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文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（拟南芥重金属）

... 作者在GEO数据库当中找到了11组和重金属（As, Au, Cd, Pb and Cu）相关的基因芯片表达数据用于查找拟南芥当中与重金属响应相关的关键基因。 2.关键差异基因筛选分析 分别对这11组数据用limma包做差异表达分析，筛选条件为：co...

文章 blast报错

...例如： 直接复制粘贴官网的代码并执行： makeblastdb –in mydb.fsa –dbtype nucl –parse_seqids 总会有如下错误提示： USAGE  makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]    -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids]    [-hash_ind...

文章 pROC包绘制ROC曲线

...eric or character vector of responses, typically encoded with 0 (controls) and 1 (cases).    进行分类 predictor     a numeric vector of the same length thanresponse, containing the predicted value of each observation. An ordered factor is coerced to a numeric.  进行预测 AUC 0.7314 ...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...Xena 网站下载得到用于预测模型构建；GEO数据库中 GSE62254 and GSE29274数据集用于模型验证。免疫侵润分析方法：ESTIMATE （R包）和 CIBERSORT （在线工具），ssGSEA（GSVA)。 预后signature查找： 免疫评分聚类区分免疫亚型 根据ssGSEA 评估...

问题 您好，我扩增子分类注释报错了，麻烦您帮我看看

sh: line 1:    78 Segmentation fault      uclust --input "otus.fa" --id 0.8 --rev --maxaccepts 3 --allhits --libonly --lib "/work/database/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_al463L.uc" > "/work/tmp/tmpFpr35JV...

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

...a_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 Reading Files ... **** INFO: no intercept term is found in the cvt file: a column of 1s is added. ## number of total individuals = 21 ## number of analyzed individuals = 21 ## number of covariates ...

问题 基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

错误提示：Use of uninitialized value $pid in exists at script/mRNAid_to_geneid.pl line 40, <IN> line 188156 gff文件内容有什么问题

问题 MEME就运行脚本的时候，其中的maxsize 指最大输入文件的字符数，maximum dataset size in characters，这个是指多少b吗，6000000是指文件最大6M，单位是什么？时间的最大值单位是秒吧？，motif的个数最小长度一般是多少？有什么参考的吗，最大长度是多少，这个长度的单位是什么，多少b，还是多少kb？

/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100

文章 trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

... |剪切结果序列长度最低不能低于原序列长度的80% trimal -in aligned.fa -out aligned_trimed.fa -gt 0.8 -st 0.001 -cons 80 有了这三个参数，就可以对比对结果中一些不保守的列进行剪切/删除。只保留保守的序列部分。 除此之外还有一些自动...

问题 bioconductor常用包 安装

...quired to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/Installing package into ‘C:/Users/Lenovo/Documents/R/win-library/3.6’(as ‘lib’ is unspecified)试开URL’htt...

问题 gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

...od sum exceeded zero -- method was called for variant data with no variant information.         at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.genotyper.AlleleSubsettingUtils.calculateMostLikelyAlleles(AlleleSubsettingUtils.java:31>         at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers...

文章 IF=4.2 | 不同西瓜品种果实品质的转录组代谢组联合分析

...Scientia Horticulturae杂志发表了一篇题为“Combined transcriptome and metabolome analysis reveals the mechanism of fruit quality formation in different watermelon (Citrullus lanatus) cultivars”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 西瓜作为夏季最受...

文章 echo输出不换行

...可以用echo命令的-n选项，作用是输出是不追加换行。 #!/bin/bash/for i in `cat sample.txt`do        echo -n "cat ">> run.sh        for j in `cat primerid.txt`        do                echo -n " $i/${i}_$j.fa">> run.sh        done        echo...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...用这个好用的软件CIRI。 5 参考文献 Yuan Gao, Jinfeng Wang, and Fangqing Zhao.CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification.Genome Biol. 2015; 16(1): 4. Chen G, Cui J, Jin B al.Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana.Front...

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

...’ The following object is masked from ‘package:base’:     expand.grid 载入需要的程辑包：IRanges 载入程辑包：‘IRanges’ The following object is masked from ‘package:grDevices’:     windows 载入需要的程辑包：GenomeInfoDb 载入需要的程...