问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...al clinical triats###################################### # Define numbers of genes and samples nGenes = ncol(datExpr0) nSamples = nrow(datExpr0) moduleTraitCor = cor(MEs, datTraits, use = "p") moduleTraitPvalue = corPvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_M...

问题 number of analyzed snp 与 number of total SNPs/有什么区别

问题 运行MCScanX后，0 match 0discord

...题，在gff和blast文件中ID都有不同转录本，即ID后都有.1、.2，两个文件这里也没有差别，ID也不存在空格之类的希望哪位老师有空可以解答一下

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

...er \ --vars.to.regress nUMI percent_mito \ --high.variable.genes 2000 --integrate.method harmony \ --batch.id Batch 结果展示： 单细胞转录组分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6

问题 rJava 安装包错

...etails:   call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)   error: unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/rJava/libs/rJava.so':   libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory Execution halted ERROR: lazy loading failed for package ...

问题 cellchat的netVisual_bubble

...展示在bubbleplot的数据不是原始的prob的值吗？我输入（1，2，3，4），输入四个dataset的话，也是能跑的，展示的数据，看似也是合理的。感觉就是四组各自原始的数据放在一起展示而已。不知道是不是这样

问题 大佬好，请问一下使用Docker拉镜像时，出现 Error response from daemon: Get https://registry-1.docker.io/v2/: dial tcp: lookup registry-1.docker.io on 192.168.65.1:53: no such host 这种报错，要怎么解决啊，虚心求教

Error response from daemon: Get https://registry-1.docker.io/v2/: dial tcp: lookup registry-1.docker.io on 192.168.65.1:53: no such host

问题 老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

老师，下面是我（第二张）打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况 第三张是我的TNF基因ID 第四张是那个脚本 我不知道问题出在哪里，麻烦老师帮忙解答一下

问题 如何用荧光定量数据绘制热图？

这是看到的一篇文献中Fig. 6. Expression profiles of PtSAUR genes in different tissues as determined by qRT-PCR. There were three biological and three technicalreplicates performed for each sample. The relative expression levelswere evaluated by 2-ΔΔCT. GraphPad software was used for the ...

问题 在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗

...操作吗 ERROR net.maizegenetics.plugindef.ThreadedPluginListener - Out of Memory: SortGenotypeFilePlugin could not complete task: Current Max Heap Size: 29809 Mb Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.bat to increase heap size. Included with tassel standalone zip.

问题 有参转录组分析

...not_lvl, COG_category, De... dbl  (2): evalue, score ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> fi...

文章 samtools之index

...情况下的排序后，才能进行index。否则会报错。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] Options:    -b    Generate BAI-format index for BAM files[default]    samtools index -b xx.bam  建立索引后将产生后缀为.bai的文件    -c    Generate CSI-...

问题 老师您好，我提取了bed文件，但是用perl get_fa_by_id_from_bed.pl Ca.bed Carietinum_492_v1.0.cds.fa Ca.cds这个命令提取到的cds文件为0

问题 fastqc质控时报错，提示Ran out of data in the middle of a fastq entry.是什么问题？

问题 老师您好，今天利用docker进行基因家族分析进入组学大讲堂虚拟机时报错，之前一直正常

...lt daemon configuration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running. See 'C:\Program Files\Docker\Docker\resources\bin\docker.exe run --help'.