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文章 R语言scale()标准化

...趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般是一矩阵,也可以是一数值向量 center--是否中心化 scale--是否标准化 1、以数值向量为例: > A [1]  3.74149  7.36180  5.81734  5.71131  7.97054 10.37620  6.29949  5.55062 ...

文章 关于项目管理者与程序猿之间的笑话

在网上看见有一笑话是这样的: 1. 程序员写出自认为没有Bug的代码。 2. 软件测试,发现了20Bug。 3. 程序员修改了10Bug,并告诉测试组另外10不是Bug。 4. 测试组发现其中5改动根本无法工作,同时又发现了15...

文章 单细胞转录组测序简介

单细胞测序,通俗地来说,就是在单细胞水平上对基因组、转录组、蛋白质组进行测序分析的技术。传统的转录组测序是对多细胞组织进行的混合测序分析,得到的是一群细胞内的基因表达的均值,由于单细胞之间存在异质...

文章 R语言中转换成dummy dummy-variables 虚拟变量

...称虚设变量、名义变量或哑变量,用以反映质的属性的一人工变量,是量化了的自变量,通常取值为0或1。引入虚拟变量可使线形回归模型变得更复杂,但对问题描述更简明,一方程能达到两方程的作用,而且接近现实。 ...

文章 你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗?这方法带你飞!

...示,这里选择了人的早幼粒细胞白血病细胞系NB4细胞的六样本数据(GSE2600),分析的输入文件是下载的表达矩阵文件,而分析之前需要确保正确安装和加载limma,同时需要对工作路径进行设置。 library('limma')workdir="F:/GEO/201805...

问题 关于填充gap后的polish

我基于hifi和ont还有hic进行了基因组组装,挂载后通过ont组装的基因组进行了gap填充,gap从11变为了7,但是进行polish后直接没有gap了,这结果可信吗?

问题 gvcf合并成vcf文件

老师好,由于时间等某些原因。先把10样品的gvcf文件合并了生成一all.vcf后续分析,然后其他几十样本的gvcf生成之后,是直接和all.vcf可以合并吗?还是说只能和前10的gvcf合并?

问题 老师您好我想问一下做GWAS分析,我的物种是异花授粉植物,我要研究它的种子油脂的相关性状,我是用叶片还是用种子的胚更好

问题 测序数据比对

...a可以直接bwa比对吗,不再做课程中讲的质控/ 3.由于是120样本,所以数据是120文件夹名为(W1A-W120A),每文件夹里面包含了两测序数据文件-1.fq和-2.fq(如图),读取这一段循环怎么写比较好呢?

文章 30岁博士毕业正常吗?施一公“不受毕业年限的限制”惹争议

30岁,是人生的一重大的节点。 学霸姐姐在小时候畅想未来的时候, 觉得自己30岁应该是家庭美满、儿女双全、事业有成, 现在看来,这目标,怕是要往后拖很久很久很久了。 大家读博都读了几年? 对于这问题,学...

文章 安装R包报错C++17

再安装R包是遇到以下报错,解决方法记录一下。 这GCC版本问题;设置一下用新版本就行了;这在终端运行;立竿见影。 #module load GCC/7.2.0-2.29 然后: mkdir -p ~/.R echo 'CXX17 = g++ -std=c++17 -fPIC' > ~/.R/Makevars

问题 安装circos时,模块显示有问题

安装circos时,安装所缺少的模块时,root下所有使用./circos -module模块显示都是ok,但是退出root有四显示是missing,但用whereis找这模块都能找到,请问是什么原因?

文章 细胞STR鉴定有用吗?发论文一定要做STR鉴定吗?

...的情况也同时存在着。   首先,学霸姐姐想问大家一问题:认错了细胞系会造成什么后果呢?   稍微想一下,就知道后果很严重——   1、浪费时间和科研经费;   2、实验结果不可重复、科研结果不可靠;   3、...

问题 mutmap方法为什么必须要有回交过程?

...状等)突变体。后续对茎色进行突变表型筛选,在M7代1000品系中,筛选获得30茎色为紫色的突变体,难道不可以不经过回交,直接将这30品系分别提取DNA,然后再等量混合进行二代全基因组重测序,从而扣 snp,以定位到基...

问题 blsatp,我想拿发表文献的基因ID的蛋白序列和我自己搜出来的序列($species.gene.pep.fasta)比对。我先是把这两序列放在一起。然后再建库比对。出现问题。怎么办?后来我在那gene.pepe.fasta中选择几序列和发表文献的序列放在一起建库比对就能行。原因是什么?我