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文章 GWAS cFDR 多效基因分析

library(dplyr)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#library(GWAScFDR) #library(condFDR)library(cfdr)mycol=c(brewer.pal(7,"Set2"),rev(brewer.pal(8,"Set1")),brewer.pal(8,"Set3"),brewer.pal(12,"Paired"),brewer.pal(8,"Dark2"),brewer.pal(7,"Accent"))stratifiedQQplot = function(p1,p2,             ...

文章 cox回归PH假设检验

...PH假设判断 模型诊断——PH假定。PH假定可通过假设检验残差图检验。正常情况下,Schoenfeld残差应该与时间无关,如果残差与时间有相关趋势,则违反PH假设的证据。残差图上,横轴代表时间,如果残差均匀的分布则,表示残...

文章 绘制Upset

...集合个数多或交集关系复杂的场景。它通过柱状图、点图辅助条形图来直观展示集合交集的大小及分布。 1.Upset 图的结构 主交集柱状图:显示每种交集的大小。 X 轴:表示集合交集组合。Y 轴:表示对应交集的大小(元素...

文章 IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

...因表达综合(GEO)数据库中获取类风湿性关节炎的scRNA-seqbulk-seq数据集。采用多种方法分析表征类风湿性关节炎的T细胞异质性。利用孟德尔随机化(MR)表达数量性状位点(eQTL)筛选类风湿性关节炎中潜的致病T细胞标...

文章 一文教你使用Excel画GO富集分析图

...log函数求出相应的值即可。 为了把GO注释的三大类放一起,我们需要对其进行筛选排序。 排序之后,我们把三大类相同的类型进行合并,以便后续作图。 到这一步,数据的准备工作就完成了,接下来就是图形的绘制。 ...

文章 细胞转染效率低怎么破?攻略这里......

...?转染中要注意的事项有哪些?转染试剂该如何选择?今天就一起为大家介绍一下。 转染方法的选择 我们熟知且常用的转染方法主要有物理介导,化学介导,生物介导。 但实验室使用较多的主要有化学介导中的脂质体转染(质粒...

话题 P值计算 T检验

问题 GWAS分析绘制QQ图时,Observed值与Expected值相差较大

老师您好,想请教您个问题,我有两年数据,两年合一起的数据20220年数据分析正常,但是2025年的数据分析异常,用tassel分析了一般线性模型混合线性模型,用GEMMA做了一般线性模型,结果都如图所示,运算脚本 tassel GLM...

文章 快速高效KM生存曲线绘制-脚本使用

...不同变量分别对患者生存的影响。 作者根据基因表达量细胞浸润程度的高低对样本进行分组,以总生存期(OS)绘制KM生存曲线,随着时间的推移,生存率从1逐渐下降,但可以看出黄色生存曲线始终高于蓝色生存曲线,即说...

文章 circos-基因组圈图调整标签文字重叠

...:http://circos.ca/tutorials/lessons/2d_tracks/text_labels1/images     http://circos.ca/documentation/tutorials/2d_tracks/text_labels1/lesson )         label_snuggle=yes #如多个文本文字距离过近,避免重叠        show_links=yes   #显示标签染色体...

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...为MAF格式,maftools包便可以高效的方式汇总、分析、注释可视化。这次主要介绍使用maftools包绘制组学突变结果(MAF)的oncoplot(瀑布图)。瀑布图可直观展示多个维度的数据,对于组学突变分析结果的展示比较有优势,肿瘤相...

文章 CAR-T疗法:综合概述及临床应用

...造血干细胞,胸腺中成熟,然后移居到人体血液、淋巴周围组织器官,发挥免疫功能。其作用相当于人体内的“战士”,能够抵御消灭“敌人”如感染、肿瘤、外来异物等。 实验室,技术人员通过基因工程技术,将T细...

文章 TCGA数据发表5分文章

...盖上面文章的整个分析流程,讲解详尽,简单易学,欢迎一起学习! 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程: 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 简单的蛋白质组实验怎么炼成4分文章

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. NCBI数据上传

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...WAS的研究中,有几条不可忽视的影响要素。今天科技君就大家一起来了解下! GWAS是什么 GWAS(Genome-Wide Association Study),即全基因组关联分析,是指全基因组范围内找出存的序列变异,不局限于单核苷酸多态性(SNP)...