GEO中单细胞转录组数据不同数据类型可以用不同参数读入： IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践：https://www.omicsclass.com/article/1673 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践： https://www.omicsclass.com/article/1677 BCC 基底细胞癌（GSE123813 count表...
...用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump将SRR文件转换为fastq格式，将双端测序文件拆分为两个reads nohup fastq-dump --split-3 --gzip ./SRR6382584 & #SRR文件需指定路径，时间较长，-gzip 命令，输出gz的压缩格式，好处是可以节省空间 ...
... 1. 准备文件 vcf文件：用于记录variants (SNP / InDel)的文件格式，主体部分每一行代表一个variant的信息，包含10列以上的数据，第10列及之后记录样本的基因型信息。 群体分类文件 ：记录某个群体的样本ID，ID需与vcf文件中的ID一...
... 点击"Create custom filter"按钮，在"Query terms"框内按照特定的格式输入目标影响因子范围内的期刊列表（下文有列表制作方法），并保存为相应的名称即可。如下图：输入筛选好的影响因子大于30的期刊列表，命名为"30≤IF"，其他影...
老师，我从《组学大讲堂——基因家族分析》下载的TB-tools打开后不现实全部界面，应该怎么办呢？电脑也装了java了。
...亡率约为第4位。组织学上，食管癌可分为腺癌(EAC)和鳞状细胞癌(ESCC)两种亚型。ESCC是食管癌的主要亚型，约占全球食管癌的90%。由于缺乏有效的生物标志物，许多ESCC患者被诊断为晚期，并且在这个阶段往往已经发生远处转移，...
数据介绍： 来自谷歌翻译： 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）从正常组织逐步进展为转移性肿瘤。为了全面描述肿瘤细胞的异质性及其在 HNSCC 进展过程中的相互作用，我们对正常、白斑、HNSCC 和转移性 HNSCC 组织进行了单细胞 RNA 测序...
... 1.529461 label #6633ff bold 1.5 前三行为固定格式，可不用修改，DATA后就是我们要添加的注释信息了。这里总共分5列信息，每列之间使用Tab制表符分隔（由第二行"SEPARATOR TAB"所设置）： 第一列：进化树中物种、样...
...，就是启动时遇到问题。如下图所示，说“不能为虚拟机打开一个新任务”。 随后，通过提问，有人告诉我，“电脑cpu虚拟化开启一下”。我按照如下文章的方法进行了操作。 http://www.omicsclass.com/article/78?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg ...
...下他的在线版用法。 首先，选择输入motif文件，需要meme格式。 然后输入查询的序列，选择我们准备好的序列文件。 最后输入邮箱，工作描述，也可不填。 还可修改匹配的p值，默认为 1E-4，最后点击“Start Search”就可以...
1 单细胞转录组转录因子分析介绍： TF （transcription factors, TFs）通过与DNA特定区域结合，促进或阻碍DNA的转录过程从而调控基因的表达。了解TF对于了解细胞功能及疾病进程等生命活动有重要意义。 2017年11月，SCENIC发表于Natur...