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文章 基因结构图修改ID

...家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA...

问题 基因家族转录组数据

...我现在在分析三代测序基因组的某基因家族,但是转录组数据是以二代测序的基因组为参考基因组,无法直接利用。我通过Blast发现,三代测序基因组的多个基因比对到二代中的同一个基因ID,都和它的相似性特别高,这应该怎么...

文章 在线进化树美化网站-iTQL

...iTQL:http://itol.embl.de/ 进入网站主页之后,选择Upload进入数据上传页面,提交MEGA构建进化树的结果文件nwk. 导入文件nwk,或者直接粘贴nwk文件中的内容到text填写框中,实现进化树的提交 完成进化树提交之后,会跳转进入具...

问题 老师你好,请问从NCBI上下载的数据格式是.1,怎么转换格式,为什么我用Linux的wget命令下载下来的数据是这种格式

问题 想咨询一下老师,这个图大概是咋做出来的,应该用到什么样格式的数据,在网上没搜到教程,主要是需要什么数据,谢谢老师

问题 基因家族数据准备

请问下载下来的基因组文件和注释文件查看了下是这样,能直接用吗,还是要做修改,我看基因组数据后面还有好多短的contig,要全部去除吗

文章 ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据(SRA NR NT 分类数据库,)

NR NT 数据库: #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/...

文章 《转录组代谢组个性化数据分析》课程上架

你是否在转录组代谢组数据分析的迷宫中徘徊,渴望掌握关键技能,推动科研项目的进展?我们的 “转录组代谢组个性化数据分析” 课程重磅来袭,为你量身打造通往科研成功的捷径! 课程适合学员:拿到公司给的结果后看...

问题 SCI引用文章数据CC BY 4.0问题

想使用别人发表的OA-SCI文章数据,最后有个注释,是不是表示文章数据可以使用,只要正确引用就好。

问题 如何启用已下载好的数据

我在windows下载了PFAM数据库然后导入我自己的虚拟机中,我又用conda下载了antiSMASH,然后antiSMASH所需的PFAM如何能直接应用在antiSMASH上,不必再下载一遍PFAM数据库?

文章 使用grep函数判断数组元素的有无

...重复的打印出来。 此外,使用grep也可以进行一些简单的筛选替换工作,如: grep $_=~s/\s//g,@array; #删除数组内部元素的空格 参考资料: https://www.cnblogs.com/zxtang/p/14371164.html https://zhuanlan.zhihu.com/p/583253676

文章 clustalW命令行批量多序列比对

...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提...

问题 现有一个数据框面数据基本和截图类似 希望对有相同第一列(Taxonomy列)的行进行合并并且取平均值,希望得到r语言方法

test.csv

文章 GEO单细胞转录组数据挖掘示例代码汇总

GEO中单细胞转录组数据不同数据类型可以用不同参数读入: IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践:https://www.omicsclass.com/article/1673 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践: https://www.omicsclass.com/article/1677  BCC 基底细胞癌(GSE123813 count表...

文章 ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射

...因子,连续变量无法mapped to shape,譬如基于上一文章相同数据dat dat   X Y shape1  1 6     02  2 6     13  3 6     24  4 6     35  5 6     46  1 5     57  2 5     68  3 5     79  4 5     810 5 5   ...