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文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...#####################################cd $workdir#链接基因组ln -s 01.Repeat/08.RepeatMasker/genome.softmasked.fa .ln -s 01.Repeat/08.RepeatMasker/genome.hardmasked.fa .ln -s $datadir/genome.fasta  genome.fa#拆分基因组不同染色体,方便后续软件使用多线程加快注释速度##se...

问题 老师您好,如何将TCGA中下载的CNV数据:GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5离散值(0:无变化 1:拷贝数增加 2:高水平扩增 -2:纯合性缺失 -1:半合子缺失)。如下图所示

转成下面形式

问题 WGCNA问题

老师,做WGCNA时,样品聚类出来的结果是clust 0   15,而过滤后的结果是包含了16变量,16254基因的。请问出现这种情况是什么问题呢?谢谢

问题 我做有参转录组数据分析,一共有30样,每样有3重复。在做比对这一步时,我发现30样中,有两样,它们各有一重复的比对率只有50%,而其他的样比对率均有80%以上,请问这样会对实验结果有影响吗?

文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2(非公式)

前面给大家讲过怎么去画饼图 https://www.omicsclass.com/article/376  也讲过堆叠柱状图 https://www.omicsclass.com/article/369  pie图讲解主要是针对图片中文字的添加位置公式进行了解释,这里结合堆叠柱状图内容 介绍不利用公式,而利用ge...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...蛋白质序列进行分析。只有在进行这一步分析之后才可以更好进行后续的分析。这一步分析之后需要将分析的结果导出保存。之后的分析在保存文件的基础上进行即可。 第二步:Stastictics 导入上一步分析的结果文件,可以...

文章 Rtsne包降维聚类分析

...空间分布的技术。t-SNE,通过数据的非线性可视化,能够更好地解析生物分子肿瘤内异质性。 2、 人脸识别 人脸识别技术已经取得巨大进展,很多诸如PCA之类的算法也已经在该领域被研究过。但是由于降维和分类的困难,人脸...

文章 删除linux文件行尾^M符号

...次点击v和m键,而不是数字6上的^符号。    sed ’s/^M//g’ filename > tmp_filename 在修改完之后,记得用 vi -b 再次检查^M是否被删除成功。

问题 pip install RSeQC安装时候报错,是不是底层的库不全?怎么解决呢

...没安装; 分别是bx-python、python-lzo;代码如下,找了好几版本的答案,没能解决 root@iZbp10cjxe9c7ip0m4hzhwZ:/bioapp# pip install RseQC Looking in indexes: http://mirrors.cloud.aliyuncs.com/pypi/simple/ Collecting RseQC   Downloading http://mirrors.cloud.aliyuncs....

文章 R语言apply批量进行t.test

...进行t.test,如果写成循环,运算速度非常慢,可以利用apply()函数辅助完成计算过程。 譬如有如下数据,共2000行6列,对A组数据和B组数据进行t.test计算: > head(data,2)                        A1   A2   A3   B1  ...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

...:tandem duplication和segmental duplication的区别与联系,关于这问题的解答,我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答,感兴趣的可以到 www.omicsclass.com 网站上搜索关键词“tandem”就可以得到详细答案,我这里就不详细介...

问题 SNP分析软件SNPT最小SNP分析结果疑问

...之中为学生答疑解惑。使用mininum snps分析时最终会产生两结果对应两txt文件,软件左侧Sets of MinimumSNPs found应该对应使用标记的数和鉴别效率。然后总共32标记却产生了35和44的结果。txt结果文件表明使用7标记时鉴别效...

文章 HPA:人类蛋白图谱数据库

...时空分布的高分辨率洞察。全基因组的mRNA表达是通过对69细胞系进行深度RNA测序来确定的,这些细胞系代表了人体不同器官和组织中的不同细胞群。 以CCNB1为例

问题 老师您好,我在运行megahit对200多环境微生物宏基因组数据进行组装时,megahit报错Exit code -9

...-9 应该是运行内存不够,目前是1T运存,是否可以分成几批次组装,然后合并组装后的final.contigs文件,再去冗余,这样可行吗

文章 linux中字符串截取

...ar 是变量名,# 号是运算符,*// 表示从左边开始删除第一 // 号及左边的所有字符即删除 http://结果是 :www.omicsclass.com/123.htm2. ## 号截取,删除左边字符,保留右边字符。echo ${var##*/}##*/ 表示从左边开始删除最后(最右边)一 ...