...tribute: partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows from cactus XML 问题出在 Cactus 配置文件中缺少 partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows 属性。这个属性控制着渐进式比对过程中允许的最大行数，是 Cactus 进行多序列比对时的一个重要参数。 解决方案...
同一个物种，物种内的ks比较它们的共同祖先基因组复制时间，物种A3是物种A1和物种A2的共同祖先，计算结果显示物种A1与物种A3的ks值为0.7，物种A2与物种A3的ks值为0.9，结果如何解读？感觉矛盾
使用脚本计算亲缘关系矩阵时，无法生成pop.kinship.BN和pop.kinship.Ibs这两个文件。 #kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var #kinship 亲缘关系矩阵计算 BN-kinship emmax-kin-intel64 -v -d 10 -o ....
在用SURVIVOR进行多样本SV合并时，生成的合并vcf里只保留了两个样本的信息，命令如下SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 -1 -1 -1 group_merged.vcf，sample_file里包含manta和delly鉴定出来的SV
不知道怎回事，使用bio-linux的meme分析，程序运行完毕，EPS图和缩略图出现了这种情况，请问老师，最有可能是什么发生了问题，
...ion halted 执行已停止 structure 运行显示版本停止运行，怎么修改?
...a.anchors.new，过滤的命令中的30是什么意思，做单子叶植物和双子叶植物基因家族共线性分析时候，minspan=30时没有得到共线性的基因，这个30最小可以设定为多大，谢谢老师！
做GWAS分析的vcf文件就是gvcf直接合并的raw.vcf文件还是经过过滤后的clean.vcf文件呢？需要将snp和indel分离吗？
...再cluster 节点上操作，设置端口为880， 输入自己的用户名和密码 git clone http://192.168.1.100:880/root/rna_seq.git 2. 拉取master 分支 git pull master 3. 创建新分支，用于更新代码 git branch newissue git checkout newissue 4. 修改代码，并递交 git add . ...
老师，您好，请问脚本绘制完Tajimad之后，生成了一个TajimaD.smoothline_data.txt文件，但是并不像之前有筛选好的top5%或者1%，脚本里是不是没有加上？那么我们怎么筛选，可以根据这个文档手动排序吗？
请问老师这该怎么解决
在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的元素索引下标，而相同元素...
...件的功能，文中也没有引用参考。我觉得评估这些功能要和基因联系起来，但是WRKY基因功能有限，能有这么多功能吗？还是我理解错了？需要查询含有这个调控元件的其他基因的功能。查了好多资料，也不知道从什么地方着手...
老师，请问用自己的数据，前面处理都没有问题，运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables，运行给的filter部分代码后，总是显示0 variables，请问该怎么解决呢？谢谢