找到约 15 条结果

文章 motif分析及meme的各项参数

...找到motif，可能是motif的氨基酸长度较长，因此可以调节搜索的上限值，同时也可以调节查找的motif数量值，这样可能会更容易查找） 即在Linux输入的命令如下： meme      protein.fa     -protein    oc    ./ -nostatus   -time...

问题 docker load -i /mnt/data/home/liangziyang/metagenomics-data/metagenomics-v1.2.tar.gz加载docker时提示no space left on device

...说是docker默认存储位置在我的根目录中，我根目录的硬盘剩余空间有40G，想问一下这是什么原因？按理说我的根目录空间应该足够安装docker了

文章 蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

...据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎- Andromeda。 MaxQuant支持标记定量和非标定量，2.0版本后的MaxQuant还支持DIA的数据分析。MaxQuant具备非线性质量校正和Match Between Runs功能，可以增加蛋白鉴定数量和提...

问题 mutmap方法为什么必须要有回交过程？

...粒性状、花色性状等）突变体。后续对茎色进行突变表型筛选，在M7代1000个品系中，筛选获得30个茎色为紫色的突变体，难道不可以不经过回交，直接将这30个品系分别提取DNA，然后再等量混合进行二代全基因组重测序，从而扣 s...

文章 植物 SSR引物数据库 NAR 发核酸研究

...DNA，也称为SSR，是涉及许多重要生物功能的基因组成分，已被广泛地应用于作物基础研究，包括遗传多样性、连锁和关联作图、标记辅助选择、品种鉴定和进化分析等。    据介绍，该团队开发了一套便捷高效的微卫星DNA位点...

问题 基因家族分析

在操作界面利用docker search omicsclass命令搜索不到镜像了？原来加的QQ群全部解散了，有问题怎么咨询呢？

文章 抗体Fab段的主要功能及制备方法

...段制备：   Fab抗体片段可通过构建噬菌体展示抗体文库筛选获得。Fab抗体库具有多项优势。首先，它可以快速有效地筛选出难以用杂交瘤技术获得的理想抗体。其次，和scFv抗体一样，它可以轻松制备出高亲和力的Fab抗体。   ...

文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

...不会影响蛋白结构与功能，Ks值表示发生非同义替换的位点数量/非同义替换位点数。假设这个基因没有受到自然选择压力，那么根据中性选择理论，密码子同义位点的变化是完全随机的，并随时间推移累积。如果物种发生了全基...

文章 基因编辑RAW264.7细胞系—助力炎症以及破骨细胞生成相关研究-源井生物

...巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）。 炎症研究: RAW264.7是筛选抗炎活性物和研究炎症最常用的体外研究模型。在诱导剂（如脂多糖LPS）的作用下，RAW264.7细胞会模拟炎症反应，释放或上调多种炎症介质如一氧化氮（NO）、环氧合...

问题 构建进化树

利用hummer搜索之后得到相应的序列，在构建进化树过程中，出现以下问题： （1）（2）如何删除序列差异较大的gap，若有，请给予详细的步骤

文章 如何利用HMMER鉴定基因家族成员

...利用HMMER来鉴定基因家族成员。1 、利用软件HMMER进行模型搜索， 软件官网：http://hmmer.org/download.html ，主要用到hmmsearch,已经来自pfam数据库的隐马尔可夫模型。记住模型下载是在pfam数据库中，选择你自己需要的模型即可，如若...

文章 第9期武汉站“基因家族分析实操培训班”开始报名了！

...基因家族分析实操培训班”开始报名了！ 目前该培训班已在北京、南京、泰安、广州等地开办了8期，学员反馈热烈；第9期将于2019年8月16日—8月18日（周五至周日），在武汉举行，为期3天，小班教学，包学包会，人数控制在30...

文章 gdc-client 下载TCGA数据

... https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 2. GDC网站筛选下载的数据  通过GDC 网站上筛选需要下载的数据，形成Manifest文件，将该文件下载下来。这个文件只是记录需要下载文件的名称，需要采用GDC Data Transfer Tool 才能下载...

问题 docker 安装

...面Installation failed: Containers Windows Feature is not available，我已按照参考资料https://www.omicsclass.com/article/1303的步骤新建了containers.cmd，并以管理员身份运行完成后重启了电脑，再次安装时依然出现这样的界面，应该怎么办呢

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用（linux）

...个独立的密码，左侧的加速器帮助页面就会显示为你独立分配的加速地址。修改配置文件： vim  /etc/docker/daemon.json   #大括号{}中添加镜像地址：{ "registry-mirrors":["https://koq0g34v.mirror.aliyuncs.com"]} 然后重启docker，生效 systemctl d...