找到约 15 条结果

文章 Metadata CRC error detected at xfs _ bmbt _ read _ verify+0x12/0xb0 [xfs], xfs _ bmbt block 0xc9132f8 [ 4.863216] XFS(dm-0): Unmount and run xfs _ repair

Booting` Rocky Linux(5.14.0-427.42.1. e19_4.x86 _64) 9.4(Blue Onyx)' [ 4.862768] XFS (dm-0): Metadata CRC error detected at xfs _ bmbt _ read _ verify+0x12/0xb0 [xfs], xfs _ bmbt block 0xc9132f8 [ 4.863216] XFS(dm-0): Unmount and run xfs _ repair [ 4.863257] XFS(dm-0): First 128 bytes of corr...

问题 下载甲基化数据时找不到样本类型，

...#######################> # 查询需要下载的甲基化数据（本次分析只下载肿瘤样本）> query.met <- GDCquery(project = tcga_project, +                       legacy = legacy,+                       data.category = data_category,+              ...

问题 老师好，我在利用在SNP设计dcasp标记时得到的primers.result.xls文件为空。

... CAPS found with enzyme  ScrFI,StyD4I,66 CAPS found with enzyme  FspEI,530 One nt can be changed to fit enzyme MspJI,530 change position and primer end postions are  297 [298, 299] CAPS found with enzyme  AvrII,680 One nt can be changed to fit enzyme BseYI,660 change position and primer e...

文章 perl或者python代码：批量修改进化树中基因ID或者物种ID名字 nwk文件

...到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精通

文章 抗体纯化方法概览：四种策略及其优缺点详解

...胶过滤层析法 凝胶过滤层析法的原理是基于抗体分子的不同大小，利用不同孔径的凝胶过滤介质将目标分子（抗体）与较大分子（如蛋白质等杂质）分离开来。   具体操作步骤如下： 1. 将含有目标抗体的混合物加入到预先...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...A数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《TCGA-转录因子调控》 《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 network.r绘制网络图并输出最大子图节点及网络图

...中节点类别列名-i   网络图中是否隐藏孤立节点，默认不隐藏-L  是否标注完整网络的节点名，默认标注-S  是否标注最大子图中节点名，默认标注使用举例：结果展示：完整网络图最大子图：

文章 离子交换层析常见的七大问题解析

...对应的原因及解决方案：   问题一：在盐梯度中蛋白质不能洗脱 可能的原因： 缓冲液的pH不对 盐浓度太低 解决方案： 使用pH更靠近蛋白质pI的缓冲液 使用更浓的洗脱缓冲液   问题二、蛋白质出现在清洗相中 可能的原...

文章 探索基因大数据的利器——SRA Explorer

...感兴趣的数据集的下载地址导出到本地，方便后续下载、分析和应用。 使用方法 进入SRA Explorer网站，输入想检索数据的项目号（Bioproject），点击搜索即可。 搜索结果中选择需要的数据，添加到集合中，再点击保存的数据集...

文章 基因编辑RAW264.7细胞系—助力炎症以及破骨细胞生成相关研究-源井生物

...源性miR-155基因，获得miR-155基因组敲除(GKO)克隆。进一步分析表明，在LPS刺激下，miR-155 GKO克隆表达更高水平的SHIP1，但产生较少的促炎细胞因子。 通过使用miR-155 GKO克隆，去除miR-155会导致巨噬细胞产生促炎细胞因子的...

文章 图片去除大块黑色区域

...时，如果物种较少，生成的图片会有大片的黑色区域，很不美观。那怎样去除呢，请看下面脚本： 脚本运行命令： python /share/work/wangq/script/work/png_black.py -i /share/nas1/fanyc/project/zx-20171030-47_21_ITS/2/ITS_3/4.Analysis_output/Taxa_summary/MEGAN_...

文章 mirDeep2的使用

...v0.1.3.zip 参考说明：https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2 2、分析流程 第一步：建立索引（Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa为参考基因组序列） bowtie-build Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds 第二步：将read回帖到参考...

问题 关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题

...- estimateCommonDisp(y, verbose=TRUE)y <- estimateTagwiseDisp(y)# 差异分析检验et <- exactTest(y)           # 针对FDR, fold change 对基因的显著性表达进行“多重检验”et$table$FDR <- p.adjust(et$table$PValue, method="BH")summary(de <- decideTestsDGE(et, adjust...

文章 Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后，如何筛选新转录本？

长链非编码RNA转录组分析数据时，一般都是每个样本独立进行转录本的组装，之后采用cuffmerge将转录本进行合并，生成一个统一的基因注释GTF文件。 那我们需要筛选出新的转录本，那该如何筛呢？这个可以从GTF文件的class codes...

文章 csvtk，A powerful software for handling CSV files

...来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的领域，CSVTK都是一种非常有价值的工具。 CSVTK的最大优点之一是其跨平台兼容性，这意味着你可以在各种操作系统中使用它，包括Windows、macOS和Linux。 该程序也是...