签），比如我...

文章 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

...朋友也有，对照着网上的保姆教程学习，发现有两个注释版本，打开了新的尝试区，特此感谢网友https://zhuanlan.zhihu.com/p/393861703指路。于是重新用3.6版本注释，OK，Mercator3.6几秒就变成完成注释，但是页面下载点不了（PS在此以为...

用户 闪电不常在线

问题 从NCBI上下载的注释文件在进行叶绿体比较基因组分析，例如IR边界分析时，是否需要先人工校正

老师您好，叶绿体基因组分析实操视频课程中，有几处地方提到下载的注释文件需要人工校正。在进行IR边界分析时候，从NCBI上下载的同属物种GB文件，有些物种的部分基因没有注释出来，与其他同属物种之间差异较大。所以我...

文章 miRTarBase- 一个收录经实验验证的miRNA靶基因数据库

...7.0 版本。收录的数据也越来越多。 2. 支持多方面的在线查询方式 支持针对miRNA及靶基因，代谢通路，验证方法，相关疾病等多方面的查询 3. 支持数据下载 在线查询，针对少量的miRNA，比较方便，但是如果要想对批量的mi...

文章 关于基因家族课程中基因在染色体上位置提取不到问题分析

...是可能存在的问题之一： 脚本在处理信息时与gff文件的匹配如下所示： 脚本： 匹配第八列脚本如图红框所示。 对应的gff文件是下面的格式： 1 araport11 gene 3631 5899 . + . ID=gene:AT1G01010;Name=NAC001;biotype=protein_c...

问题 做无参转录组分析，用（讲堂课程提供的）linux系统安装/使用Trinity老有问题

...ads拼接）老有问题，不知道为什么？？ Trinity version 2.1.1 版本可以安装上，但是运行报错，如图： Trinity version 2.10.0版本直接安装不上，报错如下： python有2.7版本（输入python显示），也有3.7版本（输入python3.7显示） 实在有点...

文章 perl语言——正则表达式

正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非常强大，基本上是常用语言中最...

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总！

...物miRNA的靶基因预测相对比较容易一些。 psRNATarget 一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具。目前最好的植物miRNA预测网站，也一直更新。http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/TAPIR 一个在线的植物micRNA的靶基因预测工具。http://bioinformatic...