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文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...骨生物学相关的研究。 References: 1. Osteoprotection Through the Deletion of the Transcription Factor Rorb in Mice. Journal of Bone and Mineral Research, 33(4) 2018, 720–731. 注明 | 文章是源井生物原创,转载请注明。 关 注 供 纵 昊 “源井生物”,了...

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图?

... #将gff压缩文件转换成bed格式python3-m jcvi.formats.gff bed --type=gene Arabidopsis_thaliana.gff3 -o Arabidopsis_thaliana.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica_rapa.gff3 -o baicai.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica oleracea.gff3 ...

文章 R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type

...结果导出pdf的时候报错,不可用的字体类型“invalid font type” 如果继续使用ggsave导出,可以直接载入字体: library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/Times.ttf') showtext_auto() #调用showtext使其能够在ggsave()中使用 或者可以选择使...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时,出现以下报错,在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...用tassel软件对文件进行排序run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF#vcf文件格式转换成Phylip格式,用于后续构建进化树run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter...

文章 docker clash 配置

...xy https_proxy docker配置: Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTT...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...过这一步的分析最终发现几个重要基因:GATA2, PTGS1, POSTN, and CD44 具有这类特征,这几个基因的功能也和过敏性哮喘紧密相关。 富集分析 针对筛选到的四个重要模块:magenta、pink、yellow、 blue,进行GO富集分析,观察模块内基因...

文章 TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

... 通过样品的barcode 进行样品的分类(癌症,癌旁) exprSet$type <- factor(substr(rownames(exprSet),14,14), labels = c('Tumor','Normal')) # 查看exprSet 数据的格式 head(exprSet[c('type',diff_gene)]) #      type ENSG00000000460 #    TCGA.BR...

文章 群落分析的冗余分析(RDA)概述

...Grace(2002)所说:“Very few ecologists have dared to venture into the uncertain waters of four or more dimensions”。 排序图表示 以R语言vegan包分析群落数据为例,排序对象(样方)、响应变量(物种)以及解释变量(环境变量)在各个约束轴中...

文章 mclust analysis.r 基于模型的聚类

... input clinical information file path[required] --mclust whether to cluster the samples[optional,default:False] -g group, --group group Group the samples into several categories[optional,default:3] -n model_name, --model_name model_n...

文章 R包 CandiHap 进行单倍型分析

...iHap)dat <- read_data("track-Phenotype.gwas.txt",sep="\t")# notice that the dat should have the chromosome name in the first column, position in the second column and the values in the following columns snptrack(gff,dat=dat,id="Parent",color='r2', point.size = 0.2, high = "#DC0000B2",low ="blue"...

问题 mucle报错sh: line 1: 238070 Segmentation fault

...步骤导致-output 9238.pep_aln是空的,所以后面会ERROR: number of input seqs differ (aa: 0;  nuc: 10)!!

文章 kaks和dnds是什么?

...以后的高级篇中,我们会深入探讨这些问题。 Hurst L D. The Ka/Ks ratio: diagnosing the form of sequence evolution[J]. TRENDS in Genetics, 2002, 18(9): 486-487. Navarro A, Barton N H. Chromosomal speciation and molecular divergence--accelerated evolution in rearranged chromosomes...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...arrow = arrow(length = unit(0.008, "npc"), type = "open", ends = "last")) + labs(x="Cluster", y="Average log2FC") + geom_text(data=TopGene, # 绘制中心分组标记图文本注释 aes(x=cluster, y=0, label=cluster), ...

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

...文献:Han X, Yin H, Song X, et al. Integration of smallRNAs, degradome and transcriptome sequencing in hyperaccumulatorSedum alfrediiuncovers a complex regulatory network and provides insights into cadmium phytoremediation:[J]. Plant Biotechnology Journal, 2016, 14(6):1470-1483.