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问题 KEGG富集分析

老师我在做KEGG富集分析的时候,用了459个下调的差异基因进行富集,结果得到的通路P值都>0.05,老师这种情况会发生吗?原因是什么,我要怎么样调整参数才能得到p值于0.05的通路?

文章 研究生怎样才能和导师打成一片?

...采取非常放任的态度,这就是所谓的“放养", 导师通常比较忙碌,所以需要你能够自律, 你要何确保自己可以“利用”导师的专业知识来得到自己想要的东西, 所以,要记住,是你来负责,这是你的责任,而不是导师。 2...

问题 老师您好,我在作比较基因组学,麻烦您帮我看看这两个文件bed和cds有什么问题吗?因为出现AT3G10920 not in AT.bed这种问题

文章 Rush:一款强大的Linux并行任务执行工具

...量相同或相似任务时。 让我们通过几个实例来详细了解如何使用Rush。 例1: ls *.txt | rush -j 4 'cat {} > {}.bak' 在这个例子中,Rush通过ls *.txt获取所有的文本文件列表,并使用rush -j 4 'cat {} > {}.bak'命令并行处理四个文件。这个...

问题 老师如何利用gatk只对某几条染色体进行变异检测? 另外,如何使用gatk 设置线程数量?谢谢老师

老师如何利用gatk只对某几条染色体进行变异检测?  另外,如何使用gatk 设置线程数量?谢谢老师

文章 Java安装与配置

...类软件就必须有Java的运行环境。今天编就给大家介绍如何在Windows上安装Java。 JDK是整个Java的核心,包括Java的运行环境、Java工具和Java基础类库。可以简单的认为安装Java其实就是安装一个JDK。 一、下载、安装JDK 首先需要获...

问题 老师您好,我现在在鉴定lncRNA,希望能鉴定已有的人的lncRNA,我使用了cuffcompare把我的转录本和人的gencode中的lncRNA进行比较,请问classcode为“=”和“c”的就是已有的lncRNA吗?

问题 老师您好想想您请教一下这个wgcna中临床表型如何转换为数字性状数据呢,不知该如何定义

问题 老师,您好!最近我学了WGCNA的课程,跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案,而不是出来很多颜色的模块文件,这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

老师,您好!最近我学了WGCNA的课程,跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案,而不是出来很多颜色的模块文件,这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

文章 Pheatmap绘制多分组热图

...形,并保存文件。 画的图拍你可以根据自己的喜好进行调整,包括横, 纵轴; 颜色,聚类;长宽比例都可以进行调整。 聚类调整在默认情况下,生成的热图是含有行列聚类,如果不想显示聚类,可加入参数cluster_row = FALS...

问题 老师好,我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错,换下一个物种生成anchors文件为空,请老师指点

老师好,我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错,换下一个物种生成anchors文件为空,请老师指点bed和cds名字也都一样 请老师指点,谢谢

问题 如何判断一个基因是否是差异基因?如果是差异基因,如何判断该基因的表达量是上调还是下调?

问题 A基因家族的家族成员一共25个,但是23个成员是一个domain,只有是两个domain,这种情况,比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适?不容易得到25个成员的全蛋白进化树?

文章 6分+文章告诉你2021基因家族分析文章还好发!

...实认真看一下这两篇文章内容,基因家族分析发文章还是比较容易的,假如对文章分数要求不高,仅需做一些基础的常规分析就可以了;假如想发高分文章,内容就要再丰富一些,比如增加分析内容如蛋白互作网络分析、蛋白三...

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写?!

...见鱼类等海洋动物,牛羊等大型动物的基因家族分析文章比较少,那么大型动物能不能整理基因家族分析类文章呢?答案是肯定的,今天,我就给大家介绍一篇2022年1月11日见刊的介绍牛中Wnt家族分析的SCI文章,一起了解下动物...