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问题 荧光定量引物设计，是用CDS黏贴到NCBI，blast找到100%序列一致性的基因来设计引物还是，黏贴包含内含子的完整基因序列到NCBI设计引物？

我用不同的家族基因CDS黏贴到NCBI，发现100%序列的结果是相同的基因，感觉用包含内含子的完整基因序列来设计要好一点。但是发现用包含内含子的完整序列通过NCBIprimerblast来设计引物，发现不能选择跨内含子。不知道哪种方法...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...显示网络。作者基于miRDB，miRTarBase和TargetScan数据库综合分析，最后使用26个DElncRNA，4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。此外，作者计算了每个基因的拓扑系数以说明其在ceRNA网络中的重要性。HCC中ceRNA网络的Sankey图如图二所示，...

问题 Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

对GEO数据进行mas5处理时报错。。不知道如何处理？？ Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

文章 细胞焦亡、铁死亡及铜死亡等基因集

...clustering/index.html). 焦亡(Pyroptosis) 相关基因： We identified 52 pyroptosis-related genes from prior reviews, and they are presented in Table S1 ； https://link.springer.com/article/10.1186/s12885-022-09526-z#Sec2 From Genecards (https://www.genecards.org/), 176 pyroptosis-related g...

问题 转录组学习中遇见的问题

...PCR，所以想在网上下载别人相关转录组测序的文件来自己分析，生成热图。我目前正在学转录组数据挖据这门课程，里面好像没有涉及到表达量数据的过滤，校准和聚类方面的知识。请教一下，我想从网站上下载别人发表文章的...

问题 同一物种不同基因组（已经组装好）之间可以call snp么

最近需要做BSA分析（EMS诱变），有两混池的测序数据，实验室有组装好的野生型和突变体背景基因组。好像ED法只需要混池数据即可，snpindex则还需要亲本数据。我想两种方法结合使用，有这方面的大神嘛

问题 使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

您好，我在使用tassel进行排序时报错，不知道为什么会有负深度

问题 重复序列注释问题

...4/R/lib::/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/lib:/share/work/biosoft/hdf5/hdf5lib/lib:/share/work/biosoft/JAGS/JAGS-v4.3.0/lib/:/share/work/biosoft/Proj/proj-v6.1.1/lib:/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:/usr/lib:/usr/lib64:/share/work/biosoft/bamtools/bamtools-v2.4.0/lib/:/share/work/bios...

问题 利用tassel生成曼哈顿图的时候出error

...samtools生成的，用的表型和基因型vcf也是我自己的文件，分析也能出结果，但是出不了曼哈顿图，麻烦您啦

文章 基因（加性、显性、上位性）效应

...豆。 基因的上位性效应（Epistatic effect) 用I表示 指的是由不同基因位点的非等位基因之间相互作用对基因型值所产生的效应 也是非加性与杂种优势有关。 上位性又可以简单地分为 加加上位性AA 加显上位性AD 显显上位性DD 其实我...

文章 带推断线的进化树

...ts(opt$consensus)) {  stop("错误: 共识树文件 '", opt$consensus, "' 不存在!")}if (!file.exists(opt$bootstrap)) {  stop("错误: 自举树文件 '", opt$bootstrap, "' 不存在!")}cat("正在读取共识树文件:", opt$consensus, "\n")consensus_tree <- read.tree(opt$consensus)cat("正...

文章 分享转录组学与新一代高通量测序PPT讲义

...据常见的存储格式 2、通过实例了解转录组和miRNA的数据 分析思路及常用方法 • RNA-seq Transcriptome Technology • RNA-seq Data Format • RNA-seq Data Analysis Strategy • Case Report

问题 #运行MCSCANX 查找共线性 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT 出错

老师 共线性分析没结果！可是用拟南芥的就可以 是不是我文件的问题啊？我检查了也没检查出来问题。麻烦帮我看一下 谢谢！

问题 用enrichGSEA和用官方GSEA软件跑出的多条通路都是相反的，是为什么呢

...，ident2是ctrl），也尝试调整pvalue和logfc去跑gsea，结果差不太多 桌面版GSEA是输入了average expression的文件 很多标志性的通路在enrichGSEA跟我们的预期都是反的，而在桌面版的结果又是符合我们预期的。 当然并不是全部通路都是相...

问题 hmm文件搜索问题

你好，我做小麦基因家族分析时筛选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个，运行下面的命令，得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个？谢谢老师 ！ manager@bl8vbox[ge...