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问题 请问，如何将基因家族成员和全基因组复制事件关联起来？

...最近看了一篇基因组学的文献，文中关于基因家族进化树分析的图上（Figure 4），将基因家族成员和全基因组复制事件关联起来，请问这样的关联是怎么做的？我仔细看了文章材料方法部分，但是没有找到关于这种关联的说明，...

文章 非小细胞肺癌（GSE148071）

...P41 60 male LUSC advanced GSM4453617 P42 64 male NSCLC advanced数据读入分析：cat map.txt |while read s t;do  Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r  --count ${s}_${t}_exp.txt.gz  --project GSE148071  \       --metadata.col.name project Capture.Method Sample Tissue\       --metadata.value...

问题 docker Hub中的bio-linux镜像和 gene family 镜像有什么区别

请问docker Hub中的bio-linux镜像和 gene family 镜像有什么区别？目前看的基因家族视频是基于bio-linux的，时候有针对gene family 镜像分析基因家族的课程呢？

文章 hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

...--wrapper basic-0 -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevelDeleting "Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.1.ht2" file written during aborted indexing attempt.Deleting "Mus_musculus_c57bl6nj...

文章 rocks 集群 手动安装挂载 nas存储

... os上进行文件共享服务，由于它的脆弱的验证机制，所以不适宜在internet上工作，在内网使用是非常可行的。 nfs服务端需要确定这两个包正确安装 nfs-utils rpcbind 若是ubuntu服务器，则是nfs-common，nfs-kernel-server两个包，rpcbind是默...

问题 Circos绘图课程中有个叫genome.txt的配置文件，具体应该怎样生成

基因家族分析视频中的Circos绘图课程中有个叫genome.txt的配置文件，请问具体应该怎样生成，打开如图所示，里边的数字视频中说的存在线性关系的染色体区块，请问来源是哪里呢，是MCscan课程中生成的AT.tandem文件吗？但是里边...

问题 sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

...组装基因组之后，进行assembly_stat的环节。在进行gc-depth 分析的时候，需要将CCS测序的reads比对到组装的基因组上，用的命令是：minimap2   -t 10 -ax map-hifi contig.fa $hifi > aln.sam。然后将sam转换成bam文件，命令是：samtools sort aln.sam -o...

文章 docker启动报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this ke

...=false) 解决方案： 意思是说：此linux的内核中的SELinux不支持 overlay2 graph driver ，解决方法有两个，要么启动一个新内核，要么就在docker里禁用selinux，--selinux-enabled=false 重新编辑docker配置文件： vi /etc/sysconfig/docker 改为...

问题 如何通过mcscanX找基因家族的Segmental？我在跑mcscanX时得到的collinearity文件是Segmental吗？

上图是我用mcscanX跑出的物种内共线性分析的文件，这个文件里的基因对就是Segmental吗？

问题 Failed to create bus connection: No such file or directory

输入文件 运行代码 #go 富集分析 Rscript $scriptdir/go_enrich.r -l gene.list  -n $scriptdir/go2name.tsv  \   -g go2gene.tsv -o go 输出文件 咱们的课程是输出很多文件，但是我只能输出一个

问题 预测基因家族成员的顺式作用元件，提取启动子序列失败

根据基因家族分析课程中的视频，运行perl脚本后，提取失败，第一行是输入的代码，第二行是运行后的提示。请老师解答，谢谢。 manager@bl8vbox[share1] perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 gene_id.txt -in1 MedtrA17_4.0.41.gff3 -out gene_weizhi.txt usage:...

文章 二代测序原理

...够随机那么就能均匀的覆盖基因组所有区域，满足我们的分析要求。

文章 老师您好，请问在群体遗传进化中，模板数据黄瓜的分组，sample 是指的什么？是测序数据下机的样品编号？

不太理解就是当所有的下机数据合并成vcf文件，后续需要建树和扫描清除分析时应该怎么填写分组txt？

文章 R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type”

使用ggraph绘图，在结果导出pdf的时候报错，不可用的字体类型“invalid font type” 如果继续使用ggsave导出，可以直接载入字体： library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/Times.ttf') showtext_auto() #调用showtext使其能够在ggsave()中使...

问题 转录组测序结果qPCR验证的log2FC怎么算的

老师，您好，我想问一下您这里https://www.omicsclass.com/article/446介绍的qPCR验证测序结果，其中相关性分析里Log2(FC)qPCR的值是三个样本的log2FC取均值吗？因为测序结果就一个FC，但是qPCR每个样本都有一个2^-△△Ct值呀？