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问题 顺势作用原件功能评估

...www.omicsclass.com/article/1154  Fig4中描述的比如顺势原件 MYB binding site involved in flavonoid biosynthetic genes regulation; LTR, cis-acting element involved in low-temperature responsiveness。请问老师如何评估这些元件的功能,文中也没有引用参考。我觉得评...

问题 老师您好!

...  directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unz...

文章 Scanpy数据结构:AnnData

... AnnData object with n_obs × n_vars = 6050 × 32285 obs: 'in_tissue', 'array_row', 'array_col', 'gender', 'age', 'tissue', 'Strain', 'n_genes_by_counts', 'log1p_n_genes_by_counts', 'total_counts', 'log1p_total_counts', 'pct_counts_in_top_50_genes', 'pct_counts_in_top_100_genes', 'pct...

文章 扩增子序列直接物种注释代码

...代码如下 import re with open("results_clean_batch1.txt", "r", encoding="utf-8") as file: text = file.read() matches = re.findall(r'(Query=.*?)(?=Query=|$)', text, re.DOTALL) results = [] for match in matches: query_id = re.search(r'Query= (\S+)', match).group(1) species_matches =...

文章 你了解SAM和BAM文件吗

...s2的reads数量properly paired:正确配对的reads数量with itself and mate mapped:一对reads均比对上的reads数singletons:只有单条reads比对上的reads数以上计数均以reads条数计,一对reads计为两条。 还可以通过以下命令快速查看flag值所对应的...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解!

...titute)、SIB(the Swiss Institute of Bioinformatics)、PIR(Protein Information Resource)三大数据库的资源。 EBI( European Bioinformatics Institute): 欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)是欧洲生命科学旗舰实验室EMBL的一部分。位于英国剑桥欣克...

问题 无法下载GPL平台的包

>  BiocManager::install(c("hgu113plus2.db"),ask = F,update = F)Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3  (2020-02-29)Installing package(s) 'hgu113plus2.db'Error in readRDS(dest) : 读取链结时发生了错误此外: Warning messages:1: package ‘hgu113plus2.db’ is not a...

文章 网站编辑器代码块 高亮显示使用技巧:

...空行后,完美显示: use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "D:/share/scripts/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa" ,                               -alphabet=>"dna",                               -format => ...

问题 泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

for i in `cat stepmap_ID.txt`;do   # JCVI做共线性分析,--cpus 5 限制计算资源使用,如果不加默认--cpus 56   python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog \    pangene ${i} --cpus 5  --no_strip_names --cscore 0.8;   # 以提升后的anchors作为基因对的结果,把比对...

问题 蛋白质全长多序列比对

...暴的将WRKY中间一条横杠去掉,结果报错ERROR: The sequences in the input alignment should be aligned in order to us,第二次将结构域中阶所有横杠去掉了没有报错,但是WRKYGQK结构域只显示R且前移了位置,如图,请问如何修改才能将这条序列的...

问题 怎么将一个perl命令(或者说脚本)变成shell脚本的形式

如何将这行命令 perl bin/indel_p3in.pl QT4indels2.in genome.fa con.txt,写成一个shell脚本即*.sh的形式

问题 请教!基因结构分析出现这样的问题如何解决?

基因结构分析使用“perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果,之后手动筛选出来,却没有exon等,用GSDS也没有结构,请问这个是不是无...

文章 生化检测是什么?生化检测试剂盒该怎么选?

...居然有11分的文献引用! Lee H Y, Back K. Melatonin induction and its role in high light stress tolerance in Arabidopsis thaliana [J]. Journal of pineal research, 2018. 这个J Pineal Res期刊,2018年IF=11.613,也是很牛了!! 学霸姐姐大致看了一下,这篇文章主...

文章 split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

...on] [-o outdir] [-n name] The complete data set is randomly divided into training set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --input input input matrix data [required] -e event, --event ev...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

...:Yoshihara K, Shahmoradgoli M, Martínez E, et al. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. Nat Commun. 2013;4:2612. doi:10.1038/ncomms3612 ## 2.1 加载需要的包 ```{r, warning=FALSE} # 1 安装CRAN来源常用包 #设置镜像,  local({...