文章 如何看懂从TCGA下载的甲基化数据

...eBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensity and total array intensity, falls between 0 (lower levels of methylation) and 1 (higher levels of methylation)ChromosomeThe chromosome in which the probe binding site is locatedStartThe start of the CpG site on the chromosomeEndTh...

文章 canda 安装的jcvi 遇到字体错误： UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

...UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext])) 由于服务器里没有这种字体/.../software/Python-2.7.8/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:1316: UserWarning: findfont: Font fa...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

...ast.txt 1vs1.txt结果显示错误：Traceback (most recent call last): File "/work/script/find_1vs1_v2.py", line 36, in <module> find_max_third_column(args.input_file, args.output_file) File "/work/script/find_1vs1_v2.py", line 13, in find_max_third_column third_col_value = float...

问题 老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

问题 植物线粒体组装unicycler软件里的spades报错

... General                 (kmer_coverage_model.cpp   : 218)   Too many erroneous kmers, the estimates might be unreliable  * 0:07:10.518  1785M / 18G   WARN    General                 (kmer_coverage_model.cpp   : 327)   Valley value was estimated improperly, reset to ...

问题 老师您好！用meme分析motif时，输入/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100命令后显示zsh：no such file ordi

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

...mat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c matvec_check.cpp -o matvec_check.o g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c nbdev.cpp -o nbdev.o g++ -shared -L/us...

文章 很大的压缩文件计算行数

... std::cerr << "Usage: " << argv[0] << " <input_file>" << std::endl; return 1; } int max_threads = std::thread::hardware_concurrency() * 0.75; struct sysinfo sys_info; sysinfo(&sys_info); int BUFFER_SIZE = sys_info.freeram * 0.25 /...

问题 GeMoMa报错

...lArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Did not finish as intended. java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.   应该如...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...e = corPvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_Module-trait relationships.pdf",width=10,height=6) # Will display correlations and their p-values textMatrix = paste(signif(moduleTraitCor, 2), "\n(",                    signif(moduleTraitPvalue, 1), ")",...

文章 MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits

...因 发现第六步执行： 在MITE_Hunter_worker3.pl这个文件中check发现在比对之前都没有问题，但是比对的时候选择的软件不存在了，所以未能生成aln文件 3. 解决办法 修改MITE_Hunter_worker3.pl的147、150、263、266行的muscle所在位置即可。 ...

文章 tar.gz 文件很大，但是我只想要其中的一个文件，如何指定解压对应的文件

...果想解压这种结尾的文件，可以用如下命令： tar zxvf file.tar.gz 但是，如果压缩文件很大，而自己只想看看这个压缩包里面的某一个文件，要把整个包都解压就太浪费时间了； 这个时候我们可以指定解压其中的一个文件，只...

问题 seqclean出错

这个错误信息 * Using trimming files: /work/12.EVM/00.data/UniVec seqclean running options: seqclean genome.repeat.fa -c 1 -n 10000 -v UniVec  Standard log file: seqcl_genome.repeat.fa.log  Error log file:    err_seqcl_genome.repeat.fa.log  Using 1 CPUs for cleaning -= Rebuilding...

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决？

文章 怎么做一张好看的分类学树状图

...注释文件绑定到输入树。 graphlan_annotate.py --annot annotation_file.txt input_file.txt new_input_file_name.xml 注释文件可以与树输入文件多次绑定哦。 第二个（graphlan.py）用于生成不同格式的输出图像:png、pdf、ps、eps、svg。还可以使用 --dpi（...