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问题 SeparateChromosomes2划分连锁群不合理怎么解决

我分析的群体是果树的F1，具有25条染色体，因此我想要分成25个连锁群。利用zcat p.call.gz | java -cp /mnt/e/QTL/20240813HLVCF/my_genetic_map/01.PrepareData/Lep-MAP/bin SeparateChromosomes2 sizeLimit=30 numThreads=10 data=-  lodLimit=$lod usePhysical=1  0.000000000001 >...

文章 香蕉根生物胁迫单细胞转录组文章

...差异表达基因数量达到峰值，因此选定该时间点进行后续分析。在单细胞层面，研究采用10x Genomics平台对对照组（CK）和病菌处理组（Foc TR4）的香蕉根尖进行单细胞核转录组测序（snRNA-seq） 两个重复，通过提取细胞核而非原生...

问题 最新qiime2教程16S注释报错

我在运行到###alpha和beta多样性分析的时候 qiime diversity core-metrics-phylogenetic \   --i-phylogeny $workdir/3.asv_taxonomy/rooted-tree.qza \   --i-table $workdir/3.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --p-sampling-depth 16900 \   --m-metadata-file $fastmap \   --output...

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

[root@4527fed4ab00  16:49:56 /work/my_reseq/ref]# sh $scriptdir/index.sh Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 REF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa GFF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 GTF: build Index  start: RNN CMD:samtools faidx Oryza_sativa.IRGSP-1...

问题 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

结构域确认用到的序列文件： 导入Interpro后我的结果： 老师的结果: 为什么不一样呢，没有出来结构域信息

文章 腾讯云服务器获取指南

...器关联的 SSH 密钥文件本地存放地址。 3、您的密钥必须不公开可见，SSH 才能工作。请使用此命令：chmod 400 [密钥文件路径]。 4、输入命令：ssh [-i 密钥文件路径] root@公网IP。      

文章 kraken2生成的biom文件处理

...做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候，如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题，结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果，比如下面这样 可以用脚本来处理，删除未具体命名的分类级别 import argparse from biom imp...

问题 ORF (bp) ，domain starteend，Sub-cellular localization和No. of introns怎么找

老师，我想请教一下，根据我们基因家族分析课程的结果，ORF (bp) ，domain starteend，Sub-cellular localization和No. of introns怎么找

文章 已知集合交集数量绘制韦恩图

...）： #加载包 library(VennDiagram) #绘图 draw.quad.venn(area1=13886524, area2=13149670, area3=10431375, area4=4570238, n12=8593, n13=37496, n14=5542, n23=1242, n24=800043, n34=1011, n123=89, n124=953, n134=36, n234=81, n1234=28, #area1为集合1，n12为集合1和集合2的交集元素数...

问题 在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改

...字这个怎么修改？或者是哪里出现了问题？ 四个文件并不一样大小 感病亲本 子代感池，名称那一栏，子代的名字变为了Sparent 子代抗池，里面抗池名称那一栏变为了Sparent

问题 利用ParaAT2.0生成计算KaKs所需要的AXT文件，但是AXT文件为空

我想通过ParaAT2.0批量生成AXT文件，用于后续的Kaks_Calculator分析。在用ParaAT2.0时我发现生成的比对结果（AXT格式文件）都是空文件，里面没有序列比对结果。我又用软件里提供的例子文本运行了一遍，结果也是一样。请问这是为什...

问题 请问WIN11基于WSL2安装了docker，但是怎么像基于hyper-v安装的docker一样来获取别人分享的公共镜像，这个setting中的daemon中没有registy mirror 可以修改，应该怎么办？

如下图，在Ubuntu中安装了docker，但是不能使用docker search omicsclass, 怎么修改添加自己的镜像，跟hyper-v安装的docker并不一样

问题 我的转录组数据与参考基因组比对后发现基因间区及内含子比例较高，是怎么回事？

我的转录组数据分析发现基因间区及内含子比例超过了30%，是不是很高，一般是多少？是什么原因造成这两类比例高？

问题 请问老师我做了一个植物 基因原核表达到载体里验证功能 验证这个植物基因TPS家族的一些基因。

请问老师如果我做TPS家族的基因家族分析，我的这个实验结果可以放到文章里面吗？ 我的实验得出了这个植物的一些基因的TPS功能表达。

文章 siRNA

...的降解能够有效“敲除”相应蛋白质的表达。然后可研究分析靶蛋白浓度降低造成的影响。 siRNA 的作用原理： 将双链 RNA (dsRNA) 引入细胞。 细胞中的 Dicer 蛋白将 dsRNA 消化为 21 bp 的 dsRNA (siRNA)。 siRNA 被整合到 RNA 诱导沉默复...