文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

...开发的软件， 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats，结合二代和三代数据，进行可变剪切分析。 1.  lr2rmats的安装 ： 安装比较简单，直接git 克隆代码， 设置好PATH的环境变量即可 git clone https://github.com/Xinglab...

问题 老师您好，之前服务器系统重新装了一次，然后安装了最新版本的megacc，现在跑序列较多的进化树就会出现这样的报错信息，我想请教一下原因

问题 老师您好，之前服务器系统重新装了一次，然后安装了最新版本的megacc，现在跑序列较多的进化树就会出现这样的报错信息，我想请教一下原因

文章 blastall 参数详细说明

...阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。-I :...

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...o_confirm.fa###################################################结构域在在线数据库中确认##################################################将上面WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件中的蛋白序列，再手动验证一下，把不需要的ID删除，最终确认的ID存成新文件：WRK...

问题 扩增子OTU分析报错

... 0.8 Command returned exit status: 1 Stdout: 用的ampliseq-q1:v1.2的版本，程序中所指向的SEQ和TAX文件都没有问题，并且按照指定的路径都能够打开。otu_params_de_novo.txt文件尝试了自己按照步骤生成的，也用了demo文件中之前有的。 log_20211...

文章 Mapman对表达数据进行venn绘制

...enn diagrams，即可进行图片绘制以及阈值设置，之后可根据分析结果，了解venn图每一个区域内注释到的基因的情况。 1、途径1-选中样品，右键选中venn diagrams 在弹出框中选中mapping进行分析 2、在主界面选中show data using venn diagr...

问题 老师您好，请问在用MEGA软件利用保守域构建进化树时有几个基因含有不完整的结构域序列导致进化树构建不成功，删除后就可以构建了，删除的那几个基因在pfam和NCBI都确认了含有该保守结构域，后续分析的时候还可以继续将其归为该基因家族成员吗？

问题 在T2T基因组直播课程中第八步根据参考基因组挂载染色体，共线性图出来后在这怎么操作得到最后的基因组染色体版本？

问题 老师您好，我想咨询下关于这篇文章中《华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析？的gemTo10X.r脚本，不知道您是否方便发一下？还有这样转换成10×格式后会在分析上面产生一些报错吗？

文章 组学大讲堂视频课程

...其还会占据越来越重要的角色。这时候一个熟练掌握生信分析技能的人，必将在实验室发挥巨大的作用，成为课题组的科研之星。然而，生物信息学是一门交叉学科，既要懂得生物学知识，又要懂得计算机知识，同时做到这两点...

问题 做基因家族的表达分析，有几个基因没有表达数据，该怎么处理，画热图的时候是建议不展示这几个没有表达数据的基因，还是把这些没有表达数据的基因用0表示

如果用0表示是否造假

文章 Vennerable包venn返回结果绘图

...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...

问题 我用gemma做小麦的gwas分析，到最后一步生成曼哈顿图时出错，是因为参考基因组的染色体编号与基因型数据对应不上吗，应该怎么老师解答

文章 QTL定位方法介绍

...sclass.com/article/1616 2 区间作图定位法（interval Mapping）： 在线性模型基础上，利用最大似然法对相邻标记构成的区间内任意一点可能存在的QTL进行似然比检验，进而获得其效应的极大似然估计。 该方法的基本假定是每条染色体...