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问题 FileZilla Client出错

...录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Type set to I 命令:PASV 响应:227 Entering Passive Mode (130,14,29,30,195,87). 命令:MLSD 响应:550 /: Permission denied 错误:读取目录列表失败

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

... pvalue cutoff to choose sig gene[default 0.05] --log2 whether do log2 transfrom for expression data[optional,default: False] -o outdir, --outdir outdir output file directory[default cwd] -p prefix, --prefix prefix ...

文章 R实现统计中的检验方法---方差分析ANOVA

... 前言 方差分析（均数的显著性检验） 方差分析(Analysis of Variance，简称ANOVA)，又称“变异系数分析”，是R.A.Fisher发明的，用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。 1.适用条件 方差分析数据必须满足3个条件即独立、...

文章 GenePred格式

...e Predictions table genePred "A gene prediction." ( string name: "Name of gene" //基因名称 string chrom: "Chromosome name" //染色体名称 char[1] strand: "+ or - for strand" //正负链信息 uint txStart: "Transcription start position" //转录起始位点 uint txEnd: "Trans...

问题 Perl SVG绘图怎么设置背景色

...> 10, #    y  => 10 #)->cdata('hello, world'); # now render the SVG object, implicitly use svg namespace #print $svg->xmlify; my $out = $svg->xmlify; open SF, ">tmp.svg"; print SF $out; 老师，利用上面的代码创建一个  width  => 40,height => 40,的画...

文章 GWAS模型介绍

...构； Zβ：标记效应（Marker Effect SNP）； Wμ：随机效应（RandomEffect），这里一般指个体的亲缘关系。 e: 残差 GWAS分析一直需要解决两个问题，一个是随着测序数据量的不断增加，计算速度已经是影响GWAS分析的一个重要问题。二...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

...ules/contrib/tripal tripalproject/tripaldocker:latest 常见错误1：The provided host name is not valid for this server.  解决办法见：https://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html 常见错误2： The website encountered an unexpected error. Please try again later.PD...

文章 甲基化水平计算

...位点+蓝色位点 的分母之和） 参考文献：‘Leveling’ the playing field for analyses of single-base resolution DNA methylomes

问题 Error running system command:

...ant这几个大小为0，运行提示如下NOTICE: Running with system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/my_reseq/4.snp_indel/all.clean.snp.vcf.gz > /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput> NOTICE: Finished reading 5099177 lines from VCF file ...

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

... 参考文献 Identification and characterization of a metalloprotein involved in gallium internalization in Pseudomonas aeruginosa. ACS Infect Dis 2019, 5(10):1693-1697. Research Topic on Pseudomonas aeruginosa, Biology, Genetics, and Host-Pathogen Interactions. Front Microbiol 2012, 3:20 ...

文章 eQTL分析之协变量计算

...henoMean(model,as.matrix(expr))#设置想要推断的隐藏因子的数目#The number of PEER factors was selected as function of sample size (N):#15 factors for N < 150#30 factors for 150 ≤ N < 250#45 factors for 250 ≤ N < 350#60 factors for N ≥ 350PEER_setNk(model,15)PEER_getNk(mode...

问题 单倍型分析报错

...要换成自己的数据，就会报错“Error in data.frame(Hap = haps, Type = infos) : arguments imply differing number of rows: 168, 0”。我已经检查了自己的文件，包括gff3文件，site文件，表型文件以及分组文件，对比了demo文件，可以非常确定，这些文件...

问题 老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

如果代码没问题，只能手动筛选么，怎么保存成domain_final.bed格式呀

问题 老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

...snp在运行perl $scriptdir/vcf_start.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错，显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Illegal division by zero at /work/scripts/vcf_stat.pl line 312.运算没有结果，请问老师是什么原...

文章 人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结

The experimentally verified miRNA-mRNA pairs were downloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental...