...hmmer鉴定基因家族（拟南芥WRKY基因家族为例）： 2.1 hmmer 搜索鉴定基因家族 如何知道自己要研究的基因家族的pfam号：https://www.omicsclass.com/question/268 WRKY基因家族：Pfam 隐马尔科夫模型下载：https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF03106...
最近分析串联重复基因，按照视频中的做完，发现很多串联重复基因并不存在与同一条染色体上，请问它们属于串联重复基因吗？ 这是blast结果 这是序列长度文件 这是最后得出的筛选结果
grep是perl里面的一个列表筛选函数，功能还是不错的。 grep有2种表达方式: 1. grep BLOCK LIST 2. grep EXPR, LIST BLOCK表示一个code块,通常用{}表示;EXPR表示一个表达式,通常是正则表达式。LIST是要匹配的列表。 示例： 统计匹配...
请问是这个红框吗？ 我用谷歌学术搜索也没找到相应的pfam号。拜托您啦 感谢老师
从pfam找到基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？...
...ana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果，之后手动筛选出来，却没有exon等，用GSDS也没有结构，请问这个是不是无法分析？谢谢！
...命令：hmmsearch --domtblout C2H2_hmm_out.txt --cut_tc PF00096.hmm pep.fa搜索，其次用已经功能鉴定的拟南芥和番茄的同源序列做blast，两者得到的结果没有交集。我发现在删除参数--cut_tc后得到的hmmer结果与blast结果有交集且结果基本一致。请...
...我们更好的进行个性化的检索，比如通过-appl参数选择要搜索的库（默认全选）： 具体使用参数详见官方网站：https://interproscan-docs.readthedocs.io/en/latest/HowToRun.html tsv格式文件解读：
...序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。 再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下： hmmsearch --domtblout Ensembl.txt PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa 输入文件PF01535.hmm...
... # umount /var/lib/docker/devicemapper 6. 卸载 docker 查看已安装的 docker 包 # yum list installed | grep docker 卸载相关包 # yum remove docker-engine docker-engine-selinux.noarch sudo yum –y remove docker-buildx-plugin.x86_64 docker-ce.x86_64 docker-ce-cli.x86...
...里：C:\Program Files\IBM\Aspera Connect\bin，大家可以找一下或者搜索 ascp.exe 这个文件。 鼠标右键“我的电脑”选“属性”，选择“高级系统设置”，找到“环境变量(N)...”。 在系统变量里找到“Path”，点“编辑”。 点击新...
...utils：用于操作 Excel 文件的实用工具，比如复制、分割、筛选等； 安装 pip install xlrd pip install xlwt pip install xlutils 导入 import xlrd import xlwt import xlutils 读取excel # ----读取excel---- data= xlrd.open_workbook(excel_file) 读取sheet # -...
我搜索到的关于biom文件转换txt文件是在Python上运行一组代码，但是我没有用过Python，试着输代码后总是报错。希望有知道的老师告诉我一下biom转txt的具体流程，谢谢！
miRTarBase: 是一个从已发表文章中，收集，整理miRNA靶基因的数据库。相比于其他数据库中都是对miRNA进行靶基因预测，有实验验证的结果，肯定会可靠好多。 该数据库有如下特点 1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新，目前已...
...）：模型（通常是随机森林）为每个预测变量（predictor）分配的重要性评分，表示该变量对目标变量（target）预测的贡献程度。例如上图：观察到 心肌细胞（CM）是成纤维细胞（Fib）的重要预测因子，也就是CM与Fib共定位。