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文章 Linux 服务器 安装Jupyter notebook 并开启远程访问

...的配置文件打开配置文件vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py 在该文件中做如下修改或直接在文件尾端添加：注意配置文件前面不要有空格c.NotebookApp.allow_remote_access = True #允许远程连接 c.NotebookApp.ip='*' # 设置所有ip皆可访问 c.NotebookAp...

文章 计算串联重复基因KaKs的时候，aln文件一定要通过脚本转换为axt文件么？这两种文件格式是否可以直接通过修改扩展名来实现？

...式的图片是矢量图，png格式的图片是位图。     所以你在修改文件格式的时候首先是看能不能通过软件另存为你需要的文件格式，不过不能，例如序列比对结果的aln文件到计算KaKs的输入文件axt文件，这就需要通过程序软件来实...

文章 R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached

在运行R脚本的时候，出现报错，提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :  cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r'Calls: source -> fileIn addition: Warning message:In file(fil...

文章 使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

...下没有Makevars文件可以进行创建： mkdir .R vi Makevars 然后在Makevars文件中键入： CC = gcc -std=c99 然后重启R，就可以直接以c99标准编译R包，直接安装： BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE) 但是这种方法会改变gcc标准的全局变量，...

问题 利用cicro绘图时遇到错误

老师您好，我在基因家族分析使用命令进行绘图时发现运行错误，错误代码如下，请您帮我查看一下，谢谢老师。  *** CIRCOS ERROR ***       cwd: /work/my_gene_family/09.circos       command: /share/work/biosoft/circos/latest/bin/circos -conf confi...

问题 老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗，

老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗，如果作者那边要不上，可以要部分的话，我这边是要foxtail_millet.GRASgene.list  文件呢，其中中有5502个（在02....

文章 TCGA中样品取样组织类型编号对照包 sample type

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 xpclr 软件不能运行

在你们服务器上运行xpclr 软件的时候，找不到这个软件，相关的镜像已经下载。 [us002@omicsclass-a02  12:28:18 ~/work/pop_cucu_demo/05.select_sweep/xpclr]$cd  $workdir/05.select_sweepmkdir xpclrcd xpclr## xpclr软件每次只能运行1个染色体## 原始的XPCLR分析...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

在我们的《TCGA差异表达分析》课程中，我们介绍了采用TCGAbiolinks 去下载GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本，只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示： 我查看了一下TCGAbiolinks的文档，发现...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is buildin...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is buildin...

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

您好！我在进行python版mcscan得运行，但是运行到python -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout　时，提示错误。 Traceback (most recent call last):  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main    "__main__", fname, loader, pkg_name)  File "/usr/li...

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

...使用perl的时候，可能会报上述错误 这个时候，你需要在主机上的 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是使用zsh的mac，则是...

问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

利用老师课程中讲的方法一pick_de_novo_otus.py进行的，但运行过程的日志文件中出现assign_taxonomy过程的报错。 [root@f0190be56047  21:19:38 /work/my_16s/5.pick_otu_qiime]# pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo...

文章 KEGG GO 富集显著性图 名字太长，柱状图上文字解决

...) %>%  arrange(log_pvalue) %>%  # 按升序排列，这样最大的在顶部  mutate(Description_short = fct_reorder(Description_short, log_pvalue))# 创建条形图ggplot(data, aes(x = log_pvalue, y = Description_short)) +  geom_bar(stat = "identity", fill = "#F0510C", width = 0.8,alpha=0...