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文章 split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

使用方法: usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion] [-o outdir] [-n name] The complete data set is randomly divided into training set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --inpu...

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

... 9c55ccc77b4f (AVX2, FMA3, 5 GB RAM)       6 Command: iqtree2 -s HSP90_pep_final_aligned_trimed.fasta -m MFP -B 1000 --bnni -T 2 --prefix iqtree2.pep.fullLength       7 Seed:    322460 (Using SPRNG - Scalable Parallel Random Number Generator)       8 Time:    Sun Dec  3 19:46:41 202...

文章 Windows下如何快速的安装Python模块

...3456453 2、Python pip更换国内源 转载：https://blog.csdn.net/qq_30754565/article/details/82777253 pip国内的一些镜像   阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/   中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/   豆瓣(douban) http://pypi.doub...

文章 blastall 参数详细说明

...stx核酸核酸     比对命令示例 #建库 makeblastdb -in HSP20_NCBI_pep.fasta -dbtype prot -title HSP20_NCBI_pep.fasta #蛋白质序列 #blastp比对 blastall -i Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -d HSP20_NCBI_pep.fasta -p blastp -e 1e-10 -b 1 -v 1 -m 8 -o ncbi_hsp.out

问题 提取上游1500bp报错Bad end parameter (4488)且输出结果不全

...到的结果文件如下，有些有ID但是序列为空，有些（RmPMTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里。 RMU_r2.0_genome.fa为基因组序列 RmPMTID_loc.txt为基因位置信息 猜想基因不存在于序列文件中？ 但是序列为空的基因如Rmu_ssc...

问题 老师，麻烦您看一下我下载了这种series_matrix.txt 文件后续可以怎么分析，找到我自己一些感兴趣基因的表达量绘制热图，看这个文件像是双通道芯片对吗

GSE10487_series_matrix.txt.gz

文章 基因组注释分析方法

...s performed by MITE Hunter (11-2011)64, and the latter was performed by LTR_retriever (v2.8.7)65, which integrates LTRs predicted from LTRharvest66 and LTR_Finder (v1.0.7)67. Other known repeat sequences were annotated by searching RepBase (v20170127) (http://www.girinst.org/server/RepBase/index.ph...

文章 BaiduPCS-Go 使用小技巧

...支持指定. 例子 BaiduPCS-Go transfer https://pan.baidu.com/s/12L_ZZVNxz5f_2CccoyyVrW?pwd=edv4 5. 下载文件更改保存文件夹 config set --savedir 自己想保存的文件夹BaiduPCS-Go d 网盘文件  注：会在指定的文件夹下面创建用户文件夹，下载的文件...

文章 python数据可视化-matplotlib之inshow

...om/p/de223a79217a plt.imshow(np.random.random((100, 100)), cmap=plt.cm.BuPu_r) # 生成100行，100列的，浮点数从0-1中随机。 # 参考链接https://www.cnblogs.com/DOMLX/p/9751471.html # camp(colormap)就不细讲了,可以看https://blog.csdn.net/lanchunhui/article/details/66972783 plt.su...

问题 动植物基因组组装课程，结构注释部分，运行braker.pl出错

...am \    --cores=$threads \    --useexisting   \    --gff3 --skip_fixing_broken_genes 系统提示： Failed  to create new species with new_species.pl, check write permissions in /share/work/biosoft/augustus/latest/config//species directory!     Command was perl /share/work/biosof...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

...INER huangls <huang2002003@qq.com> #COPY Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh /tmp/miniconda.sh #ENV LANG=C.UTF-8 LC_ALL=C.UTF-8 ENV PATH /biosoft/miniconda/bin:$PATH RUN yum -y update && yum upgrade -y \ && yum -y install bzip2 openssl openssh-clients\ cmake zlib libpng...

文章 GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

...urred, please check your installation and try again“的一种解决方案_a jni error has occurred,please check your-CSDN博客

问题 如果提取基因一条代表CDS序列不成功，mRNA与CDS，GENE的ID都不一致（马铃薯数据库）

...的ID,但提取的是mRNA的ID 所以我想修改perl脚本（geneid_to_mRNAid.pl） 当我把if($tmp[2] =~/mRNA中的mRNA改为cds时， 显示 当我把里面的全部mRNA全都改为cds时 显示   请问该如何修改脚本，可以得到基因对应cds的 ID呢 ...

问题 R脚本画相关性散点图时报错

...画图时，提示报错如下 Error in `[.data.frame`(metadata, , opt$cor_name) : 选择了未定义的列 Calls: print ... scales_add_defaults -> lapply -> FUN -> [ -> [.data.frame 我的数据为两列污染数据，类似： 已转为tsv格式 源代码如下： #!/usr/bin/Rscr...

文章 perl数学函数

...围在-PI~PI。 应用例： 角度转化成弧度子程序。subdegrees_to_radians{ local($degrees)=@_; local($radians);11: $radians=atan2(1,1)*$degrees/45; } Perl数学函数名 sqrt 调用语法retval=sqrt(value); 解说平方根函数。value为非负数。 Perl数学函数名 exp ...