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文章 转录组比对软件HISAT2的使用说明

...ipt-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看看比对的软件HISTA，其速度和精度都较Tophat 有很大的提升。 其使用说明如下：   hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sr...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....

文章 ncbi基因组数据格式转换

... UsageForced parameter:-gff        genoma gff file           <infile> must be given-fa genoma fasta file   <infile> must be given-o output gff file   <outfile> must be given-out output fasta file   <outfile> mus...

问题 ggtern 运行报错

geom_point requires the following missing aesthetics: x and y

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

...:Yoshihara K, Shahmoradgoli M, Martínez E, et al. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. Nat Commun. 2013;4:2612. doi:10.1038/ncomms3612 ## 2.1 加载需要的包 ```{r, warning=FALSE} # 1 安装CRAN来源常用包 #设置镜像，  local({...

问题 重复文章代码出错

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247491475&idx=1&sn=8b287625fc3b81f4a3e7b62f48c5e4d8&chksm=e865267adf12af6c8635c6515d5210a097c02a28301dc8923504593611d69db3d80ae2814a93&scene=21#wechat_redirect 在“人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森...

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

...                                 [-n prefix]t.test annova and wilcox.test: https://www.omicsclass.com/article/1496optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input alpha diversit...

文章 R-对NA 数据进行处理

... 10D 4 9 1 将所有空值用0代替 > for(i in 1:ncol(dat)){+ dat[is.na(dat[,i]),i]=0+}> dat sample1 sample2 sample2.1A 1 5 8B 2 0 0C 0 7 10D 4 9 1 删除所有的NA数据 > for (i ...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...(FPKM) calculation normalizes read count by dividing it by the gene length and the total number of reads mapped to protein-coding genes. Upper Quartile FPKM The upper quartile FPKM (FPKM-UQ) is a modified FPKM calculation in which the total protein-coding read count is replaced by the 75th percent...

文章 空间转录组动力学分析

...力学分析参考：https://github.com/TheJacksonLaboratory/PDX-melanoma-integrated-analysis In [18]:sys.path.insert(0,f"{script_dir}/python_lib") fromplotsimport plotSpatialAll fromplotsimport plotPhiHeatmap, plotFiForAd fromutilsimport computFullGridVelocity, getGridPhi, getGridVelocityForSour...

文章 序列的提取和截取

...eq 通过指定区域提取序列 -r 通过区域来截取序列，提取 in.fa 前12个字符，可以用--chr指定染色体seqkit subseq -r 1:12 data/in.fa  >  out.faseqkit subseq -r 1:12 data/genome.fa --chr chrI --bed / --gtf 通过指定文件提取序列 seqkit subseq --bed data/gene....

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...12个孩子，7女孩，5个男孩，其中家系中有3姐妹(IV-1, IV-6, and IV-9)患有POF，如下图所示，其中带*号的成员用于外显子测序： 建库测序 DNA 样品 (III-1, 83 III-2, IV-1, IV-3, IV-5, IV-6, and IV-9)采用HaloPlex Exome Kit (Agilent)试剂盒进行外显子...

问题 安捷伦双色通道 “RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") “报错”

老师您好！ 我购买了付费课程，开头就报错了。Error in readGPRHeader(fullname) :    File is not in Axon Text File (ATF) format。请帮忙解决下 谢谢

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...一篇单细胞测序文章《Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer》（IF=14.92）就多次采用拟时序分析，探讨不同细胞亚型之间的分化关系。 拟时序分析 为了方便大家能高效快捷的对单细...

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！