# Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'
这个树我第一次导出时可以导出完整的树，第二次导出时，基因名称就消失了，所以应该不是老师说的基因名字上有特殊字符的原因，怎么办，愁人。这个是两次导出后的截屏。
病毒感染动物后使用感染的皮肤组织二代测序，抽提质检提示所有病毒感染过的皮肤组织都不合格，28S/18S以及RIN都不合格，不知道是自己取样的时候出现问题，还是由于病毒感染导致的组织rna断裂或者产生vsRNA片段过小无法检测...
...件 --out2 read2剪切后输出文件 --trim_front1 对read1的头部剪切 --trim_front2 对read2的头部剪切 --trim_tail1 对read1的尾部剪切 --trim_tail2 对read2的尾部剪切 --disable_adapter_trimming 接头修剪默认启用。 如果指定此选项...
在用SURVIVOR进行多样本SV合并时，生成的合并vcf里只保留了两个样本的信息，命令如下SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 -1 -1 -1 group_merged.vcf，sample_file里包含manta和delly鉴定出来的SV
程序运行中无报错，但是输出的figtree里面分化时间是NAN。如下：UTREE 1 = (((Spermwhale: -nan, (Cow: -nan, Sheep: -nan)。我用seq模式和近似自然法都是同样的情况，我的序列是cds序列，我输入的树文件是：(((A,(C,S)'U(0.15)')'B(0.47,0.58)',((((B,LA),B...
参考基因组里除了ACTGN以外，还会看到其他一些字符，看一下这些字符都代表什么？ DNA: Nucleotide Code: Base: ---------------- ----- A.................Adenine C.................Cytosine G.................Guanine T (or U)..........Thymine (or Uracil) R......
老师：您好，我想在我的转录组数据中找相关的糖苷酶基因，由于基因组注释文件缺失，没办法利用基因组来找。我想知道用什么方法可以找全糖苷酶基因，望指教。我现在都是手动，从NR注释中查找与糖苷酶相关的基因，但是...
...文件和subsetCD8.reanalysis.rds文件进行合并，但是这两个文件的最后一列列名不同无法进行合并，有什么办法可以修改列名或者删除这一列呢？ CD4.added.celltype.rds对应的meta文件：CD4.added.celltype.metadata.tsv subsetCD8.reanalysis.rds对应的meta...
做的是NBS-LRR基因家族的鉴定，把CNL亚家族和RNL亚家族一起建树，结果图上分不成CNL和RNL两个独立的分支，外类群找的是TNL亚家族的两条序列，有人可以帮解答一下吗，会非常感谢
老师，请问如何修改图片输出的大小？ vcf_stat.pl Contact: huangls Discription: Usage: Options: -vcf <str> required, input vcf file to stat; -type <str> required, file type,snp or indel ...
最近想做些DNA甲基化的实验，就找之前做重测序的公司询价，但是报价高了好多，每G数据量价格差不多翻倍了，他们的销售也说不出所以然，请问这个情况正常吗？