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问题 甲基化生存分析

...中位生存期算出来的,但要如何表达你这个cutoff值是如何筛选出来的,我只听懂你说根据最大化延长中位生存期来生成的,但这个专业一点咋说

问题 wgcna

...029的cor,而红色模块是0.23。我后面要根据GS>0.2和MM》0.8筛选hub gene,然后做后续分析。黑色的模块还能用来分析吗,是不是要舍弃掉。它的cor实在是低,并且P值>0.05。红色模块是不是还可以继续分析。

问题 基因家族结构域及基因家族长度问题

...此类基因家族的典型结构域有2个比如说A,B,我看文献上鉴定出来的此类家族一般成员同时含A,B;或者含A;或者B就说明是属于这个基因家族的,但是鉴定的时候有时候会出现A,B,C这种情况应该怎么办呢,因为出现了别的结构...

文章 miRWalk: 一个预测人类miRNA靶基因的网站

...支持联targetscan, miRDB,miRTarBase等数据库或软件进行一定的筛选。 3. 离线预测 miRWalk 除了能够在网站上进行少量的miRNA和基因的预测,也可以将整个的数据库下载下来,在本地的机器上进行预测,这样比较方便对批量的miRNA和靶...

问题 基因家族鉴定

老师您好,我所研究的基因家族通过PFAM和HMMER筛选出187个符合条件,但是将其fasta文件提交至SMART在线数据库有多达42个是no match,请问那是把找不到的删除掉吗?还有就是我所选择的基因家族包括两个亚族,两个亚族下面有分为1...

问题 HGMD数据库

...HGMD数据库下载的百度网盘链接,可能是时间太久了链接经失效。 我的需求是这样的,我正在进行一个单基因遗传病的突变位点和表型关系的研究,这个基因不是什么热点基因,遗传病发病率也不高,所以就要求尽可能的掌握...

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时,运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459);foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault。麻烦老师看看是什么问题,非常感谢!!

文章 R语言文件目录操作

...ive为TRUE时可以新建多级子目录。 值得注意的是,当目录存在时不会新建目录覆盖原先的目录,此时如果showWarnings为TRUE,则会提醒该目录存在,为FALSE时不会提醒。 另外,参数mode是个Unix-alike参数。 4、复制 file.copy用于...

问题 [名词解释] 分子连接?

...释,但是在参考书里没有找到这个词或相关章节。 通过搜索找到了: 1.分子连接性:指一个分子中各个骨架原子排列或连接的方式,它反映了分子结构的信息。分子连续性是研究分子结构和理化性质与生物活性之间定最关系(...

问题 老师您好,在用mcscan分析之前发现,gff文件里没有gene,只有cds和exon怎么处理?

解决

问题 基因家族分析中mcscanX共线性分析时,提取不了对应的蛋白序列

...蛋白序列,基因id和蛋白id好像没有对应关系,,,这是提取的AT.gff文件转录本名称都是下面这样的。。。新人刚接触这个,麻烦老师了!可以通过修改get_fa_by_id.pl的脚本解决吗?

问题 关于16S去噪的问题

...在用Qiime2做16S V3-V4的分析,是直接拿到公司的测序数据,拆分但未去接头。我去接头序列后用dada2做了去噪,原本10万 reads/sample在去嵌合体后一下子降到1万左右,前序步骤merged reads还有一半以上(如下图)。且能得到357个特征...

文章 Oncomine数据库介绍

...comine也是肿瘤领域中一个经典的样本数据库,能帮助我们筛选一些值得研究的靶分子,或预测表型。为什么说“也”呢?因为它和咱们之前讨论过的TCGA一样,都是肿瘤领域应用较广的数据库。 不过Oncomine和TCGA相比的优势就是...

文章 下载AI字体

...基因ID(leaf)位置错乱,没有对齐。 这时候需要去百度搜索所需要的字体,然后下载到本地,一般下载的字体包中有一个.tff结尾的文件。双击文件,然后再点击安装: 之后在AI菜单栏中,“文字”->“字体”中就有我们...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...还好,昨天Boss安利了一个python脚本,能够快速的从NCBI上搜索并下载所需的序列,再也不用这么费劲啦!今天呢小编就赶紧来跟大家分享一下,希望可以也能帮到大家! NCBI批量搜索、下载序列 脚本代码: from Bio import Entrezimpor...