老师您好，想请问一个问题。我根据HMM和blast方法鉴定出基因，也经过NCBI CDD，interpro证明含有所需要的结构域。根据文献，该基因家族基本都有保守序列 HDEIDFEFLG，但是在多序列比对和motif分析时，发现几个基因并没有文献提到...
我现在有600多条序列同时含有3个基因 我想利用这三个基因先聚类 然后建进化树分析 怎么同时进行这三个基因的联合聚类呢 cd-hit应该是用于单独一个基因的聚类把（ps: cd-hit聚类后我们通常是采用代表序列分析把 那3个基因分...
...对结果进行聚类，得到 直系同源组（orthogroup）。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences 文件夹中，单拷贝 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹中，orthogroup 的统计信息存放在 Co...
...）基因家族吗，如果是的话，我的基因组里为什么只有7个，而在plantTFDB（如下图）中拟南芥里这个MIKC——MADS都有76个，我看其他物种这个家族的基因也很多，为什么我晒出来的这么少呢？？？
...了解一下会不会这条语句blastall -i fuck.fa -d fuck.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o fuck.blast影响了结果。请老师解答一下这个问题，不胜感激！！！
...错了？还是数目太多？（用的scaffold，MCScanX也是，全部600个scaffold放到配置文件就报错，只放基因家族所在200个scaffold就能正常运行）
...单看看这篇文章是如何做的。 研究思路 作者选取了944个大脑样本进行了分析，其中622个样本来自阿兹海默病患者，322个样本来自健康捐献者，分别从基因组，转录组，蛋白质组等不同的层面进行了研究。首先发现两组病人间...
Natural-killer/T-cell lymphoma (NKTL)是non-Hodgkin lymphoma的一个罕见种类，表现出独特的地理分布，与西方相比，亚洲的患病概率更高。早期发现这种疾病有治愈的可能，但晚期NKTL的预后都不理想。本文介绍作者如何利用外显子测序发现...
...ylip NJ法构建进化树 Phylip 格式对样品ID字符要求不超过10个，不然会截断cp supergene.phy infileecho -e "Y\n" |dnadistcp infile.dist infileecho -e "Y\n" |neighbormv outtree outtree.nwk#进化树美化：https://www.omicsclass.com/article/671 视频课程推荐： 重...
...搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具，结果输出一般是有四个文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml格式文件。 html文件主要包含两部分信息：其一是motif的属性信息（见下图），给出了LOGO，点击红...
...找到宫颈癌相关的基因芯片数据：GSE63514，其中，包含28个宫颈癌样品和24个正常样本的基因芯片表达数据，通过差异分析共发现：1907个差异基因（944 up， 963 down）。作者利用火山图展示差异基因结果，其中差异最大的top200个基...
...由于转录后可变剪接的存在，赋予了基因更多的功能，一个基因会产生多个mRNA，不同mRNA所翻译出来的蛋白功能是有很大差异的，那么了解不同转录本翻译的蛋白各是什么功能是一个非常必要的工作，今天我就给大家分享一下如...
运行/ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/Launch_PASA_pipeline.pl -c pasa.annotationCompare.Template.txt -g wjsy_rm_adj.fa -t transcripts.fa -A -L --annots evm.out.gff3，总是报错DBI connect('database=wjsy11;host=localhost','shehb',...) failed: Access denied for user 'shehb'@'localhost' (u...