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问题 老师，请问泛基因家族成员鉴定中，hmmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？

...lout ./${ind}.CDPK_hmmerOut.txt --cut_tc ./CDPK.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta和grep -v "^#" ${ind}.WRKY_hmmerOut.txt|awk '$7<1e-5 && ($19-$18)/$6>0.9  {print $1}' |sort|uniq > ${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_e_len.list grep -v "^#" ${ind}.WRKY_hmmerOut.txt|awk '$7<1e-5 && ($19-...

问题 老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

...的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp在运行perl $scriptdir/vcf_start.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错，显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Illegal division by zero at /work/scri...

文章 add a Convex Hull with module

有的文章会在模块化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 # add a Convex Hull library(ggforce) # for geom_mark_hull or geom_encircle p1 <- ggraph(g, layout = "fr") + geom_edge_link...

文章 linux下Circos安装

...强制安装：CPAN[1]>force  install  Clone所有模块安装完后在检查一遍：./circos -modules全部为ok即可。

问题 reseqv2.0镜像annovar报错

...string . -otherinfo>最后生成的文件缺少snp.unknown_multianno.vcf和snp.unknown_multianno.txt请各位老师帮忙看看如何解决 感谢

文章 bio-linux安装包下载链接

...：遗传图谱构建与QTL分析 6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析 7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文...

问题 使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

您好，我在使用tassel进行排序时报错，不知道为什么会有负深度

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务，或者一直黑屏解决办法

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

在建树之前的这步对过滤后的vcf文件排序时出现这个报错，哪位大佬知道为啥吗

文章 Perl读写Excel

...单元格居中 #使用行号及列号，向单元格写入一个格式化和末格式化的字符串 $col = $row = 0; $worksheet->write($row, $col, 'Hi Excel!', $format); $worksheet->write(1, $col, 'Hi Excel!'); foreach  $row (10..20) {    foreach  $col (10..20)     {       $...

文章 课题组如何降低测序成本，加快成果产出

基于高通量测序技术的研究手段已经在基因组学、转录组学、表观遗传学等多个领域发挥了巨大的作用，同时随着测序成本的一降再降，测序已经渐渐变成了一种常规实验手段。 然而有两大问题极大的阻碍了科研工作者将测序...

问题 泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

... 是不是会影响后面的命令的运行？ #将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./ #因为我按照这个命令建了批量链接，但是在后面运行命令的时...

文章 ggplot2几何设置——geom

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 vif.cca 筛选环境变量：VIF是非常有用的指示符，表明数据集中存在多重共线性。 它不能很好地指示应从模型中删除哪个预测变量。

原文地址： https://quantpalaeo.wordpress.com/2014/04/14/variance-inflation-factors-and-ordination-model-selection/ Variance inflation factors and ordination model selection Posted on 14/04/2014by richard telford Variance inflation factors (VIF) give a measure of the extent of multico...

文章 GEO单细胞转录组数据挖掘示例代码汇总

... 拟南芥单细胞：https://www.omicsclass.com/article/2608  代码在单细胞转录组分析课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6