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文章 R及R包的更新、移除、卸载

...例： detach(""package:R包名"", unload=TRUE)#detach: remove it from the search() path of available R objects; unload=T: to attempt to unload the namespace when a package is being detached. 如果要移除所有已加载的包，可参考https://stackoverflow.com/questions/7505547/detach-all-pa...

问题 重测序

...bam \ failed with ret: 32512, going to retry. sh: -c: line 0: unexpected EOF while looking for matching `"' sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file sh: -O: command not found warning, cmd: sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file warning, cmd:   echo "RUN CMD: gatk --j...

文章 转录组比对软件HISAT2的使用说明

...c                 <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files   -s/--skip <int>    跳过输入文件前面的 <int> reads/pairs  (none)   -u/--upto <int>    超过输入文件前面的 <int> reads/pairs 就停止程序(no limit) ...

文章 lefse 运行报错python3中

...s no attribute 'rownames' 解决办法，降低版本： rpy2 (3.5.10) and numpy (1.24.3)

问题 snp密度图绘制

...n_multianno.vcf文件绘制时有报错信息，Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :    line 46 did not have 209 elements Calls: read.table -> scan，应该是生成的vcf格式有问题，但是用一开始过滤完的snp.clean.vcf.gz绘制图片...

文章 宏病毒组分析一区

阿尔兹海默症病毒组——A metagenomic study of gut viral markers in amyloid-positive Alzheimer's disease patients 推荐语：越来越多的证据表明，病毒参与了阿尔茨海默症（AD）的发展和治疗。然而，对AD患者肠道病毒组的研究仍然存在显著的研...

文章 awk筛选差异基因

...选条件：log2fc的绝对值大于1，FDR<0.05 命令： awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt $2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...tide',default = 'nucleotide',required=False)parser.add_argument('-r','--rettype',help='return type fasta or gb default gb',default = "gb",required=False)parser.add_argument('-o','--out_dir',help='Please input  out_put directory path',default = os.getcwd(),required=False)parser.add_argument('-n','--...

问题 hmmer搜索结构域

...提取 #结构域位置 grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >domain1_final.bed grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==2 {print $1,$18,$19 }' >domain2_final.bed #截取序列 seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pe...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...改变这个看法。 这篇论文发表在《积极心理学杂志》(The Journal of PositivePsychology)上， 作者是波兰波兹南密茨凯维奇大学的Lukasz D. Kaczmarek等人， 有兴趣的朋友可以自己去看看。 论文大致的实验设计是这样的： 研究人员从科...

文章 GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

...于yellow模块所有基因获取了一个蛋白质互作网络(80 nodes and 930 edges，见上图B)，从中选择出连接点数超过23的所有基因，一共涉及了42个基因，其中和基于模块和性状分析筛选的42个基因的重合有36个，该部分基因将作为候选进一步...

文章 R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

R包hdf5r安装失败 Found hdf5 with version: 1.8.12configure: error: The version of hdf5 installed on your system is not sufficient. Please ensure that at least version 1.8.13 is installedERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’ 解决办法： 1. 下载hdf5-1.8.13的源码 ...

问题 执行ALLHiC分组不成功

...-b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e DPNII -k $k ## Extract CLM file and counts of restriction sites  #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC) allhic extract sample.clean.bam draft.asm.fasta --RE GATC ## 排序和方向优化 for K in `seq  1 $k`; do     allhic optimize sample.clean.counts_GA...

文章 进化树构建方法及原理

...是最大似然法，然后是最大简约法。 Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907.

文章 linux shell 将多行文件转换为一行

...       3. cat file | xargs        This manual page documents the GNU version of xargs. xargs reads argu-       ments from the standard input, delimited by blanks (which can be pro-       tected with double or single quotes or a backslash) or newlines       上面是man...