找到约 15 条结果

问题 老师您好,可以问下临床信息中的days_to_death这种指的是从什么时候到死亡的时间吗?

问题 单细胞测序FindAllmarkers

...d 0.25,报错,FindAllMarkers Calculating cluster 0 converting counts to integer mode Calculating cluster 1 converting counts to integer mode Calculating cluster 2 converting counts to integer mode Calculating cluster 3 converting counts to integer mode Calculating cluster 4 converting ...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

... show this help message and exit -i data, --data data input data file path[required] -t time, --time time set suvival time column name [required] -e event, --event event set event column name must 0 or 1 code format [required] -v varia...

问题 安装StringTie最后执行./stringtie出现Error: no input file provided!这是什么问题

问题 运行GDCprepare(query, save=FALSE)时错误

... c(dataSmTP_short, dataSmNT_short)) > GDCdownload(query = queryDownSd, files.per.chunk = 10) 在运行下面这一步时提示error,是不是因为最早sampleDown时只取了case? > dataPrep1 <- GDCprepare(query = queryDownSd, save = FALSE) Error in `vectbl_as_col_location()`: !...

文章 perl读写gz压缩文件

...柄,只是稍有变化。 输入文件句柄: open IN,"gzip -dc infile.gz|"    输出文件句柄: open OUT, "| gzip > outfile.gz" or die $!; 也可以用包:PerlIO::gzip use PerlIO::gzip;   #Perl  IO open FQ,"<:gzip",file1.gz||die"$!"; open FN,">:gzip",file2.gz||d...

文章 生信分析-小提琴图绘制-脚本使用

...lp message and exit -m meta, --meta meta Input the clinical information file path that contains the grouping[required] -n name, --name name The column name of the value[optional,default:IRPS] -g group_name, --group_name group_name Specifies the...

问题 Picard sortsam排序

...and line syntax is changing. ********** ********** For more information, please see: ********** https://github.com/broadinstitute/picard/wiki/Command-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax:

问题 No file mirdeep_runs/ tmp/precursors.fa_stack found

问题 老师您好,在基因家族分析中,进行共线性分析绘图时,一直出现一下报错,麻烦老师帮忙解答一下

...yotype --format=pdf --figsize=15x15 ph_seqid ph_layout06:27:19 [base] Load file `ph_layout`06:27:19 [base] Load file `PH.bed`06:27:20 [base] Load file `PY.bed`Traceback (most recent call last):  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main    "__ma...

文章 Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

...1.fq.gz# d0f62eed78d2d2c6bed5f5aeaf4a2c11  Arabidopsis_simulated.2.fq.gz# Please re-download the reads if your md5 values unmatched above 然后做快速叶绿体组装(内存:~600MB,CPU时间:~60s): get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated...

文章 perl一些常用的路径获取模块

...tgetwd(); #与$Bin不同,返回的是执行脚本时的路径 abs_path($file); #返回执行脚本时的路径和文件名  File::Basename: ($filename,$dir,$suffix) = fileparse($file,@suffixlist); #获取$filename-文件名,$dir-文件路径,以及$suffix-文件后缀,@suffixlist是一...

文章 linux中sed 替换

...可以直接替换文件中的内容其用法如下: sed -i 's/A/a/g' file.txt 参数-i 会在源文件中直接替换,所以要确定后在使用此参数。 s表示替换,后通常跟正则表达式。 该命令会按行替换文件中所有的A,如果只想对文件中的某些行进...

文章 单细胞转录组如何将UCell CytoTRACE2 infercnv等结果添加到总的rds中

...信息: -b barcode 指定共同的列名字 Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i infercnv.metadata1.tsv UCell1.metadata1.tsv CytoTRACE2.metadata1.tsv -b barcode -p metadata 添加metadata信息到rds文件中: Rscript $scripts/addMetadata_to_seurat_obj.r  -i GSE160269.rds -m metadata...

问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device

采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时,出现报错,如何解决?