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文章 DNA SequenceLogo

...习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信...

问题 利用gblocks提取序列保守结构域时报错

...gblocks中,都报错,页面如图,烦请您帮我分析下问题所。多谢老师不吝赐教!另还想请问您,gblocks中有两个options选项,这个选择时有没有什么依据?

问题 基因组组装(T2T)端粒问题

老师,您好。我利用hifi + ONT + Hi-C 数据进行基因组组装时,发现有3~4条染色体的一端并没有组装到端粒,想问一下,有什么类型软件可以利用测序数据进行一个端粒的延伸,让这几条染色体达到T2T的水平?

文章 conda一直卡Solving environment

使用conda安装CARD数据库自带软件rgi的时候,发现一直卡Solving environment这一步,查了不少攻略也没能解决问题, 结果换了mamba后瞬间就安装上了,安装非常方便 conda install mamba -c conda-forge 上后续使用更加方便,只需要把开...

问题 你好,我MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中,提取的信息不太对

你好,我MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中,提取到了如下结果,我的物种的基因组gff文件开始部分的格式如图所示,这个要怎么处理呢?谢谢

问题 共线性分析与kaks计算

..._collinearity_within_gene_failies.pl脚本帮助找到这两基因之间存segmental复制,每一对基因可以看做是旁系同源基因吗?同理,组间共线性时用excel.anchors.new中挑出的两物种间存共线性关系的基因对,可以看做是直系同源基因吗?...

问题 请问您使用heatmapper时有遇到第六列缺失的情况吗

线网站http://www.heatmapper.ca/expression/作图时,总是缺少一列不显示热图上,想请问您知不知道

文章 beta多样性中的距离矩阵总结

...样性不同生态系统之间多样性比较:物种丰富度(有无)均匀度(相对丰度) 先看纵向: present/absence: 基于物种丰富度(种类有无)的计算距离矩阵,样品中稀有OTU数量对其影响较大,稀有OTU也就是相对丰度很低的微生...

问题 建立基因组索引时gene_length文件出问题

老师我服务器里用咱们的镜像做索引时gene_length文件出错了,我找了相关的问题回答,但是不知道这个脚本应该修改哪里才好

问题 dadi

看看文献的时候,发现文献里面计算出的基因流时间都有个置信区间,我想知道用这个软件计算出的值哪能找到置信区间。(例如, 文献里面的内容如下:The asymmetric gene flow scenario M8 was best supported by the 14 tested models (Fig...

问题 docker工具的高级用法中的问题

...出现了aa6.fa, aa1-5.fa这5个文件并没有出现。不知道问题出哪里

文章 eQTplot包绘图报错解决:“Caused by error in `db_collect()`”

...lyr的功能描述——远程数据库查询: 最新版本的dbplyrBiocFileCache存不兼容的问题,对此官方也进行了说明: 因此我们需要降低dbplyr包的版本: #先删除以前安装的dbplyrremove.packages("dbplyr")#重新安装指定版本的dbplyrdevtools...

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

...体,运行成功; 但是如果要显示不带数字的染色体,怎么办呢:可以手动修改染色体编号加上数字(mcscan_seqid),另外别忘了对应bed文件中的染色体编号也修改一下; 图片绘制出来之后可以用illustrator修改一下; 更多分...

问题 gff文件包含gene,cds,exon,mRNA的信息,请问如何获取intron的位置信息。我想知道基因组intron的总长度?

老师,你好,我有个gff文件,但其中只有gene,mRNA,exon,cds的信息,如何获取intron的位置信息,我想写个脚本获取基因组intron的长度,请问老师思路大概是怎么样的?谢谢老师

问题 利用Linux制作circos配置文件时,result文件无数据

789x316 789x316 老师您好! 我利用Linux制作circos配置文件时,输出的result文件夹有,但是都没有数据。 输入的三个文件里的基因名称都是一样的。请问这是哪里出了问题