问题 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

文章 igraph 包安装错误

/usr/bin/ld: /usr/local/lib/liblapack.a(dgeev.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC /usr/local/lib/liblapack.a: could not read symbols: Bad value collect2: ld returned 1 exit status make: *** [igraph.so] Error 1 ERROR: comp...

问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

...mo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unmap.bam -后出现下面这个，这个太慢了吧，是...

问题 老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

问题 bioconductor source代码报错

...： source("https://bioconductor.org/biocLite.R ") 时：出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) :  InternetOpenUrl failed: '操作超时'。请问怎...

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

...表示要提取基因上游多少bp的序列。 脚本代码： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use warnings;use Getopt::Long;use Data::Dumper;use Config::General;use Cwd qw(abs_path getcwd);use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;my $version =...

文章 非肿瘤文章集锦

...RNA-mRNA调控网络 Maternal smoking-induced lung injuries in dams and offspring via inflammatory cytokines  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33989842/  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34306596/   自噬相关心血管疾病

问题 ALLHIC1挂载出现问题

...ces of a motif in a genome.  Make a 'POS' file listing these occurrences, and also a BED file re       9      10 SYNTAX: make_bed_around_RE_site.pl <fasta> <motif> <range>      11 fasta:  A fasta file representing a genome (reference or draft assembly.)      12 mo...

问题 绘制circos图，途中不显示共线性基因

...g directory /home/manager/GeneFA/sharegb/cir debuggroup summary 0.97s command /biosoft/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/config1.txt -outputdir /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/result1 -outputfile test1 debuggroup summary 0.97s loading configuration from file /...

问题 GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接

...nnotGPL=TRUE,destdir=workdir)Found 1 file(s)GSE2685_series_matrix.txt.gztrying URL 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2685/matrix/GSE2685_series_matrix.txt.gz'Error in download.file(sprintf("https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/%s/%s/matrix/%s",  :   cannot open URL 'https://f...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

... Short Name 中文 1 broad.mit.edu CGCC Broad Institute of MIT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 2 hms.harvard.edu CGCC Harvard Medical School HMS 哈佛医学院 3 lbl.gov CGCC Lawrence Berkeley National Laboratory LBL 劳伦斯...

问题 我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

Based on the divergent time (77 million years ago) between F. americana and C. canephora and the mean Ks value (1.36) of syntenic gene pairs between F. americana and C. canephora, it estimated 8.83 × 10−9 substitutions per site per year of synonymous nucleotide substitutions rate (r) fo...

问题 绘制转录本图，无法提取文件

老师，您好 在绘制转录本图时出现下列问题： 输入此命令：perl /home/manager/share/script/get_gtf.pl -in1 gene2_id.txt -in2 Gossypium_hirsutum_v1.1.gene.gtf -out u-box_gtf.txt，输出的 u-box_gtf.txt文件是空的，是什么原因？

文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）开发并负责维护，隶属于美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。 ENA：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；欧洲核苷酸序列数据库（European Nucleotide Archive...

文章 GWAS模型介绍

...构； Zβ：标记效应（Marker Effect SNP）； Wμ：随机效应（RandomEffect），这里一般指个体的亲缘关系。 e: 残差 GWAS分析一直需要解决两个问题，一个是随着测序数据量的不断增加，计算速度已经是影响GWAS分析的一个重要问题。二...