文章 perl中的正则表达式

...存放在$_变量中,并对$_进行替换处理.        while(<FILE>){print if(m/error/);}#这一句稍微复杂一些,他将打印FILE文件中所有包含error字符串的行.     Perl的正则表达式中如果出现(),则发生匹配或替换后()内的模式被Perl解释器自...

问题 Can't open perl script "script/get_fa_by_id.pl": No such file or directory 老师请问这是什么原因呢？

我不是很清楚，是直接在share文件夹里新建一个script目录，然后把脚本文件放进去就可以了吗？

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

... sequences failed composition chi2 test (p-value<5%; df=19)      41 Checking for duplicate sequences: done in 6.5e-05 secs using 69.23% CPU      42      43      44 Create initial parsimony tree by phylogenetic likelihood library (PLL)... 0.004 seconds      45 Perform fast like...

文章 单细胞 TypeError: load() missing 1 required positional argument: 'Loader'

Traceback (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/bin/scumi", line 4, in <module>     __import__('pkg_resources').run_script('scumi==0.1.0', 'scumi')   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.8/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 651, ...

问题 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

结构域确认用到的序列文件： 导入Interpro后我的结果： 老师的结果: 为什么不一样呢，没有出来结构域信息

问题 运行perl脚本报错Can't open perl script "/home/manager/share/share1/domain_xulie.pl": No such file or directory

问题 老师好，学习组学大讲堂WGCNA课程时，按照老师给的代码进行操作，但是Rstudio右下角plots中无图显示，而files中却可查看图片，这是何问题。

问题 老师，用GSDS２.０把基因结构和保守基序绘在同一张图里（像下面那张图一样），“Gene Features （基因位置信息）”和“Other Features to Display (保守基序)”需要以什么样的格式输入呢？

问题 老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

我是把txt文件转成list文件然后上传到check里的，生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，应该不是这的问题吧，这几步就这个还没检查 grep -f ./check/${ind}.FAE1gene.list ${ind}.FAE1_hmmerOut.cut_e_len.txt > ${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt这是用的代码，之...

问题 大家好，我在安装完cytospace软件和Java后，点一下之后总报错，javax.imageio.IIOException: Can't read input file!请问一下这是什么原因

javax.imageio.IIOException: Can't read input file! at javax.imageio.ImageIO.read(Unknown Source) at org.cytoscape.launcher.internal.Launcher.showSplashPanel(Launcher.java:87) at org.cytoscape.launcher.internal.Launcher.main(Launcher.java:56) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native...

文章 SURVIVOR合并单样品SV出错

...品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf 但如果遇到只有一个样品时会生成空的vcf。这时候可以改成如下命令运行： l...

问题 GO富集气泡图和柱状图一样报错

....txt -o result -n speci -H 6 -W 7 -T godote Warning messages: 1: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   EOF within quoted string 2: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   number of items read is not a multiple of the ...

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

...tList.json12:43:28 [__init__] backend agg version v2.212:43:28 [base] Load file `mcscan_layout`12:43:28 [base] Load file `HVI.bed`12:43:29 [base] Load file `OSI.bed`Traceback (most recent call last):  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main   ...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...otu_table_filtered.biom --min_count_fraction 0.00001 \     --negate_ids_to_exclude -e $greengene_16S_97_seq sort_otu_table.py -i pick_closed_reference_otus/otu_table_filtered.biom \    -o pick_closed_reference_otus/closed_otu_table.biom single_rarefaction.py -i pick_closed_reference_otus/c...

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析这一环节出现一些问题，ggplot版本问题

... 2: Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use `linewidth` instead.  3: In DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :   some variables in design formula are characters, converting to factors 4: Removed 116 rows containing missing values or values outs...