问题 进化关系分析老师你好！我想看看这几个bhlh基因中的哪个和sa6G516730的亲缘？ 进化分析得出sa6G516730跟bhlh12 关系比较近，但相似度分析sa6G516730跟bhlh114比较近这种情况下我该选择112还是114呢？

问题 保守结构域

老师，您好，我的序列比较复杂，由于外群种序列与内类群差异比较大（外群种已经是内群物种亲缘关系最近的了，但由于分化时间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是外群种序列），目前想找整个研究...

问题 老师您好！请问对不同物种的同一家族蛋白基因序列进行多序列比较分析的研究思路是什么呢？

问题 老师你好， 一般来说，用hmmer搜索出来的结果和 blast出来的结果，哪个比较好一点呀？

问题 动植物比较基因组学运行完第一步后，运行第二步出现下面的问题，怎么解决

问题 老师，请问一下动植物比较基因组运行完第一步，第二步出现这个问题，怎么解决啊

问题 比较基因组绘图时报错

我的配置文件： seqid 1,2,3,4,5A01,A02,A03,A04,A05,A06,A07,A08,A09,A10,A11,A12,A13,D01,D02,D03,D04,D05,D06,D07,D08,D09,D10,D11,D12,D13 layout # y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed.8,     .2,    .75,       0,      red, Gbar, top, gbar.bed.2,     .2, ...

问题 请问，如何用mVISTA或者别的软件来分析不同物种叶绿体基因组序列的差异性

我现在只有一个叶绿体全基因组序列，想与同一科的已经发表叶绿体基因组的物种做对比分析，比如说序列差异分析，IR边界比较，进化分析等。这些应该如何做，尤其是软件的应用。

文章 16S聚类还是降噪？

...丰度最高的序列为中心。所有的partition都和中心序列进行比较，计算丰度的p-value。p-value定量了一条序列被判定为扩增错误的可能性。如果最小的p-value低于设定的阈值，就会得到一个新的partition。所有的序列再与新的partition比较...

文章 ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）

...的截距交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expand的解释如下 expandA numeric vector of length two giving multiplicative and additive expansion con...

文章 如何高效的进行多项目管理？

...是每个人的共识，项目进度虽时有延误但相对容易衡量也比较可控，而项目质量则属于非常重要但却最容易被忽视的要素。项目管理协会给质量的定义是“满足需求，符合适用性”。从这个定义来看，质量就是能够明确定义和满...

问题 比较基因组学构图（物种间共线性分析）时，anchors生成时，内容为空，但是其他的文件有内容。

问题 基因家族分析的蛋白结构预测，怎么比较预测的不同亚类蛋白3D结构的相似性？

还有就是如果同一家族的蛋白结构是相似的，因为是3D，怎么让几个结构相似的蛋白放在一起的图片中，不同蛋白都展现的事相似结构的那面

问题 老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述，小麦基因组

我查看了内存是没有问题的然后之前根据您提供的IndexFeatureFile，因为超出索引范围，也无法建立索引随后我尝试使用bcftools建立csi索引，成功了使用csi索引，运行代码，显示需要idx索引但是我尝试了tabix,bcftools以及上面的IndexFeatu...

问题 比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

您好，我在进行进化树构建，运行seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这条命令是被killed，原因是跑满了我的512GB的运行内存导致的，我想问下这到底是什么问题？