问题 基因家族鉴定

老师好，我问一下：假如原始序列有5个结构域，我鉴定出来的有4个结构域，这个序列还要不要保留？

问题 老师你好，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量我有几个不同浓度胁迫下的转录组数据，想利用此数据分析一下某基因家族，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量?依据表达量画差异表达图？

问题 老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

...n-genes.list文件大小一模一样，不知道是为什么？我现在有个变动是，获得的泛基因列表中，C01基因组名称写的是C1，这可能是之前提取蛋白时候它自动命名省去了，但是一个基因组（同样，还有C2-C9,L1-L9,Q1-Q9）。基因家族列表中...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...隐马可夫模型，通过HMM软件鉴定MYB家族基因，共鉴定出182个MYB家族基因，命名为CeqMYB1— CeqMYB182；分析了序列长度、等电点及表达部位等信息。 2. 木麻黄MYB家族基因进化及分类分析 作者根据MYB保守结构域数量将该家族分为3个...

问题 不好啥意思打扰了，我在服务器上用ClustalW对2000个基因进行比对，想看一下基因多态性，但是比对了很久，显示第5次跑数据了，是出了什么问题吗？比对完成后如何把非此基因的冗余序列去除，并进行可视化呢

问题 老师们好，这是我的基因定位在染色体上的位置，总共的scaffold数有3864个，但是七鳃鳗里面染色体有72条，所以这里怎么转换我不明白，我这个里面它好像默认了scaffold就是染色体一样，我不知道怎么去转换

文章 文本种单列数据频数统计

...计文本种各类型数据频数情况。 譬如有如下数据： ABVAGCGDEFDGRDFGAF 进行排序 sort 之后 uniq -c 即可统计各字符出现的频数 cat test.txt |sort|uniq -c      3 A      1 B      1 C      2 D      1 DF      1 E      2 F      4...

问题 motif展示

老师您好，我想问问做motif分析的时候，结果里把1个结构域给分成2个motif呈现，这种问题该怎么解决呢？

问题 如何将TCGA中下载的CNV数据：GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5个离散值（0：无变化 1：拷贝数增加 2：高水平扩增 -2：纯合性缺失 -1：半合子缺失）。如下图所示

将上图转变为

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

local({r <- getOption("repos")  r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")#install.packages("GGEBiplots")#install.packages("GGEBiplotGUI")library(GGEBiplotGUI)library("GGEBiplots")l...

文章 封装型分面facet_wrap()

ggplot2 关于分面 包括两类，一类是网格型分面facet_grid，一类是封装型分面facet_wrap 网格型分面 是生成一个2维面板，面板的行与列通过变量来定义  使用可以参考：https://www.omicsclass.com/article/103，https://www.omicsclass.com/article/353。 ...

问题 老师，我发现同一物种在不同的网站下载的cds,pep,gff文件信息有些不同，比如有个转录本信息在NCBI下载的cds文件中就可以找到，在jgi下载的cds文件中就没有。这样鉴定的成员数目是不是就不对呢

问题 老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

问题 老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把的花钱做芯片或者高通量测序做前期的筛选工作。但...