找到约 15 条结果

文章 堆叠柱状图-ggplot2

绘制堆叠柱状图，重点重点在于geom_bar中postion="stack"， 数据参考：https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156    ...

文章 NCBI中SRA数据库简介

...e Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的数据，来自四个测序平台，分别为： Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 SRA 数据库的组织架构  首先是项目编号，通常以PRJ开头，会记录该项目的一些背景信息，包括，研究的目的...

文章 TCGA数据发表5分文章

...找一些跟治疗，生存预后相关的biomarker。我们曾介绍了一个癌症相关的数据库TCGA，其中含有33多种癌症，11000多个病例，包含多组学数据和临床数据。今天就跟大家介绍一篇发表在Gynecologic Oncology(IF:4.95)上的挖掘TCGA数据的文章“A...

问题 用string网站预测蛋白质互作网络，为什么相隔两个月预测的两次结果不一致？

...六月底进行了一次，hide disconnected nodes in the network后有40个节点，隐藏了20个节点；八月低在string进行了同样的操作，hide disconnected nodes in the network后有63个节点，节点数没有减少；这两次使用的是同一个蛋白序列fasta文件，选择的...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/min...

文章 批量下载多个链接的文件

...ncentcos.cn/具体的目录/文件的名字?q-sign-algorithm=sha1&q-ak=个人信息&q-sign-time=1708406379%3B1709011179&q-key-time=个人信息&q-header-list=host&q-url-param-list=&q-signature=个人信息 假设我们有20个这样的链接都在这个singlelink.txt 里...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 需要测序多少合适？

...要想覆盖大部分的基因， 需要测序数多少才合适呢？ 这个问题可以采用数据来说话。 以人类的Universal Human Reference RNA（来自10个细胞系，增加样本内基因的多样性）为例，分别统计在不同测序量1cell 到 10个cell的情况下，基因和...

文章 共线性分析绘图报错

...息是从文件互传上传服务器的，所有生成文件核对了少了个后缀是tandem的文件，请问是哪里出错了 获取的基因对应的蛋白序列信息是通过文件互传上传的，文件与视频教学少了个后缀是.tandem的文件。绘图时候出现报错是哪里的...

文章 转录组扫盲系列--reads如何比对到参考基因组上？

...程少了解一点对于理解转录组数据影响不是很大，下面有个视频，大家可以了解一下小小的测序芯片方寸之地的波澜壮阔的工程之美：illumina测序原理-组学生物翻译（点此链接观看）。 数据下机后就是数据分析，在整个分析流...

问题 老师你好，关于基因家族成员的鉴定

...不一样呢，就比如拟南芥WRKY基因，有的人鉴定出来的是72个，有的人鉴定出来的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章影响吗？请老师指导。

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvariate cox reg...

文章 箱线图与分面--ggplot2

加载相应的R包与数据设置 library('ggplot2')########################画图library('reshape2')########################meltlibrary('grid') ########################分面A =rep( c("A","B","C","D"),each=2)B = c(6.332968,9.368328,6.674348,4.127901,5.192845,6.652865,7.829350,6.995062)C = c(5.3...

文章 synteny collinearity 区别

在比较基因组学的时候，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny ： 同线性(synteny): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上，不需要考虑到基因之间的排布 (2) collinear   共线性...

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

... 0.00 > dim(lncRNA) [1] 100 5 从lncRNA 的表达数据来看，是5个lncRNA 在100个样本中的表达量矩阵。 2. 获得 gene 的表达矩阵 > head(gene) gene 1 gene 2 gene 3 gene 4 sam1 7.66 7.19 7.30 6.98 sam2 1.34 0.29 1.77 1.61 sam3 0.00 0.00 0.00 ...

问题 比较基因组学分析时报错，无法生成 anchors文件

老师您好！附图是报错的截图和报错后生成的几个文件 生成了几个文件 请老师指点！感谢！！