问题 检查数据是否正确时 出现以下错误：> exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

...话可否加个微信 18289816802 Error in multiExpr[[1]]$data : $ operator is invalid for atomic vectors Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

...eqids layout　时，提示错误。 Traceback (most recent call last):  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main    "__main__", fname, loader, pkg_name)  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code    exec code in run_globals  File "/usr/local/lib...

问题 老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

..../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last" -print0 | while IFS= read -r -d '' file; do     output_file="${file%.last}.processed.txt"     awk '!/^#/' "$file" > "$output_file"  done         想着一条一条运行并生成各自的processed.txt文件，最后合并成last.txt，  但...

文章 qiime2分类器的训练

...iime rescript filter-taxa --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza --m-ids-to-keep-file ref-seqs-Bacteria.qza --o-filtered-taxonomy ref-seqs-Bacteria-tax.qza 训练分类器命令： qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes --i-reference-reads ref-seqs-Bacteria.qza --i-reference-taxonomy ref-...

问题 请问老师，使用annovar进行注释出现报错，如下：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...在输出文件时无法识别格式invalid record found in annovar outputfile:。是不是软件没有更新？annovar/2019Oct24/annotate_variation.pl 我用的是这一版。还是说有一些低质量没有过滤的snp导致了识别错误，我上一步的过滤是GATK硬标记完事之后，只...

文章 MEGAN 分类学树状图 饼图说明

...nomy and is labeled by its name and the number of reads that were assigned to the taxon and not to a subtaxon. The size of the circle is scaled logarithmically to represent the number of reads.  图中圆圈大小代表该物种在该水平所占的比重（取了log值），比重表示只...

文章 cmplot调整四周空白区域的大小

....type = "d", bin.size = opt$binsize, chr.den.col = color, main = opt$main, file.name = opt$name, file = "jpg", file.output = TRUE, verbose = TRUE, mar = mar)

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明： usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                    ...

文章 linux shell 将多行文件转换为一行

 1. 采用awk       awk BEGIN{RS=EOF}'{gsub(/\n/," ");print}' file       说明：awk默认将记录分隔符（record separator即RS）设置为\n，此行代码将RS设置为EOF（文件结束），也就是把文件视为一个记录，然后通过gsub函数将\n替换成空格，最...

问题 重测序BWA比对率低

...44.94% : N/A) 18888798 + 0 with itself and mate mapped 1437966 + 0 singletons (3.76% : N/A) 1344176 + 0 with mate mapped to a different chr 923040 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) 36840465 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)36592656 + 0 primary247809 + 0 secon...

问题 获取基因与mRNA的对应关系，注意文件中的位置mRNA的位置； #perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt

老师您好，我在运行这一步的时候，结果文件只有ID信息，没有后续的位置信息，请求老师帮忙解答问题出现在哪里？

问题 老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

问题 老师您好！

...GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 byte...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...据合并时，执行合并代码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable reason 'N...

问题 我下载了vbox之后按照教程安装了biolinux，但是却卡在了共享文件夹的步骤，报错是/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such file or directory