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文章 R语言统计数据范围并用ggplot2绘制饼图

...(ran1)]=">40%"  ran1=paste(ran1," (",y,")",sep="")    ran1} # use the base hist() function to calculate BINs ，超过40%的统计到一起； data[data>40]=41MassStatC <- with(hist(data, breaks=seq(0, 45, by = 5), plot=FALSE), data.frame(N=counts, Mass=pairjoinC(breaks,counts), PCT=c...

问题 安装github上的包报错：

...set()` and unset GITHUB_PAT in .Renviron (or elsewhere) if you want to use the more secure git credential store instead. Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:   HTTP error 401.   Bad credentials   Rate limit remaining: 57/60   Rate limit reset at: 2024-07-30 14:13:41 UTC

文章 基因家族共线性分析，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...#将gff压缩文件转换成bed格式python3-m jcvi.formats.gff bed --type=gene Arabidopsis_thaliana.gff3 -o Arabidopsis_thaliana.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica_rapa.gff3 -o baicai.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica oleracea.gff3 ...

文章 aggregate对数据分组处理

...处理，例如有数据如下： > dat ID sample1 sample2 sample3 type1 A 1 2 2 12 A 2 4 9 23 A 4 3 1 34 C 5 5 8 15 C 6 9 7 26 C 3 1 3 37 D 9 10 ...

问题 急求gene pattern的submap教学

...谢谢！ 图来自文献Metabolism-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7138397/#mol212639-sup-0002）FigS3.

文章 IF=13.8 | 甘油/二醇脱水酶是后肠发酵食肉动物肠道微生物群的关键功能

...Trait-based study predicts glycerol/diol dehydratases as a key function of the gut microbiota of hindgut-fermenting carnivores(Saccharum spontaneum)”的文章，文章将pdu 基因簇作为一种多功能性状与环境条件和微生物群落组成联系起来，发现利用甘油/1,2-PD 的能...

文章 44家机构联合破解巨型鱿鱼基因组！

...献：Brejova B, Albertin C B, Silva F, et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux[J]. 2019. 延伸阅读： 1. 国宝吃竹子并非发自内心 2. 龙的基因组公布啦！ 生物信息专业培训点击进入

文章 deepseek绘图之--多组学瀑布图

...数据添加类型标识并规范列名 deg <- deg %>%    mutate(type = "Gene") %>%   rename(ID = 1, FDR = 2, log2FC = 3) dem <- dem %>%    mutate(type = "Metabolite") %>%   rename(ID = 1, FDR = 2, log2FC = 3) # 合并数据 combined_data <- rbind(deg, dem) # ...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

1Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 2，PSI-BLAST : 敏感...

文章 饼图pie-ggplot2

...照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 必须根据数据先确定mapping 中aes(fill)的因子顺序，譬如这里会按照dat$type 填充，这种非有序因子会基...

问题 ggplot，超过12种颜色，scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+ 颜色不够用

...],shape=dat[,1],color=dat[,1]))+  geom_line(size=1)+  scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+  scale_shape_manual(values=seq(0,19))+  geom_point(size=2)+

问题 WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

老师，请问用自己的数据，前面处理都没有问题，运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables，运行给的filter部分代码后，总是显示0 variables，请问该怎么解决呢？谢谢

文章 Nature：2019年度最佳科学图片top10，总有一张震撼到你！

...研那些事儿呈现给大家，关注一个好不啦~ 参考资料： The best science images of the year: 2019 in pictures

文章 KEGG 通路基因列表；

最近发现   msigdb 的KEGG代谢通路Regulation of actin cytoskeleton 中没有这个基因CYRIB ，但是在kegg官网上是有的； 可能是msigdb更新不及时吧 https://www.genome.jp/entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表： hsa_kegg <- clusterProfile...

文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

...数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type = "xml" # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下...