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文章 16S聚类还是降噪？

... 参考文献： [1] Edgar, R.C. Updating the 97% identity threshold for 16S‌ ribosomal RNA OTUs. (2017). doi:https://doi.org/10.1101/192211 [2] Callahan,B. J., P. J. McMurdie, M. J. Rosen, A. W. Han, A. J. A. Johnson and S. P.Holmes (2016). "DADA2: High-resolution sample inference from Ill...

问题 合并gvcf的问题

...这些gvcf文件，但是提示我错误：A USER ERROR has occurred: The list of input alleles must contain <NON_REF> as an allele but that is not the case at position 763769; please use the Haplotype Caller with gVCF output to generate appropriate records。由于缺乏bam文件我只能尝...

文章 使用map()、filter()来做到函数式编程

...会改变引用值， 但普通函数会，举个例子 def num_1(list):for index in range(0, len(list)): list[index] += 1return listlst_1=[1,2,3]print(num_1(lst_1))print(num_1(lst_1)) [2, 3, 4] [3, 4, 5] 这个普通函数经过2次调用，让lst_1这个列表的值发生了变化，...

问题 感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

...，显示warning skip Indel site, there are total skip Indel sites number is : 105。 因为我的vcf文件中同时包括了snp和indel变异信息，有些indel位点与表型是显著关联的，我想保留indel位点，并在热图中与snp数据同时可视化，类似下图这样。请问应...

问题 如何将基因组序列里的简并碱基变成N或者保留其中一种?

在进行批量indel标记设计的时候，出现如下错误，[ERRO] illegal DNA/RNA/Protein sequence: 248, you may switch on -d/--degenerate or -r/--use-regexp 原因好像是因为基因组序列里有简并碱基，所以怎么处理，使能够正常设计引物

问题 docker gene-family image 执行时perl脚本不出现

perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt 在执行这个指令时，出现：Can't open perl script "script/mRNAid_to_geneid.pl": No such file or directory 错误，是perl脚本没有封装在容器中吗？

问题 NJ 树脚本报错

...tdir.strip()+'/outfile','/'+args.outdir.strip()+'/infile') FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/outfile' -> '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/infile' 请问如何解决？在使用本地mega建nj树几乎不可能...

问题 利用KaKs_Calculator2.0计算两个基因的kaks时出现：Error.

The size of two sequences in 'EVM0055308&EVM0007023' is not equal. 出现问题后也按照课堂上和视频课程中的方法进行了解决，也检查了ATG，序列是否为3的倍数等问题，均符合要求，不知道是什么问题造成的，

问题 请问QQ图绘制时报错，文件明明在，却找不到文件怎么回事啊？

> library(qqman) > results_log = read.table("logistic_results.assoc.logistic", head=TRUE) Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") :   cannot open file 'logistic_results.assoc.logistic': No such file or directory

文章 关于CodeML分析中四种常见模型假设

...l D，主要参数如下： （1）Model A (Model 2, NSites=2, ncatG=ignored) （2）Model B (Model 2, NSites=3, ncatG=ignored) （3）Model C (Model 3, NSites=2, ncatG=ignored) （4）Model D (Model 3, NSites=3, ncatG=2 or 3) 4. 进化枝模型 （Clade Model）：与枝位点模...

文章 WGCNA剔除异常样本

..."red","black") # 删除异常样本 remove.samples= Z.k<thresholdZ.k | is.na(Z.k) datExpr=datExpr[!remove.samples,] datTraits=datTraits[!remove.samples,] 如果您对WGCNA数据挖掘感兴趣，请学习我们的WGCNA相关课程： 《WGCNA加权基因共表达网络分析》

文章 R 安装github包报错：

...HUB_PAT. Use `gitcreds::gitcreds_set()` and unset GITHUB_PAT in .Renviron (or elsewhere) if you want to use the more secure git credential store instead. Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:   HTTP error 401.   Bad credentials   Rate limit remaining: 53/60   Rate limit ...

问题 win10家庭版安装docker desktop,运行时报错

...iguration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running.

文章 pophelper包安装

...oyfrancis/pophelper') 安装成功后加载pophelper包 # load library for uselibrary(pophelper) 详情可参考：https://www.royfrancis.com/pophelper/

文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

...l, default: 1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for x axis [optional, default: log2FC] -Y y.lab, --y.lab y.lab the label for y axis [optional, default: -log10(FDR)] -T title, --title title the label for main title [option...