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文章 ggplot2 线型linetype

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 文本种单列数据频数统计

linux命令直接统计文本种各类型数据频数情况。 譬如有如下数据: ABVAGCGDEFDGRDFGAF 进行排序 sort 之后 uniq -c 即可统计各字符出现的频数 cat test.txt |sort|uniq -c      3 A      1 B      1 C      2 D      1 DF      1 E   ...

文章 基因别名alias转换成官方symbol

...Rn.eg.dbRatorg.Ss.eg.dbPigorg.Xl.eg.dbXenopus 相关课程:GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程...

文章 R 检测是否有-Inf/Inf NA NaN

R 中的数据 有时会出现NA(缺失)  NaN(不是数)  -Inf/Inf (无穷大)的情况 影响计算,检查数据中是否出现这种情况 可以用 is.na 或者is.nan、以及is.finite()或者is.infinite() 进行判断。 数据Data > Data[1]    1    2    3   NA...

问题 WGCNA所用样本可以来源于不同实验(如发育时期、胁迫处理等)一块进行分析吗?只有一个实验的表型数据可以直接进行关联分析吗?

1、转录组数据来源: (1)4个发育时期,3个重复(自测)(因为样品量只有4×3=12,单独进行WGCNA结果不太可靠); (2)5个发育时期,3个重复(NCBI); (3)胁迫处理和对照,3个时期,3个重复; 2、表型数据: (1)只有...

问题 wgcna 数据载入问题

请问老师,数据载入的时候出现这样的问题,是为什么?

文章 mcscanX基因组内共线分析输出结果解读

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 测序数据比对

...对吗,不再做课程中讲的质控/ 3.由于是120个样本,所以数据是120个文件夹名为(W1A-W120A),每个文件夹里面包含了两个测序数据文件-1.fq和-2.fq(如图),读取这一段循环怎么写比较好呢?

问题 如何下载TCGA里数据

TCGA里的数据如何下载?

问题 老师您好,我想分析样本的甲基化数据,但是TCGA里的脑肿瘤只有肿瘤样本,我能从GEO中下载健康样本的甲基化450的数据,可以吗?

可以将两者的数据直接按照甲基化探针直接merge嘛,批次效应怎么处理?

问题 conet作图问题

老师,我照着视频教程用示例数据作图没问题,但用我自己的数据总是出问题,能不能帮我看一下数据有什么问题。 OTU_count_even_depth50k.txt    OTU_count_even_depth50k6.txt 前面这个是原始数据,后面这个是对照示例数据我感觉可能有...

问题 医学数据

各位大神,现在有没有比较新,能用来快速发文的医学数据库,或者研究方法。发文周期比较短可以用来毕业的

文章 热图竟然还能用Excel来画?

数据分析处理的过程中,绝大部分的科研工作者,都会存在利用数据绘制热图的需求。如果你会编程,利用R、MATLAB 等,完成热图的绘制轻轻松松没烦恼,其次你还可以利用热图绘制软件完成目标,但是你知道怎么利用Excel画热...

文章 利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

...CA        GCGTATGALin033  GATCTGCA        GTATGCGA 准备测序数据,没有拆分的双端数据放到一个目录:muxed-pe-barcode-in-seq,分别命名为:forward.fastq.gz   reverse.fastq.gz 数据导入: qiime tools import   --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence...

文章 plotrix包画扇形图

...重叠的扇形图呢?可以借助plotrxi包中的fan.plot函数 以dat数据为例: > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 ggplot2绘制的结果如下图(https://www.omicsclass.com/article/415): 利用fan.plot绘制的扇形图如...