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问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

...idopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff，那么第一个叫脚本代表什么意思，生成的.gtf是什么作用，第二个脚本运行完，生成...

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...r_plot optional arguments: -h, --help show this help message and exit -l lnc_data, --lnc_data lnc_data input data file path[required] -g gene_data, --gene_data gene_data input data file path[required] -m method, --method method ...

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

... raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(1)AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group' 无法生成gene_length文件，...

问题 tcga生存分析

...(OS,vital_status)~group,data=exprSet) 到sfit这一步报错了， Error in time[[i]] <- sort(unique(y[who, 1])) :    attempt to select less than one element in integerOneIndex 我导入的exprSet是， exprSet <- read.table("E:/TCGA/mirna-log2-2.txt",header = T,sep="\t",na ="NA") 不...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...al triats###################################### # Define numbers of genes and samples nGenes = ncol(datExpr0) nSamples = nrow(datExpr0) moduleTraitCor = cor(MEs, datTraits, use = "p") moduleTraitPvalue = corPvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_Module-tra...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...成： 得到离群值的索引： OutVals = boxplot(x)$out which(x %in% OutVals) 如果想删除离群值： x[! x %in% OutVals] 不想绘图，只想得到结果可以这样： OutVals = boxplot(x, plot=FALSE)$out 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、bi...

文章 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

... [ -f "./env.sh" ]; then  source ./env.sh else  echo "env.sh file not in current directory, please check"  exit fi mkdir 04.time_tree_pep cd 04.time_tree_pep #选择一个满意的树 ln -s ../03.Phylo_Tree/raxml.cds.raxml.support species.tre #准备数据 ln -s ../03.Phylo_Tre...

文章 bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列

...ip", "$ARGV[1]" or die "$!";open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,                               -format => 'Fasta'); ...

问题 你好，能否向您请教一下rbsurv包在鲁棒性检验的问题

...max.n.genes=20, n.iter = 10,n.fold = 3,gene.ID =row.names(rust_test)) Warning messages: 1: In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights,  :   Loglik converged before variable  1 ; beta may be infinite.  2: In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights, ...

文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

...采用bbmap进行fastq文件的修复 1.软件安装 conda安装 conda install -c bioconda bbmap 或直接安装 wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_39.01.tar.gz 2.fq文件修复 sh ./repair.sh in=r1.fq in2=r2.fq out=r1.repair.fq out2=r2.repair.fq 参考：https://...

问题 使用get_gene_length_from_gtf.py脚本统计基因长度时报错

... recent call last):   File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 48, in <module>     kvs=get_value(tmp[8])   File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 36, in get_value     k,v=re.split(r'\s+',i) ValueError: too many values to unpack

文章 R语言-文件行名重复，对行名重命名

...名： d<-read.table("test.xls", header = T, check.names = F) > uniname <- unique(d[,1]) > rowname <- d[,1] > for (i in 1:length(uniname)) { + count = -1 + for (j in 1:length(rowname)) { + if (rowname[j] == uniname[i]) { + count = count + 1 + ...

文章 linux 重定向

...脚本时。用一个简单的python脚本说明： 脚本如下： # coding: utf-8 if __name__ == '__main__': print 'Hello' int('Hello') 该脚本先输出"Hello"，这一步是正常的，然后将"Hello"转换为int类型，这里会报错。直接运行： $python test.py > txt ...

问题 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...感谢 老师，我刚重新运行后，看到错误提示是：Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢？

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...//www.genome.jp/kegg/pathway.html pathway DESC  ko00440 Phosphonate and phosphinate metabolism ko00450 Selenocompound metabolism ko00460 Cyanoamino acid metabolism ko00471 D-Glutamine and D-glutamate metabolism ko00472 D-Arginine and D-ornithine metabolism ko00473 D-Alanine met...