问题 老师你好，我在使用qiime进行聚类分析中的pick_open_reference_otus.py进行聚类时，总是提示usearch61的版本不对，后来使用psortmerna_sumaclust 分析到一半的时候也开始报错了

...错的信息如下 Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 453, in <module>     main()   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 432, in main     minimum_failure_threshold=mi...

文章 KEGG GO 富集显著性图 名字太长，柱状图上文字解决

...创建数据框data <- data.frame(  Description = c(    "KEGG_STARCH_AND_SUCROSE_METABOLISM",    "KEGG_PENTOSE_AND_GLUCURONATE_INTERCONVERSIONS",     "KEGG_METABOLISM_OF_XENOBIOTICS_BY_CYTOCHROME_P450",    "KEGG_PORPHYRIN_AND_CHLOROPHYLL_METABOLISM",    "KEGG_NEUROACTIVE_LIGAND_RECEPT...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

...erl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/Utilities.pm line 297. => Machine information: print() on closed filehandle $log at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/Utilities.pm line 297.         This script is being run by perl v5.22.1 print() on closed filehandle $log...

文章 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对

...less(-d $od){    mkdir $od;}####get target gene id my $gene;my @info;my %hashG;open (IN,"$opts{id}") || die "open $opts{id} failed\n";while(<IN>){    chomp;    @info=split(/\s+/,$_);    $gene=$info[0];    $hashG{$gene}=$gene;}close(IN);#######select tandem my...

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

...从GDC官网下载gdc-client工具压缩包，接着就报错了： Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 然后我把method换成api，也报错了： Error in GDCdownload.aux(server, manifest.aux, name.aux, path) :    There was an error in the download process (we might had...

文章 pfam数据库介绍及使用

...ed, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular). 2. clan 对多个family进行相似性分析，将具有相似的三维结构或者相同motif的family归为一个clan, 可以看做是superfamily的概念，每个clan...

文章 低成本转录组跨种遗传进化分析

...hum）包含三个种：A. danaeifolium Langsd. & Fisch., A. aureum L. and A. speciosum Willd2 。这三种蕨类又具有不同环境的适应性，且金蕨属是唯一生长在潮汐带上的蕨类，在蕨类植物中占用特殊的地位。作者通过重建该属的系统发育和估计分...

文章 vcftools去除或保留vcf文件中的样品

vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为 --indv 和 --remove-indv  ，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下： 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品，执...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...序数据合并时，执行合并代码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable rea...

问题 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

文章 igraph 包安装错误

/usr/bin/ld: /usr/local/lib/liblapack.a(dgeev.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC /usr/local/lib/liblapack.a: could not read symbols: Bad value collect2: ld returned 1 exit status make: *** [igraph.so] Error 1 ERROR: comp...

问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

...mo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unmap.bam -后出现下面这个，这个太慢了吧，是...

问题 老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

问题 bioconductor source代码报错

...： source("https://bioconductor.org/biocLite.R ") 时：出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) :  InternetOpenUrl failed: '操作超时'。请问怎...

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

...表示要提取基因上游多少bp的序列。 脚本代码： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use warnings;use Getopt::Long;use Data::Dumper;use Config::General;use Cwd qw(abs_path getcwd);use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;my $version =...