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文章 项目经理该如何面对频繁的需求变更?

...排入不同的优先级别队列,以便控制访问权限,也可重新分配优先级或转移变更请求。 五、追溯变更对项目的影响 CORNERSTONE将项目计划、费用和资源分配的变更记录关联到指定的变更请求,帮助管理者跟踪项目计划和执行...

问题 CombineGVCFs报错:htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...我的重测序物种染色体较长,我将每条染色体按350000000bp+剩余长度进行了分段,并分染色体进行gVCF合并。目前,只有一条染色体出现如题所示的问题(长度为350000000bp),其余染色体均正常运行(包括几条350000000bp长度的染色体...

文章 空间转录组数据预处理

...同的spots,揭示空间异质性 左图显示了每个spots 的聚类分配结果根据其所属的聚类用不同颜色标记,并投射到组织图像,可以直观地看到不同基因表达区域在组织中的分布右图展示了t-SNE算法降维后的二维嵌入图,其中每个spot根...

文章 如何让生信大咖解决自己的问题

...识: 提问前,确认自己仔细阅读过错误提示、做过谷歌搜索 (对于说谷歌用不了就不搜索的无话可说)和文档阅读(说自己看不懂英文的也跳过)。 简洁但详尽地描述自己要做的东西,想解决的问题,遇到的问题,从哪几个...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...得免疫相关基因对lncRNA以及免疫相关基因做相关性分析,筛选r>0.4且p<0.001的lncRNA为免疫相关lncRNA(irlncRNA)针对irlncRNA基于肿瘤组织与正常组织做差异表达分析,筛选logFC>1.5且FDR<0.05的irlncRNA为差异irlncRNA(DEirlncRNA)DEirlnc...

问题 RepeatMasker输出没有.divsum文件

...is -pa ${threads} -s -lib allRepeats.final.lib contig.fa# -e rmblast 指定搜索引擎为rmblast,还可以选择crossmatch、abblast或者hmmer# -species "Danio rerio" 指定物种为斑马鱼,物种名必须在NCBI物种分类数据库(Taxonomy)中,推荐使用拉丁学名# -pa 12 使用12...

文章 ENA数据库查询SRA数据

...首先输入高通量数据Study号或Bioproject号(SRP165999),点击搜索搜索结果如下,点击Study号: 这里会显示所有数据下载地址,注意这里是fastq数据。 点击数据下载即可。 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...(影响因子6.68)。同时,我们生信博士提供高效快捷的筛选marker基因的脚本供大家学习使用。 单细胞数据介绍 首先小编简单介绍下这篇被二次挖掘多次的单细胞数据分析的原文,这篇文章的主要内容如下: 作者选取了10个...

文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

...基因MAF<1%(NCBI clinvar 注释)等等注释。 候选致病基因筛选: 根据变异的有害程度,以及是否对基因编码蛋白有影响,以及变异位点在人群中的发生概率等进行筛选从而进一步缩小范围,最后,结合遗传模型筛选目标基因。 ...

文章 植物 SSR引物数据库 NAR 发核酸研究

...DNA,也称为SSR,是涉及许多重要生物功能的基因组成分,被广泛地应用于作物基础研究,包括遗传多样性、连锁和关联作图、标记辅助选择、品种鉴定和进化分析等。    据介绍,该团队开发了一套便捷高效的微卫星DNA位点...

问题 使用allhic挂载染色体时,长度排序前十的超长contig只有一个挂载到group中,如何将这些未挂载的超长contig也绘制到heatmap图中

...物,11条染色体,hifiasm组装后长度大于60M的contig有11条,剩余绝大部分contig都在100Kb以下。无近缘物种基因组。 为了进一步组装染色体级别基因组,并查看组装是否有错误,用allhic进行了分析。得到的结果中,只有1个超长contig...

文章 EggNOG基因序列批量注释

...NOG使用直系同源预测功能注释的方法比传统的序列相似性搜索(即 BLAST 搜索)具有更高的精度,因为它会避免从旁系同源进行注释。 在线注释注释工具 EggNOG数据库提供在线注释工具:eggNOG-mapper(网站:http://eggnog-mapper.embl.de...

文章 一个植物ceRNA数据库-pceRBase

...询支持基于blast序列比对的序列相似性查询 网络 支持筛选部分ceRNA相互作用关系,进行网络图查看 功能分析 支持筛选一些ceRNA网络中的基因进行功能富集分析。 预测 支持通过输入miRNA, 转录本的序列进行ceRNA网络的预测...

文章 蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

...据格式(.raw、.wiff、.mzML、.mzxml)。且内置了自己的肽段搜索引擎- Andromeda。 MaxQuant支持标记定量和非标定量,2.0版本后的MaxQuant还支持DIA的数据分析。MaxQuant具备非线性质量校正和Match Between Runs功能,可以增加蛋白鉴定数量和提...

文章 转录组必备说明书!

...就在这里” 组学大讲堂(专业生信教程制作团队,学员超20000人),基于主流测序公司交付的转录组标准分析结果进行了全面的解读,制作了视频教程《转录组分析结果的解读》,累计销量超1000份,一次性解决转录组结果...