文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...括:DegreeEdge Percolated componentMaximum neighborhood componentDensity of Maximum Neighborhood ComponentMaximal Clique Centralitysix centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress) 2.插件下载与安装 在cytoscape App Store（链接：Cytoscape App Store）中...

问题 挂载共享文件夹失败mounting failed with the error：no such device

问题 docker vitualbox安装报错：Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default

docker vitualbox安装时报错：Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default --type headless failed: VBoxManage.exe: error: The virtual machine 'default' has terminated unexpectedly during startup with exit code -1073741819 (0xc0000005) VBoxManage.exe: ...

文章 ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

... x=Count) ) +   geom_bar(aes(fill = Class),width = 0.6) +  ylab("Number of Gene family") +  xlab("Frequency") +   scale_x_continuous(breaks=1:sampleN)+  scale_fill_manual(values = family_color,  # 设置颜色                     name = NULL,  # 不显示图例标题  ) +  scal...

问题 GSVA Error: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE.

...ems to be coming from a change in matrixStats 1.2 that released a couple of days ago. Can you downgrade to 1.1 and try?remotes::install_version("matrixStats", version="1.1.0") # restart your session and run previous scripts👍3

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

...nic - Rochester Ovarian serous cystadenocarcinoma IGC 26 University of Florida Glioblastoma multiforme IGC 27 Milan - Italy, Fondazione IRCCS Instituto Neuroligico C. Besta Glioblastoma multiforme IGC 28 Cedars Sinai Glioblastoma multiforme IGC 29 Duke Ovarian serous cy...

问题 TCGA下载数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令，想借此下载自己感兴趣的数据 在执行到GDC下载这一步，突然出现下载数据找不到，而出现下载中断，无法继 还有个问题，查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来不一样。。。。少的去哪里了

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有mRNA处理方法

...因ID，并且在mRNA行添加Parent信息：  awk -F"[\t=]"  'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' PO.gene.gff >PO.gene.gff1  最终结果如下，左边为原始gff文件，...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...列 zcat GSE127465_human_cell_metadata_54773x25.tsv.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $4$5,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz #解压包 tar xvf GSE127465_RAW.tar # 由于不同样本之间barcode ID可能重复，这里需要添加样本ID到barcode中 for id in `zcat metadata.tsv.gz |awk 'NR&...

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

...库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候，得到了异常的结果，请问我是应该如何...

问题 报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

请教一下，我在构建进化树的时候出现这个报错，是不是因为我整理数据的时候有重复的单个文件呀？遇到这种情况，我应该怎么处理呢？

问题 win10家庭版安装docker desktop,运行时报错

...%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.40/version: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon configuration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running.

问题 老师，您好，在用qiime2 运行dada2 时，报错

R version 4.1.1 (2021-08-10)  载入需要的程辑包：Rcpp Error: package or namespace load failed for ‘Rcpp’:  package ‘Rcpp’ was installed before R 4.0.0: please re-install it 错误: 无法载入程辑包‘Rcpp’ 停止执行

问题 getGEO函数不能下载，提示Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection，谢谢！

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

... determined by integrated bioinformatic analysis[J]. Cancer Management and Research, 2018, Volume 10:663-670. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析 更多生物...