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文章 组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

...说明.txt》文件为对于本次更新的描述，data.tar.gz和amplicon_demo.tar.gz 基本未做改动（amplicon_demo中的work.sh文件，对应本次更新修改了数据库路径部分） database.tar.gz的文件解压后即可得到更新后的分类数据库。为了使文件夹更简洁...

文章 GATK SPARK 环境安装 加速GATK

...rl -fL https://github.com/coursier/coursier/releases/latest/download/cs-x86_64-pc-linux.gz | gzip -d > cs && chmod +x cs && ./cs setup --install-dir  /share/biosoft/scala/binexport PATH=/share/biosoft/scala/bin:$PATH 2， 安装Spark 并设置环境变量： wget https://mi...

文章 小鼠单细胞转录组方法参考 method

...s, we run the multivariate linear model (mlm) method using the function run_mlm with default parameters. For each cell in our dataset, it fitted a linear model that predicted the observed gene expression based on pathway-gene interaction weights. Once fitted, the obtained t-values of the slopes were...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_stem_cell_analysis/04.cell_type_ann/suture.added.celltype.rds") > Def...

文章 rocks 集群 手动安装挂载 nas存储

...享目录配置文件 /etc/exports /export/data1 10.1.1.0/24(rw,async,no_root_squash) 参数：ro表示只读，rw表示可读写，sync同步写*即同时写入内存和硬盘，async异步*暂存于内存，no_root_squash表示如果客户端连接过来的用户是root，则对服务端的...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

... 一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa 5.RNA...

文章 提取进化树中基因的顺序

...序即可。这里我写了一个脚本，如下： 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open...

文章 GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

...对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz 为了避免手动整理，可以利用getGEO读取本地本地的矩阵文件，例如（以GSE66597为例）： workdir = "F:/GEO/20180605/download/GSE66597"#设置工作路径setwd(workdir)gset...

文章 GATK报错：Could not find walker with name: VariantFiltration

...版本问题，我使用的是最新版本jdk-19.0.1，将它改为jdk1.8.0_161版本之后问题就解决了

文章 进化树中bootstrap值设置

...s://github.com/evolgeniusteam/EvolviewDocumentation/blob/master/datasets/11_bootstrap/DatasetBootstrapValueStyle.md 命令格式说明 设置语句分为2列，由制表符分隔。  l  第一列：bootstrap值的范围，一个值，或者由逗号或冒号分隔的2个值  l  第二列...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...。 数据来源 通过GEO数据库下载过敏性哮喘相关数据：GSE41861中的57个鼻黏膜上皮细胞样本（40个患者，17个健康人员），下载数据为CEL文件（原数据分上呼吸道和下呼吸道样品数据，此处仅利用上呼吸道样品数据构建网络）。 ...

文章 R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type”

...续使用ggsave导出，可以直接载入字体： library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/Times.ttf') showtext_auto() #调用showtext使其能够在ggsave()中使用 或者可以选择使用cairo_*函数进行结果图片的导出： plotout<-ggraph(layout) + coord_fixed()+ t...

文章 igraph 报错： libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory

...： sudo yum install glpk glpk-devel 再安装： R CMD INSTALL igraph_2.1.1.tar.gz

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

... => $GZ1 , -format => 'fasta'); my %id;while ( my $obj1=$fq1->next_seq()  ) {my $id1=$obj1->id;if(exists $id{$id1}){next;}else{$id{$id1} = 1;} $out1->write_seq($obj1); }}if($opts{f} eq "fq"){ if(defined($opts{fq})){my$read1 = $opts{fq}; open my $FQ1 ,"zcat $read1|" or die "$!"...

问题 您好，我用Linux找到的基因其中有两个基因我用DNAMAN进行蛋白比对相似度差不多九十八了，并且这两个其中一个基因不在染色体上，我要不要去掉不在染色体上的基因？

>CsaV3_1G015160.1MSSGLVCNDSVSWVTFHSAYDFGYLVKILTHQKLPKDLEQFLGVVRLFFGDNVYDMKYLMRFCQSLYGGLDRIAKTMNVNRAVGKCHQAGSDSLLTWHAFQKMRDTFFVQTEMHKHAGVLYGLENKFFTTIFSSTAGCGGCQKPKLSDIVQPDKKPPTTIVRRSSSSSSTDQNGTFSLDEDYTSSASKSTGTQSPVAILIGDSIAVEKDSDDPYEDFRGSMVEMIVEKRIYSPNGLQELLNCFLHLNSPYHHEIIVKAFTQISNEFESSHRLWNMSNNTD...