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文章 非肿瘤文章集锦

...RNA-mRNA调控网络 Maternal smoking-induced lung injuries in dams and offspring via inflammatory cytokines  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33989842/  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34306596/   自噬相关心血管疾病

问题 ALLHIC1挂载出现问题

...ces of a motif in a genome.  Make a 'POS' file listing these occurrences, and also a BED file re       9      10 SYNTAX: make_bed_around_RE_site.pl <fasta> <motif> <range>      11 fasta:  A fasta file representing a genome (reference or draft assembly.)      12 mo...

问题 绘制circos图，途中不显示共线性基因

...g directory /home/manager/GeneFA/sharegb/cir debuggroup summary 0.97s command /biosoft/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/config1.txt -outputdir /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/result1 -outputfile test1 debuggroup summary 0.97s loading configuration from file /...

问题 GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接

...nnotGPL=TRUE,destdir=workdir)Found 1 file(s)GSE2685_series_matrix.txt.gztrying URL 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2685/matrix/GSE2685_series_matrix.txt.gz'Error in download.file(sprintf("https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/%s/%s/matrix/%s",  :   cannot open URL 'https://f...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

... Short Name 中文 1 broad.mit.edu CGCC Broad Institute of MIT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 2 hms.harvard.edu CGCC Harvard Medical School HMS 哈佛医学院 3 lbl.gov CGCC Lawrence Berkeley National Laboratory LBL 劳伦斯...

问题 我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

Based on the divergent time (77 million years ago) between F. americana and C. canephora and the mean Ks value (1.36) of syntenic gene pairs between F. americana and C. canephora, it estimated 8.83 × 10−9 substitutions per site per year of synonymous nucleotide substitutions rate (r) fo...

问题 绘制转录本图，无法提取文件

老师，您好 在绘制转录本图时出现下列问题： 输入此命令：perl /home/manager/share/script/get_gtf.pl -in1 gene2_id.txt -in2 Gossypium_hirsutum_v1.1.gene.gtf -out u-box_gtf.txt，输出的 u-box_gtf.txt文件是空的，是什么原因？

文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）开发并负责维护，隶属于美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。 ENA：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；欧洲核苷酸序列数据库（European Nucleotide Archive...

文章 GWAS模型介绍

...构； Zβ：标记效应（Marker Effect SNP）； Wμ：随机效应（RandomEffect），这里一般指个体的亲缘关系。 e: 残差 GWAS分析一直需要解决两个问题，一个是随着测序数据量的不断增加，计算速度已经是影响GWAS分析的一个重要问题。二...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（拟南芥重金属）

... 作者在GEO数据库当中找到了11组和重金属（As, Au, Cd, Pb and Cu）相关的基因芯片表达数据用于查找拟南芥当中与重金属响应相关的关键基因。 2.关键差异基因筛选分析 分别对这11组数据用limma包做差异表达分析，筛选条件为：co...

文章 blast报错

...例如： 直接复制粘贴官网的代码并执行： makeblastdb –in mydb.fsa –dbtype nucl –parse_seqids 总会有如下错误提示： USAGE  makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]    -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids]    [-hash_ind...

文章 pROC包绘制ROC曲线

...eric or character vector of responses, typically encoded with 0 (controls) and 1 (cases).    进行分类 predictor     a numeric vector of the same length thanresponse, containing the predicted value of each observation. An ordered factor is coerced to a numeric.  进行预测 AUC 0.7314 ...

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

...a_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 Reading Files ... **** INFO: no intercept term is found in the cvt file: a column of 1s is added. ## number of total individuals = 21 ## number of analyzed individuals = 21 ## number of covariates ...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...Xena 网站下载得到用于预测模型构建；GEO数据库中 GSE62254 and GSE29274数据集用于模型验证。免疫侵润分析方法：ESTIMATE （R包）和 CIBERSORT （在线工具），ssGSEA（GSVA)。 预后signature查找： 免疫评分聚类区分免疫亚型 根据ssGSEA 评估...

问题 gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

...od sum exceeded zero -- method was called for variant data with no variant information.         at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.genotyper.AlleleSubsettingUtils.calculateMostLikelyAlleles(AlleleSubsettingUtils.java:31>         at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers...