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文章 hmmsearch搜索蛋白保守结构域结果说明

...对上了；   一般我们会筛选第7列的E-value值； 要知道怎么筛选先看看文件说明，以下是结构域格式输出说明，官方说明 http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf  在我们《基因家族分析实操课程》里面也有详细说明。 结果文件...

文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

.../Users/zhangqiuxue/Downloads" # 设置需要下载癌症对应的project 和数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type = "xml" # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirec...

文章 WGCNA 根据KME值筛选hub基因

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 两个不同的基因家族可以分析蛋白互作吗？做些什么分析能把两个基因家族联系起来呢？

...分析，请问可行吗，有视频教程可以购买吗？ 3、想看看在某一组织中各基因的表达情况，看了些帖子说从GCD网下载RNA表达数据，或者从NCBI下载GEO芯片，请问有具体的视频操作吗？ 希望大家帮帮生信小白，给点建议，感激不尽

问题 双通道平台数据标准化，scan protocol。

在Agilent双通道芯片标准化课程中有如下代码： files = list.files(workdir, pattern = "GSM") files RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") show(RawData) 我用的GSE8205的 Scan protocol 为 Axon 4000B scanner. Both the 635nm (red, Cy5) and 532nm (green, Cy3) chan...

问题 诱变材料，且已自交 6 代，是否可用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

我在网上搜索的关于 QTL-seq 的原理。为什么诱变得到的材料不能够用 QTL-seq 的方法来定位到基因？如果是 EMS 诱变材料且已自交 6 代，也不能采取 QTL-seq 的方法来定位到基因么？为什么？因为 Mutmap 方法需要野生型和突变型杂...

文章 MCScanX 安装报错，支持64位系统

... 1 这个错误的原因是，MCScanX 不支持64位系统。如果要在 64位上运行，需要修改下源代码。 只需要给MCScanX 目录下的 msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h 这三个文件内容 最前面添加 #include <unistd.h> ...

文章 如何看懂从TCGA下载的甲基化数据

...化数据是包含了样品中不同甲基化位点的甲基化程度β值和位点的注释信息。该数据的表头解释如下： Composite ElementA unique ID for the array probe associated with a CpG siteBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensity and total array int...

问题 关于annover建库问题

[root@108189d98d67  07:48:18 /work/my_reseq/ref]# sh index.sh pearref.fa peargff.gff REF: pearref.fa GFF: peargff.gff GTF: build Index  start: RNN CMD:samtools faidx pearref.fa RNN CMD: picard CreateSequenceDictionary R=pearref.fa O=pearref.dict INFO    2024-04-21 07:49:38     Create...

问题 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件？

在用TCGAbiolinks下载结肠癌RNAseq表达数据的时候，Rstudio代码如下： （Ubuntu 环境 Rstudio-server版本 ） library(TCGAbiolinks) query <-GDCquery(project = "TCGA-COAD", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expr...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

... some.biom -m observed_species,shannon,chao1,simpson,ace,goods_coverage 在运行时报错 File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/scikit_bio-0.2.3-py2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueError("The only rare OTU...

文章 从GDC数据库下载TCGA的miRNA不同isoform表达量数据

在我们的课程中介绍了TCGA下载miRNA数据的方法，但是下载的数据是miRNA 基因水平的表达量，而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢？ 可以参考如下的代码： # 设置下载的参数 project <- "TCGA-CHOL" data_cat...

文章 dellBIOS 更新

...导设备。 2. 使用可引导设备将系统引导至 UEFI shell。 3. 在 UEFI shell 下运行可执行文件 (.efi)。按照更新实用程序提供的说明执行操作。 您还可以直接从 BIOS Boot Manager 加载此可执行文件，而无需使用 UEFI shell 可引导介质。 1. 将...

文章 基因家族分析linux软件安装列表

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 gdcRNADownload(project.id = 'TCGA-CHOL', + data.type = 'RNAseq', + write.manifest = FALSE, + method = 'gdc-client', + directory = rnadir)

在执行上面这段代码时出现这个错误