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文章 ConsensusClusterPlus 包对基因表达数据进行一致性聚类

...       pFeature=1, clusterAlg="hc",              title="untitled_consensus_cluster",              innerLinkage="average",               finalLinkage="average",               distance="pearson", ml=NULL,              tmyPal=NULL,seed=NULL,              p...

文章 pyvcf的安装

...竟然还在使用python2编写，因此为了使用它，需要用到use_2to3这个小模块，毫无疑问，这也是一个相当老的模块，因此无法在最新版的setuptools上使用，因此我们可以先将setuptoos降级到58.0以下，比如 pip3 install setuptools==57.5.0 然后...

问题 物种分类树图

...行下图1中物种分类树图时，出现了以下报错，回查了level_tree_sample.py脚本，发现报错出现在第98行（见图2），这行代码我理解的意思应该是从左往右以K_细菌到右依次检索，按类别分组，我回查了文件“5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus...

问题 老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

...文件为: 现在需要整理成需要的格式，参考教程awk -F"\t|-|_" '{print $1$2"\t"$3"_"$6}' 26Pan-genes.list > 26mazi.pan-genes.list，生成的文件为 但是，第一列泛基因ID，丢掉了泛基因序号，第二列的基因组编号好像是也丢了，请问怎么修改

问题 一次搜索多个结构域

...一次搜索多个pfam应该如何修改命令“hmmsearch --domtblout WRKY_round1_hmmerOut.txt --cut_tc WRKY.hmm ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.gene.pep.fasta”； 对于ring finger这种pfam众多的家族，可以一次性把所有pfam一起做出来吗？还是一次只能搜索一个...

文章 宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法

.../BASALT。 git clone https://github.com/EMBL-PKU/BASALT.gitpython BASALT_setup.pychmod -R 777 BASALT/bin/*# 脚本下载训练模型python BASALT_models_download.py# 手动下载训练模型wget https://figshare.com/ndownloader/files/41093033mv 41093033 BASALT.zipmv BASALT.zip ~/.cachecd ~/.c...

文章 trinity的下载与安装

...inity的使用方法 命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6 几个重要参数介绍： –seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa –JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数，由–max_memory代替 组装过程中，jellyfish这一...

文章 echo输出不换行

...n `cat primerid.txt`        do                echo -n " $i/${i}_$j.fa">> run.sh        done        echo  "> $i.fa">> run.shdone

文章 R使用ggtree包报错

...：Error: package or namespace load failed for ‘ggtree’: object ‘get_aes_var’ is not exported by 'namespace:rvcheck' 原因是rvcheck版本过高,降级即可 remove.packages("rvcheck") install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = ...

文章 cnv_dumbbell_plot.r 绘制哑铃图ggplot2包

使用方法: $Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT] [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX] CNV_Dumbbell_plot:https://www.omicsclass.com/article/1572 optional arguments: -h, --help ...

问题 Blast方法鉴定鉴定基因家族

...地址：http://plants.ensembl.org/index.html这个网站下载了Brassica_rapa.Brapa_1.0.pep.all.fa，在linux里面输入脚本进行blastp比对，回车后出现如图所思情况，是什原因

文章 annovar的染色体识别问题

...，对其中的特殊符号“-”进行替换，替换成“.”或者“_”均可，重新注释： 这样就能够注释到基因了，因此在进行变异位点的注释之前，要尽量把染色体改成数字的形式，如果是NCBI的数据，也可以查询到NC编号对应的数字： ...

文章 perl——当split函数用空格做分隔符时

...回列表长度。  split用空格分隔字符串： #!/usr/bin/perl$_= "   a   b   c   d   e";    ## 字符串有前导空格，字符‘a’前面有空白print join " | ", split ;       ## 默认分隔符print "\n";print join " ! ", split /\s+/;  ## 正则匹配空格print "\n";pr...

问题 请问为大神，这种情况该怎么处理？

具体代码如下 ： workdir="C:/Users/dong/Desktop/2/GSE40807_RAW"setwd(workdir)dir.create("result") files = list.files(workdir, pattern = "GSM")filesRawData=read.maimages(files=files,source="agilent.median",green.only = T)show(RawData) EListRaw=RawDatadim(EListRaw)colnames(EListRaw) BgC...

文章 linux shell并行运行任务

seqkit split -p 20 ../../test_data/protein.chr4.s.fasta --out-dir protein.splitfor i in {01..20};doecho "exonerate --model protein2genome --percent 50 -t ../genome.hardmasked \   -q  protein.split/*part_0${i}.fasta --showtargetgff yes --showalignment no \   --score 100 --minintron 20 --maxint...