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文章 饼图pie-ggplot2

...照aes(fill)的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 必须根据数据先确定mapping 中aes(fill)的因子顺序,譬如这里会按照dat$type 填充,这种非有序因子会基...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

1Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样,目的是要找到相似的区域。 2,PSI-BLAST : 敏感...

问题 WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

老师,请问用自己的数据,前面处理都没有问题,运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables,运行给的filter部分代码后,总是显示0 variables,请问该怎么解决呢?谢谢

文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

...数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type = "xml" # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下...

文章 KEGG 通路基因列表;

最近发现   msigdb 的KEGG代谢通路Regulation of actin cytoskeleton 中没有这个基因CYRIB ,但是在kegg官网上是有的; 可能是msigdb更新不及时吧 https://www.genome.jp/entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表: hsa_kegg <- clusterProfile...

文章 Nature:2019年度最佳科学图片top10,总有一张震撼到你!

...研那些事儿呈现给大家,关注一个好不啦~ 参考资料: The best science images of the year: 2019 in pictures

文章 TCGA中样品取样组织类型编号对照包 sample type

...址:https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes 01  Primary Solid Tumor  TP(实体瘤)02                      Recurrent Solid Tumor  TR03Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood  TB (血液相关癌)04Recurrent Blood Derived Cancer -...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...t;% GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>% response_all() resp %>% count() case_name <- resp$results$submitter_id # 之后对下载的samplesDown 进行过滤,获得需要下载的sample_download download_name = substr(samplesDown,1,12) sample_...

问题 文献分析,只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

在文献中《Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据,只找到了他们处理后的BigWig文件,使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时,用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别...

文章 三代转录组,当前你不可忽视的研究手段

... 参考文献: Cheng B, Furtado A, Henry R J. Long-read sequencing of the coffee bean transcriptome reveals the diversity of full-length transcripts[J]. Gigascience, 2017, 6(11):1-13. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...es) SELECT filter() Filter (subset) rows. WHERE group_by() Group the data GROUP BY summarise() Summarise (or aggregate) data - arrange() Sort the data ORDER BY join() Joining data frames (tables) JOIN mutate() Creating New Variables COLUMN ALIAS dplyr中主要方...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读(宫颈癌)

...与疾病显著相关的基因,最终发现SCNN1B, ANLN, APOC1, CNTLN, and TEX30 五个基因具有显著的预后相关性,并构建预后风险模型: 过风险模型可将病人分成高风险和低风险两组,生存分析发现两组具有明显的差异(下图a)。然后针对...

文章 从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

... 其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数,指定sample.type 去筛选样本。 比如:需要下载实体瘤组织的样本,那么指定sample.type 为 “Primary solid Tumor”即可: query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG", legacy = TRUE, ...

文章 家蚕7篇基因家族文章下载

...章:2015年Funct Integr Genomics上1篇,2016年International Journal of Molecular Sciences2篇、Mol Genet Genomics1篇,2017年Insect Science1篇,2018年genome1篇、International Journal of Molecular Sciences1篇,这些文章影响因子在1-3分。内容均是一个基因家族一篇文...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...ntifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived butyrate in high-altitude adaptation”的文章,该文章找到了可能与高原适应相关的肠道微生物标志物,并揭示了丁酸在减轻高原环境造成的肠道损...