...便、普遍的研究手段，具有材料要求低，实验设计简单，数据产生周期短等特点；但是很多人仍不知道该如何利用转录组技术去解决自己的科研问题，究其原因，无非是以下两种： 转录组数据结果似懂非懂，无法做到从海量结...
...达图谱剖析不同细胞的基因特征，为理解细胞的功能提供数据支持。针对单细胞数据的挖掘也使我们从一个全新的角度来解析我们的数据。近年来，关于单细胞数据挖掘的文章相对新颖也容易发高分，这里小编介绍一篇单细胞数...
...时候，通常会设置一个零假设，之后计算出一个p值，即数据分布符合原假设的概率，p值越低，即代表拒绝原假设的概率越大。我们通常认为p值＜0.05是一个判断是否显著的阈值。但是在对多组数据同时进行比较的时候，简单地...
...发挥了非常重要的作用。今天给大家介绍一个植物的ceRNA数据库。 PceRBase数据库简介 pceRBase(http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp)数据库是浙江大学陈铭教授实验室建立的一个涵盖28种植物的ceRNA数据库。 该网站功能比较强大，支持...
...定与HCC相关的潜在预后标志物 ceRNA网络构建分析流程 数据：TCGA数据库人类HCC表达谱数据以及临床信息（LIHC），表达数据包括lncRNA、mRNA以及miRNA；GEO基因表达谱-GSE410804作为验证数据集靶基因预测数据库：tarbase、targetscan、miRDB...
...定，导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接，下载不了数据。遇到这种情况，只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下： 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上...
... 我的样本是加工过程不同时间点的样本转录组FPKM数据。 第一步、通过主成分分析选出10000个基因（共50000个），另外，通过STEM趋势分析得到两组显著差异的集合分别包含18000个基因和5000个基因。 第二步、分别对这3组基...
...后成为迫切的需要。 signature筛选与模型构建分析流程 数据：TCGA数据库中的胃癌基因表达数据（375个样本），由 UCSC Xena 网站下载得到用于预测模型构建；GEO数据库中 GSE62254 and GSE29274数据集用于模型验证。免疫侵润分析方法：E...
...键分子，并进一步探索ICH铁死亡的机制。首先，作者从GEO数据库下载脑出血患者的临床信息，并与铁死亡基因相交，最终筛选得到45个差异表达基因（DEGs），其中大部分涉及TNF信号通路和氧化应激反应。随后，作者通过蛋白质-...
...件总是重复第四列，这个问题是出到哪里了呢？ pvalue.txt数据展示： 生成的bed的错误格式展示：
...其实给你留下更深印象的是他们的财大气粗，高深莫测的数据挖掘能力以及论文里美轮美奂的学术图片！ 没错成为大牛绝非偶然，是每个人凭借自己的聪明才智、不懈学习，努力拼搏得来的！ 善于学习是每个大牛的必备特质...
...的诊断、评估和治疗中显示出有希望的预测和预后价值 数据分析思路 从TCGA数据库获得LIHC基因表达谱数据，ensemble获得gtf文件，根据注释文件得到lncRNA的表达数据；从ImmPort获得免疫相关基因对lncRNA以及免疫相关基因做相关性...