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问题 询问《基因家族分析(生物信息)》资料下载地址

老师您好!我是购买了课程《基因家族分析(生物信息)》的同学。请问在哪里可以下载课程中用到的所有资料,课时1里的资料下载以及在组学大讲堂服务号里回复*****下载的文件都不是课程里的资料,麻烦提供下载地址,谢谢

问题 提取vcf文件中的信息

...取指定的染色体,但是最后的bed文件或者vcf文件的一些snp信息都被plink简化了,不知道有什么好的办法可以去除scaffold行,请教老师们了。

问题 我在做基因结构分析时,运行完脚本后只出现了mRNA的信息,没有外显子和CDS的信息,请问是为什么?下面的图是我的gff文件和运行脚本后的文件

文章 Linux生物信息分析环境搭建

想做生物信息分析,但不知道怎么入门?先来搭个环境吧!想分析数据,但是分析不了?先来搭个环境啊!搭建好环境,后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows,而很少使用Linux,然而做生物信息分析是需要用Linux...

文章 agilent表达谱芯片注释信息提取

...仅使用Cy3的单色芯片,数据上比较混乱,而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix  、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大,虽然格式整齐,并不完全规范(相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言)。 2、若直接下...

文章 如何快速从转录组数据中筛选目标基因!

...数为例,演示一下如何从表格中快速筛选感兴趣的基因等信息。 函数的名称是VLOOKUP函数,该函数是Excel表中的一个纵向查找函数,学会该函数之后,可以方便我们从所有基因的结果中筛选我们关心的基因相关信息,比如:基因...

文章 借助perl脚本进行文件整理 | 将按第一列信息整理的文件改成按照第二列信息整理

perl data.pl id1.txt id2.txt 现有一文件,有两列,是按照第一列内容进行展示的,如下图:A    green;red;blueB    yellow;greenC    red;blue;grey;pink;blankD    green;grey现在想将文件按照第二列数据进行整理查看,如下图:blank   Cblue    A Cgre...

文章 samtools | 提取部分染色体的bam信息

01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam 03. samtools查看bam文件内容 samtools view XX2.bam |ee

文章 组学大讲堂视频课程

...室发挥巨大的作用,成为课题组的科研之星。然而,生物信息学是一门交叉学科,既要懂得生物学知识,又要懂得计算机知识,同时做到这两点才能从生物大数据中挖掘到生命的奥秘。在一个没有生物信息分析基础的实验室,想...

文章 Scanpy数据结构:AnnData

...表示细胞,列表示特征(基因或其他测量值)。obs(观测信息): 包括每个细胞的元信息,如样本名称、细胞类型、质量信息等。obs 是一个观测特征的字典 metadata。var(变量信息): 包括每个特征(基因)的元信息,如基因名...

问题 基因组信息文件内容格式

...在进行基因家族分析的时候遇到一个问题:下载的基因组信息文件内容格式是每条染色体的所有碱基都在一行,也就是只有一行。如图所示。 当我做基因上游瞬时作用元件分析的时候,由于文件太大,防止内存不足,打算将每...

问题 平台信息下载不下来,还有别的解决方法吗?

问题 生物信息学分析软件

想学习一些分析DNA进化,起源、适应、synteny, 插入、重排、掉失、获得、二倍化、基因转录方向、排列顺序、启动子活性等的分析软件,但不知都涉及哪些软件,还望指点!有赏金!

问题 从结构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息

...最后一步,#从结构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息 grep -f ${ref}_gene_without_lable.list All.variant_function > All.final.sv.out 我拿到的vcf是我研究的基因家族的vcf文件,按理说我拿到的All.variant_function(434行)已经是这个基因家...

文章 两万人学习生信的选择!专业生物信息培训团队——组学大讲堂

...堂是北京组学生物科技有限公司旗下部门,是专业的生物信息学培训机构,致力于用简单、易学的方式来普及生物信息学知识。 截止到今天,组学大讲堂共计发布32门生物信息视频教程,涵盖转录调控、基因家族、癌症数据库...