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文章 预测miRNA前体

...配数为1），脚本默认错配数为0 perl mapper.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf 1.1 对测序得到的reads进行物种miRNA定量。输入文件必需包括三份： 含有microRNA前体序...

文章 预测miRNA前体

...配数为1），脚本默认错配数为0 perl mapper.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf 1.1 对测序得到的reads进行物种miRNA定量。输入文件必需包括三份： 含有microRNA前体序...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本与基因组的比对

Pacbio三代全长转录组进行数据分析，得到的转录本，可以同基因组进行比对（如果有基因组的话），比对的软件很多，推荐采用GMAP。 其使用方法如下： gmap -D /share/nas1/zhangqx/testing/pacbio/ref/gmap -d ipoBat4 -f samse -n 0 -t 16 --cross-spec...

文章 qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

...ME/.config/matplotlib/matplotlibrc 课程推荐：微生物扩增子分析课程实操     微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

问题 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

...且我的这个GSE没有对应的GDS。请问这样会不会影响后续的分析，谢谢！

问题 蛋白三维结构预测遇到问题：当在swiss-model中选择使用模板的方法时，在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...ay, the structure does not apply for modelling 个人感觉是PDB文件是不是出现不标准，残基的排序有问题，需要重新排序，这样的话，应该怎么弄 Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be renumbered.Chain A of the uploaded template...

文章 KEGG 通路基因列表；

...个基因CYRIB ，但是在kegg官网上是有的； 可能是msigdb更新不及时吧 https://www.genome.jp/entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表： hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa") names(hsa_kegg) head(hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME) head(hsa_kegg$K...

文章 阿里云 oss linux命令行下载数据使用方法

...更多示例，请参见cp（下载文件）。 # 或者一条命令，不需要设置配置文件： ossutil cp -r  oss://a-cloud-product/user/cache/project/XS01KF2024040319/PM-X 0319-45/ . \    --access-key-id LTfrDcV \    --access-key-secret TBAXLtPYL0IrCa \    --endpoint https:/...

文章 组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法：

...micsclass.com/article/1181 docker基础视频课程：实验室linux生信分析平台搭建

文章 Rocks reinstall on compute node, after disk rebuild, fails

..." 3. Run "insert-ethers --cabinet 0 --rank 0" 4. Pick "compute" from list. 5. Make that node PXE boot. 6. When the "( )" turns into a "(*)", indicating that the node has received a kickstart file, exit. To re-install a node that already has an entry in the rocks database (i.e. a "known" node): 1. ...

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...来源：1000Genomes 中的 whole genome trio 基因组重测序数据分析视频课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码：

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

...--------- Downloading data for project TCGA-OV GDCdownload will download 590 files. A total of 31.440651 MB Downloading chunk 1 of 59 (10 files, size = 600.677 KB) as Sun_Oct_17_23_40_26_2021_0.tar.gz Downloading: 42 kB     Downloading chunk 2 of 59 (10 files, size = 414.242 KB) as Sun_Oct_17...

文章 项目管理软件的应用现状与发展趋势

...效运行的基础。如何达到高效的目的跟管理软件的选型分不开。管理软件以企业管理需求为基础，以IT技术为支撑，为企业提供数据信息的综合管理办法。随着项目管理思想逐步被接受，市面上涌现出越来越多的管理软件出现在...

文章 MAFFT介绍

...对软件，广泛应用于生物信息学领域，特别是在系统发育分析和功能基因组学研究中。它通过采用快速傅里叶变换（FFT）来提高比对的速度和准确性，适用于大规模数据集的处理。MAFFT提供了多种比对策略，包括自动选择最适策...

问题 老师，我在做hummer搜索时，输入hmmsearch --domtblout ACTS_hmm_out.txt --cut_tc ACTS.hmm proteins.fasta后，

...ins.fasta后，出来的结果E-value值最大是3e-10，而讲课的时候分析的拟南芥WRKY的E-value值是选取的小于0.001，我这个出来的结果最小都3e-10，怎么设置能让筛选条件（E-value）变小，从而晒出更多 的基因？