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文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...Xena 网站下载得到用于预测模型构建;GEO数据库中 GSE62254 and GSE29274数据集用于模型验证。免疫侵润分析方法:ESTIMATE (R包)和 CIBERSORT (在线工具),ssGSEA(GSVA)。 预后signature查找: 免疫评分聚类区分免疫亚型 根据ssGSEA 评估...

问题 您好,我扩增子分类注释报错了,麻烦您帮我看看

sh: line 1:    78 Segmentation fault      uclust --input "otus.fa" --id 0.8 --rev --maxaccepts 3 --allhits --libonly --lib "/work/database/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_al463L.uc" > "/work/tmp/tmpFpr35JV...

文章 pROC包绘制ROC曲线

...eric or character vector of responses, typically encoded with 0 (controls) and 1 (cases).    进行分类 predictor     a numeric vector of the same length thanresponse, containing the predicted value of each observation. An ordered factor is coerced to a numeric.  进行预测 AUC 0.7314 ...

问题 基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

错误提示:Use of uninitialized value $pid in exists at script/mRNAid_to_geneid.pl line 40, <IN> line 188156 gff文件内容有什么问题

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时,识别到四个协变量,删除第一行截距后,仍旧识别到四个协变量,这是为什么啊

...a_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 Reading Files ... **** INFO: no intercept term is found in the cvt file: a column of 1s is added. ## number of total individuals = 21 ## number of analyzed individuals = 21 ## number of covariates ...

文章 trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

... |剪切结果序列长度最低不能低于原序列长度的80% trimal -in aligned.fa -out aligned_trimed.fa -gt 0.8 -st 0.001 -cons 80 有了这三个参数,就可以对比对结果中一些不保守的列进行剪切/删除。只保留保守的序列部分。 除此之外还有一些自动...

问题 MEME就运行脚本的时候,其中的maxsize 指最大输入文件的字符数,maximum dataset size in characters,这个是指多少b吗,6000000是指文件最大6M,单位是什么?时间的最大值单位是秒吧?,motif的个数最小长度一般是多少?有什么参考的吗,最大长度是多少,这个长度的单位是什么,多少b,还是多少kb?

/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100

问题 bioconductor常用包 安装

...quired to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/Installing package into ‘C:/Users/Lenovo/Documents/R/win-library/3.6’(as ‘lib’ is unspecified)试开URL’htt...

文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)开发并负责维护,隶属于美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, NIH)。 ENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home;欧洲核苷酸序列数据库(European Nucleotide Archive...

文章 echo输出不换行

...可以用echo命令的-n选项,作用是输出是不追加换行。 #!/bin/bash/for i in `cat sample.txt`do        echo -n "cat ">> run.sh        for j in `cat primerid.txt`        do                echo -n " $i/${i}_$j.fa">> run.sh        done        echo...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...用这个好用的软件CIRI。 5 参考文献 Yuan Gao, Jinfeng Wang, and Fangqing Zhao.CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification.Genome Biol. 2015; 16(1): 4. Chen G, Cui J, Jin B al.Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana.Front...

问题 顺势作用原件功能评估

...www.omicsclass.com/article/1154  Fig4中描述的比如顺势原件 MYB binding site involved in flavonoid biosynthetic genes regulation; LTR, cis-acting element involved in low-temperature responsiveness。请问老师如何评估这些元件的功能,文中也没有引用参考。我觉得评...

问题 老师您好!

...  directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unz...

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

...’ The following object is masked from ‘package:base’:     expand.grid 载入需要的程辑包:IRanges 载入程辑包:‘IRanges’ The following object is masked from ‘package:grDevices’:     windows 载入需要的程辑包:GenomeInfoDb 载入需要的程...

文章 Scanpy数据结构:AnnData

... AnnData object with n_obs × n_vars = 6050 × 32285 obs: 'in_tissue', 'array_row', 'array_col', 'gender', 'age', 'tissue', 'Strain', 'n_genes_by_counts', 'log1p_n_genes_by_counts', 'total_counts', 'log1p_total_counts', 'pct_counts_in_top_50_genes', 'pct_counts_in_top_100_genes', 'pct...