问题 基因家族分析提取启动子序列出现问题，望老师解答

...列时，biolinux系统运行脚本失败。 基因位置信息如下 XP_016539240.1    NC_029984.1    140133542    140145037    +XP_016549783.1    NC_029988.1    2729089    2737473    +XP_016550150.1    NC_029988.1    148442883    148468095    +XP_016553914.1 ...

文章 boxplot绘图分面

...eader=T,check.names = F) df=df[,!duplicated(colnames(df))] # "Cisplatin_1005" \ #                "Gemcitabine_1190" \ #                "Docetaxel_1007" \ #                "Paclitaxel_1080" \ #                "Irinotecan_1088"   "Vinorelbine_2048"  "Osimerti...

问题 您好，我扩增子分类注释报错了，麻烦您帮我看看

...id 0.8 --rev --maxaccepts 3 --allhits --libonly --lib "/work/database/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_al463L.uc" > "/work/tmp/tmpFpr35JVJzUH7cdtvNUfw.txt" 2> "/work/tmp/tmpW7bSxCiAuQqVCErU3a2S.txt" Tracebac...

文章 blast比对结果说明

...是结果文件中是没有表头的，这里来写一下。 GRMZM2G356204_P01       Zm00008a018958_P01      98.23   620     0       1       121     740     31      639     0.0     1176GRMZM2G356204_P01       Zm00008a000413_P01      99.15   355     3       0  ...

问题 老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据，没有看懂样本后缀KE1,KE2,B1,B2代表的是什么意思，按道理来说后缀应该都是rep1,rep2,rep3这样子的重复才对啊，这里的没看懂是什么重复

GSM265218 Wounding_6h_vs_0h_KE1 GSM265219 Wounding_12h_vs_0h_KE1 GSM265220 Wounding_24h_vs_0h_KE1 GSM265221 Wounding_48h_vs_0h_KE1 GSM265222 Wounding_6h_vs_0h_KE2 GSM265223 Wounding_12h_vs_0h_KE2 GSM265224 Wounding_24h_vs_0h_KE2 GSM265225 Wounding_48h_vs_0h_KE2 GSM265226 Wounding_6h_vs_0h_B1...

文章 三个基因组共线性分析

...,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19 scaffold_1,scaffold_2,scaffold_3,scaffold_4,scaffold_5,scaffold_6,scaffold_7,scaffold_8 scaffold_1,scaffold_2,scaffold_3,scaffold_4,scaffold_5,scaffold_6,scaffold_7,scaffold_8,scaffold_9,scaffold_10r 该文件规定图中基因...

问题 转录组分析时 jaspar_2018_human.txt 文件是怎样下载的

文章 NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

...ression/software/pipelines/7.0/using/fastq-input#wrongname  [Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz # 其中Read Type# I1: Sample index read (optional)# R1: Read 1# R2: Read 2 NCBI下载的数据，为双端reads，不符合cellranger mkfastq出来的命名规则，后续cellr...

问题 Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r -i pvalue_$m.txt -F $FAI -T Sugar_$m -n Sugar_${m}_manhattan -c 1.3e-6绘制曼哈顿图时，输入这段代码后，报错，显示颜色数量不足，怎么解决

问题 如何通过转录组测序结果geneID“TRIAE_CS42_6DL_TGACv1_527316_AA1702110”找到对应的“TraesCS4A02G403700”这样的ID？

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...       exon    37990   38333   .       +       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "MD00G1000200"; oId "CUFF.2.1"; nearest_ref "mRNA:MD00G1000200"; class_code "j"; tss_id "TSS1";Chr00   Cufflinks       exon    38607   38710...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...后，目录结构如下： [root@aefe86d682b1  13:58:49 /work/amplicon_demo]# tree  data    |-- ERR3975186_1.fastq.gz    |-- ERR3975186_2.fastq.gz    |-- ERR3975187_1.fastq.gz    `-- ERR3975187_2.fastq.gz fastmap.txt  设置一些环境变量方便后续调用： dbdi...

问题 老师，提取出来的结构域是下图那样，这条命令应该怎么改：#选择第一个结构域进行后续分析 sed -i "s/_.*$/_${ind}/g" ${ind}.UGT_domain1_final.fa

话题 GS

文章 数据分析代码2__用法

这个代码有两个主模块，DataFetcher and CountSummarizer 前者使用cr调用，用于从根据参考列提取数据， 比如有一个文件想根据这里的某一列提取行，参考数据如下 使用代码，得到结果 后者使用ex调用，功能复杂一点，用法比较...