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文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...ntifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived butyrate in high-altitude adaptation”的文章,该文章找到了可能与高原适应相关的肠道微生物标志物,并揭示了丁酸在减轻高原环境造成的肠道损...

文章 当下,转录组文章怎么写?

...I, Whatmore P. Transcriptome profiling of lentil (Lens culinaris) through the first 24 hours of Ascochyta lentis infection reveals key defence response genes.[J].BMC genomics, 2018, 19(1):108. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章...

文章 AI助手帮我整理GEO数据库中样本信息表格

...t 表格3 数据SRR号和GSM的信息: Run Library Name tissue tissue_type time_point SRR17839305 GSM5851572 Tumor Head And Neck Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma post SRR17839306 GSM5851571 Tumor Head And Neck Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma pre SRR17839307 GSM5851570 Tumor Head And Neck...

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...码和数据,前面出图和老师的一样,卡在这步 sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5) pickSoftThreshold: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error i...

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图?

... #将gff压缩文件转换成bed格式python3-m jcvi.formats.gff bed --type=gene Arabidopsis_thaliana.gff3 -o Arabidopsis_thaliana.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica_rapa.gff3 -o baicai.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica oleracea.gff3 ...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时,出现以下报错,在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...用tassel软件对文件进行排序run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF#vcf文件格式转换成Phylip格式,用于后续构建进化树run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...骨生物学相关的研究。 References: 1. Osteoprotection Through the Deletion of the Transcription Factor Rorb in Mice. Journal of Bone and Mineral Research, 33(4) 2018, 720–731. 注明 | 文章是源井生物原创,转载请注明。 关 注 供 纵 昊 “源井生物”,了...

文章 TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

... 通过样品的barcode 进行样品的分类(癌症,癌旁) exprSet$type <- factor(substr(rownames(exprSet),14,14), labels = c('Tumor','Normal')) # 查看exprSet 数据的格式 head(exprSet[c('type',diff_gene)]) #      type ENSG00000000460 #    TCGA.BR...

文章 docker clash 配置

...xy https_proxy docker配置: Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTT...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...过这一步的分析最终发现几个重要基因:GATA2, PTGS1, POSTN, and CD44 具有这类特征,这几个基因的功能也和过敏性哮喘紧密相关。 富集分析 针对筛选到的四个重要模块:magenta、pink、yellow、 blue,进行GO富集分析,观察模块内基因...

文章 mclust analysis.r 基于模型的聚类

... input clinical information file path[required] --mclust whether to cluster the samples[optional,default:False] -g group, --group group Group the samples into several categories[optional,default:3] -n model_name, --model_name model_n...

文章 R包 CandiHap 进行单倍型分析

...iHap)dat <- read_data("track-Phenotype.gwas.txt",sep="\t")# notice that the dat should have the chromosome name in the first column, position in the second column and the values in the following columns snptrack(gff,dat=dat,id="Parent",color='r2', point.size = 0.2, high = "#DC0000B2",low ="blue"...

问题 mucle报错sh: line 1: 238070 Segmentation fault

...步骤导致-output 9238.pep_aln是空的,所以后面会ERROR: number of input seqs differ (aa: 0;  nuc: 10)!!

文章 xargs一些常用的小技巧

...数限制,超过了就会报错,这个时候可以用xargs find ./ -type f -name "*.log" -print0 | xargs -0 rm -f 3,删除空文件 find ./ -name "*" -type f -size 0c | xargs -n 1 rm -f 4,批量改名,如全加上txt后缀, ls | xargs -t -i mv {} {}.txt 这里通过调整ls参数...