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问题 注释最终的结果理想 知道从哪里下手改进流程

...LAI:8.77),还没有尝试过quickmerge合并基因组,但这三个版本LAI最高也就8.81,合并后会比最高的高吗? 2.这是一个植物基因组,重复序列中unknow比例有30%,使用deepte后能降到20%,但80%重复序列加20%unknow是是高的太正常? 3....

文章 perl 多线程

...--------------------------------------perl中的多线程模块5.8以后的版本,的多线程模块可参看perldoc(http://perldoc.perl.org/threads.html)---------------------------------------------------------------perl的多线程实例:涉及语言:Perl所用模块:threads模块中...

文章 一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

在进行GWAS分析时,如果表型数据出现了数字或NA以外的其他字符,在分析时就容易报错。 但是表型性状一般都信息非常多,肉眼难以检查出错误,那接下来带大家用一行代码来检查表型数据的错误。 随机构建一个表型数据如...

文章 判断GEO芯片数据是双通道还是单通道

...也有部分芯片数据是属于双通道芯片(cDNA芯片),二者分析方法具有差异,进行数据下之前要对数据进行了解。 1、搜索到感兴趣的GSE数据之后,查看数据总的介绍,和芯片类型,一般通过相关介绍能了解到大致情况,譬如...

文章 WGCNA 中Relationship between module eigengenes图片绘制--plotMEpairs函数

...eters to the function pairs 根据参数解释,可知datME对应WGCNA分析过程中的模块特征向量矩阵  MEs,行对应样品,列对应模块,y为可选设置,如若添加则作为额外的特征向量,与MEs一同整合分析。 同时结合教程可知,y可以作为一...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...所有主流软件所支持 BIOM目前分为1.0 JSON和2.0 HDF5两个版本1.0 JSON是编程语言广泛支持的格式,类似于散列的键值对结果。会根据数据松散程度,选择同的存储结构来节省空间。 2.0 HDF5是二进制格式,被许多程序语言支持,...

文章 《叶绿体基因组分析实操》课程更新

...物种鉴定、叶绿体基因工程等方面。 同时叶绿体基因组分析作为一个优秀的发文思路,具有诸多优势: 1. 样品要求低:普通植株叶片即可,无需特殊处理; 2. 投入小:测一个样品的重测序仅需几百元; 3. 周期快:没有漫长...

文章 批次效应移除算法

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件...

文章 Perl之stat()函数

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

问题 单倍型分析报错

我的问题是这样的,在进行单倍型分析的时候,利用教程给的demo数据,按照w.sh中的代码一步步操作,能正常分析,非常丝滑,但是我只要换成自己的数据,就会报错“Error in data.frame(Hap = haps, Type = infos) : arguments imply differing numbe...

文章 组学大讲堂视课程

...其还会占据越来越重要的角色。这时候一个熟练掌握生信分析技能的人,必将在实验室发挥巨大的作用,成为课题组的科研之星。然而,生物信息学是一门交叉学科,既要懂得生物学知识,又要懂得计算机知识,同时做到这两点...

文章 excel快速求和

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文章 电脑双显示器如何配置?

...搞生物的学点生信还真行,没学生信之前,数据分析,更会深入挖掘;自从掌握了生信技能,办公效率高了,文章产出多了,科研也再那么枯燥乏味了!爱生信,拥抱向上的生活! 子曰“工欲善其事,必先利其器...

文章 R语言-文件读写

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文章 Linux sort命令使用-g对科学记数法/e记法进行排序

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