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问题 pip install RSeQC安装时候报错，是不是底层的库不全？怎么解决呢

利用教程中的pip install RSeQC，出现三处红色显示的错误，试了下pip install其他的也同样报错，不知道是不是什么库没安装； 分别是bx-python、python-lzo；代码如下，找了好几个版本的答案，没能解决 root@iZbp10cjxe9c7ip0m4hzhwZ:/bioapp# pi...

文章 tensorQTL ：最高效的QTL 分析工具

...stitute/tensorqtl.gitcd tensorqtl# install into a new virtual environment and loadmamba env create -f install/tensorqtl_env.ymlconda activate tensorqtl 总体参考： https://github.com/broadinstitute/tensorqtl?tab=readme-ov-file 有两种用法, 一种是命令行工具调用 pyth...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

跟着课程做，我的结果显示结构变异和非结构变异WRKY的表达量没有显著的差异，那么08.SV_and_gene_structure还能做吗？

文章 宏病毒组分析一区

阿尔兹海默症病毒组——A metagenomic study of gut viral markers in amyloid-positive Alzheimer's disease patients 推荐语：越来越多的证据表明，病毒参与了阿尔茨海默症（AD）的发展和治疗。然而，对AD患者肠道病毒组的研究仍然存在显著的研...

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错：77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

...kage ‘KernSmooth’ ...** package ‘KernSmooth’ successfully unpacked and MD5 sums checked** using staged installation** libs77  -fpic  -g -O2  -c blkest.f -o blkest.omake: 77: Command not foundmake: *** [blkest.o] Error 127ERROR: compilation failed for package ‘KernSmooth’* removing ‘...

问题 TCGA数据中primary site数据下载报错

...lts$submitter_iddownload_name = substr(samplesDown,1,12)####报错！Error in substr(samplesDown, 1, 12) : object 'samplesDown' not foundsample_download <- samplesDown[download_name %in% case_name]######报错！Error: object 'samplesDown' not found

文章 国宝吃竹子并非发自内心-比较基因组学分析揭示大熊猫“心路历程”

... 三个和赖氨酸、精氨酸的利用有关的基因（PRSS1, PRSS36, and CPB1）也突变了，这导致大、小熊猫不得不进一步放弃植物叶片作为主食，转而食用含赖氨酸和精氨酸较少的竹子。没想到熊猫宝宝在进化史上有如此遭遇，真是见者伤...

问题 基因家族分析课程中，get_gene_weizhi.pl脚本运行后导出文件为空

...势作用元件” 一课中，运行代码perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 id.txt -in2 Cucumis_sativus.ASM407v2.41.gff3 -out gene_weizhi.txt后，导出文件为空。我检查了id文件和gff3文件的基因标签是一致的，以下为id文件、gff3文件、代码输入界面和空的导出...

问题 植物线粒体组装unicycler软件里的spades报错

..., OS return value: -9 None ======= SPAdes pipeline finished abnormally and WITH WARNINGS! === Error correction and assembling warnings:  * 0:06:44.998  1783M / 18G   WARN    General                 (kmer_coverage_model.cpp   : 218)   Too many erroneous kmers, the estimates...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...ession optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i data, --data data input data file path[required] -t time, --time time set suvival time column name [required] -e event, --event event set event column name must 0 or 1 code format ...

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

...e/1507 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -m metadata, --metadata metadata input metadata file path with suvival time[required] -g expset, --expset expset input gene expression set file[required] -B by, -...

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

命令：/data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -gk 2 -p /wtmp2/user049/yushiyan/-P/pheno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals...

问题 在初次docker运行程序时发现问题

WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested

文章 R语言包安装方法，设置国内镜像加快安装速度

... Tsinghua Universityhttps://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/University of Science and Technology of Chinahttp://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/University of Science and Technology of Chinahttps://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/Lanzhou University Open Source Societyhttp://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/Lanzhou University Open So...

文章 perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序

...及对应的多个转录本信息： perl代码如下： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();my%Gene2mRNA=();open IN,...